PDB-9vdw: Structure of truncated loopA and loopB mutants from the human gut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vdw

タイトル

Structure of truncated loopA and loopB mutants from the human gut flora K. grimontii Apg

要素

Acarbose hydrolase

キーワード

HYDROLASE

生物種

Klebsiella grimontii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Zhou, J.H. / Huang, J.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular insights of acarbose metabolization catalyzed by acarbose-preferred glucosidase.
著者: Huang, J. / Shen, Z. / Xiao, X. / Wang, L. / Zhang, J. / Zhou, J. / Gu, Y.

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vdw.cif.gz	474.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vdw.ent.gz	311 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vdw_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vdw_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	9vdw_validation.xml.gz	77 KB	表示
CIF形式データ	9vdw_validation.cif.gz	102.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/9vdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/9vdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ivzC 9ixhC 9ixwC 9izeC 9izoC 9unsC 9v0iC 9vd8C 9vdgC 7vt9 C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acarbose hydrolase

B: Acarbose hydrolase

C: Acarbose hydrolase

D: Acarbose hydrolase

248 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Acarbose hydrolase

B: Acarbose hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, homodimer
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Acarbose hydrolase

D: Acarbose hydrolase

登録者が定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.210, 70.893, 130.330
Angle α, β, γ (deg.)	87.637, 79.984, 89.929
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 16 or (resid 17...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 16 or (resid 17...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 16 or (resid 17...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LEU	LEU	SER	SER	A	A	2 - 136	2 - 136
d_1	2	PHE	PHE	VAL	VAL	A	A	159 - 189	159 - 189
d_1	3	ARG	ARG	SER	SER	A	A	202 - 385	202 - 385
d_1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	387 - 544	387 - 544
d_2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	2 - 39	2 - 39
d_2	2	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	42 - 274	42 - 274
d_2	3	ILE	ILE	SER	SER	B	B	293 - 385	293 - 385
d_2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	387 - 544	387 - 544
d_3	1	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	2 - 39	2 - 39
d_3	2	ASP	ASP	SER	SER	C	C	42 - 136	42 - 136
d_3	3	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	159 - 274	159 - 274
d_3	4	ILE	ILE	SER	SER	C	C	293 - 385	293 - 385
d_3	5	ALA	ALA	ASP	ASP	C	C	387 - 427	387 - 427
d_3	6	LYS	LYS	ARG	ARG	C	C	436 - 544	436 - 544
d_4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	D	D	2 - 39	2 - 39
d_4	2	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	42 - 189	42 - 189
d_4	3	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	202 - 274	202 - 274
d_4	4	ILE	ILE	SER	SER	D	D	293 - 385	293 - 385
d_4	5	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	387 - 544	387 - 544

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.787448584284, 0.00645842525834, -0.616346506319), (0.0110609931521, -0.999932149967, 0.00365375048185), (-0.616281089714, -0.00969454512999, -0.787466592469)	8.63490641992, -30.5809381338, 24.9650642143
2	given	(0.785791515786, 0.00813777485928, -0.618437927636), (-0.0138411199046, 0.999894396259, -0.00442941641801), (0.618336572683, 0.0120404713511, 0.78582116918)	0.368808797299, -2.67034361836, 68.9720830067
3	given	(0.999997712034, -0.000320168537741, 0.00211504560736), (-0.000320977627035, -0.999999875444, 0.000382211515491), (0.00211492297181, -0.000382889523325, -0.999997690246)	-8.4071795544, -33.2640588964, 93.8413057901

#1: タンパク質	Acarbose hydrolase 分子量: 62097.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella grimontii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH=5, 5% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→128.23 Å / Num. obs: 85164 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.95 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.38→2.42 Å / R_merge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4484 / CC_1/2: 0.636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→35.42 Å / SU ML: 0.3239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 26.5564
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	4294	5.04 %
R_work	0.1988	80822	-
obs	0.2012	85116	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→35.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14816	0	0	486	15302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15259
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9882	20751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	2186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	2692
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6049	5483

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.554902188756
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.575065188675
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.366064147521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.41	0.2948	156	0.2442	2651	X-RAY DIFFRACTION	95.9
2.41-2.44	0.3312	129	0.2501	2654	X-RAY DIFFRACTION	95.67
2.44-2.47	0.3082	142	0.2358	2695	X-RAY DIFFRACTION	96.14
2.47-2.5	0.2775	155	0.2332	2686	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.5-2.53	0.3299	125	0.2426	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.11
2.53-2.56	0.3067	137	0.2421	2693	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.56-2.6	0.3564	129	0.2509	2768	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.6-2.64	0.2694	145	0.2382	2662	X-RAY DIFFRACTION	97.33
2.64-2.68	0.2814	147	0.2392	2665	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.68-2.72	0.32	145	0.2336	2763	X-RAY DIFFRACTION	97.65
2.72-2.77	0.3179	121	0.2304	2715	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.77-2.82	0.2805	163	0.2238	2678	X-RAY DIFFRACTION	96.67
2.82-2.88	0.2742	141	0.2215	2656	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.88-2.93	0.2802	132	0.2235	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
2.93-3	0.288	141	0.2252	2666	X-RAY DIFFRACTION	96.96
3-3.07	0.3145	118	0.2211	2749	X-RAY DIFFRACTION	97.32
3.07-3.14	0.2846	118	0.2209	2758	X-RAY DIFFRACTION	97.76
3.14-3.23	0.293	164	0.2199	2688	X-RAY DIFFRACTION	97.37
3.23-3.32	0.257	162	0.2169	2675	X-RAY DIFFRACTION	97.56
3.32-3.43	0.2804	145	0.2084	2723	X-RAY DIFFRACTION	97.06
3.43-3.55	0.2501	170	0.2024	2647	X-RAY DIFFRACTION	96.8
3.55-3.7	0.2661	154	0.194	2686	X-RAY DIFFRACTION	96.76
3.7-3.86	0.2024	130	0.1899	2679	X-RAY DIFFRACTION	96.1
3.86-4.07	0.226	132	0.1726	2672	X-RAY DIFFRACTION	95.73
4.07-4.32	0.2021	145	0.1631	2679	X-RAY DIFFRACTION	96.78
4.32-4.66	0.1883	182	0.1528	2673	X-RAY DIFFRACTION	97.31
4.66-5.12	0.2005	123	0.1582	2731	X-RAY DIFFRACTION	97.04
5.12-5.86	0.2	127	0.1703	2711	X-RAY DIFFRACTION	96.89
5.86-7.37	0.2418	177	0.2113	2660	X-RAY DIFFRACTION	97.26
7.38-35.42	0.1981	139	0.18	2704	X-RAY DIFFRACTION	96.93

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関連情報:EMDBヘッダ

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