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万見
- PDB-9v5h: cryo-EM structure of hexameric ArnA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v5h
タイトルcryo-EM structure of hexameric ArnA
要素(Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA) x 2
キーワードTRANSFERASE / Lipid A modification Polymyxin resistance Bifunctional enzyme UDP-glucuronic acid dehydrogenase UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose / transferase Lipopolysaccharide biosynthesis Antibiotic resistance Aminotransferase Dehydrogenase LPS modification pathway L-Ara4N biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronate dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding ...UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronate dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Bifunctional polymyxin resistance protein, ArnA / Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA-like, extended (e) SDRs / : / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / NAD-dependent epimerase/dehydratase ...Bifunctional polymyxin resistance protein, ArnA / Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA-like, extended (e) SDRs / : / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Caliseki, M. / Borucu, U. / Kadapalakere, S.Y. / Schaffitzel, C. / Kabasakal, B.V.
資金援助 英国, トルコ, 4件
組織認可番号国
Other government118C225
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P000940/1 英国
Other government210701/Z/18/Z
Other government トルコ
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Off-target structural insights: ArnA and AcrB in bacterial membrane-protein cryo-EM analysis.
著者: Mehmet Caliseki / Ufuk Borucu / Sathish K N Yadav / Christiane Schaffitzel / Burak Veli Kabasakal /
要旨: Membrane-protein quality control in Escherichia coli involves coordinated actions of the AAA+ protease FtsH, the insertase YidC and the regulatory complex HflKC. These systems maintain proteostasis ...Membrane-protein quality control in Escherichia coli involves coordinated actions of the AAA+ protease FtsH, the insertase YidC and the regulatory complex HflKC. These systems maintain proteostasis by facilitating membrane-protein insertion, folding and degradation. To gain structural insights into a putative complex formed by FtsH and YidC, we performed single-particle cryogenic electron microscopy on detergent-solubilized membrane samples, from which FtsH and YidC were purified using Ni-NTA affinity and size-exclusion chromatography. Although SDS-PAGE analysis indicated high purity of these proteins, cryo-EM data sets unexpectedly yielded high-resolution structures of ArnA and AcrB at 4.0 and 2.9 Å resolution, respectively. ArnA is a bifunctional enzyme involved in lipid A modification and polymyxin resistance, while AcrB is a multidrug efflux transporter of the AcrAB-TolC system. ArnA and AcrB, known Ni-NTA purification contaminants, were also consistently detected by mass spectrometry in Strep-Tactin affinity-purified samples, validating their presence independently of affinity-tag selection. ArnA, which is typically cytoplasmic, was consistently found in membrane-isolated samples, indicating an association with membrane components. Only 2D class averages corresponding to the cytoplasmic AAA+ domain of FtsH were observed; neither side views of full-length FtsH nor densities corresponding to an intact FtsH-YidC complex could be identified, due to the conformational flexibility of the FtsH complex and its transient interaction with YidC, which limited particle alignment and stable classification in cryo-EM data sets. Two-dimensional class averages revealed additional particles resembling GroEL and cytochrome bo oxidase. These results underscore the utility of cryo-EM in uncovering off-target yet structurally well defined complexes, which may reflect physiologically relevant interactions or purification biases during membrane-protein overexpression.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Off-Target Structural Insights: ArnA and AcrB in Bacterial Membrane Protein Cryo-EM Analysis
著者: Caliseki, M. / Borucu, U. / Yadav, S.K.N. / Schaffitzel, C. / Kabasakal, B.V.
履歴
登録2025年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年10月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
B: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
C: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
D: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
E: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
F: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
G: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
H: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
I: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
J: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
K: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
L: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,77012
ポリマ－434,77012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA / Polymyxin resistance protein PmrI


分子量: 32717.416 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arnA, pmrI, yfbG, b2255, JW2249 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P77398, UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase, UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating)
#2: タンパク質
Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA / Polymyxin resistance protein PmrI


分子量: 39744.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arnA, pmrI, yfbG, b2255, JW2249 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P77398, UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase, UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 60.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74212 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00430234
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.95141070
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.8044054
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0524548
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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