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万見
- PDB-9v4m: Crystal structure of the T.thermophilus transcription initiation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v4m
タイトルCrystal structure of the T.thermophilus transcription initiation complex bound to Ap4G
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • Non-template DNA Strand
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • Template DNA strand
キーワードTRANSCRIPTION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Duan, W. / Kaushik, A. / Serganov, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112904 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM151508 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM088118-09 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis for noncanonical transcription initiation from Np4A alarmones
著者: Duan, W. / Kaushik, A. / Unarta, I.C. / Wu, Y. / Liu, M.M.J. / Weaver, J.W. / Wang, B. / Rice, W.J. / Luciano, D.J. / Belasco, J.G. / Huang, X. / Nudler, E. / Serganov, A.
履歴
登録2025年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: Template DNA strand
H: Non-template DNA Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,42517
ポリマ－444,1008
非ポリマー1,3259
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51780 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area135590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.055, 103.211, 296.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 F

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 50900.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: sigA, TTHA0532 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SKW1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#6: DNA鎖 Template DNA strand


分子量: 6698.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 Non-template DNA Strand


分子量: 8421.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-A1IF9 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 852.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N10O20P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 180 mM Kcl, 50 mM Mgcl2, 12.5% PEG4000, 100 mM Tris.Hcl pH 8.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 105883 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 59.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 10426 / CC1/2: 0.53 / CC star: 0.83 / % possible all: 28.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q5S

4q5s


解像度: 3→29.96 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 2024 2.33 %
Rwork0.2791 --
obs0.2793 86969 78.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26463 755 76 67 27361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90937891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6924128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.3799500.36452086X-RAY DIFFRACTION27
3.07-3.160.3282730.34542955X-RAY DIFFRACTION38
3.16-3.250.38681090.34053954X-RAY DIFFRACTION52
3.25-3.350.34241030.32954756X-RAY DIFFRACTION62
3.35-3.470.34051360.33575467X-RAY DIFFRACTION71
3.47-3.610.31291460.32786178X-RAY DIFFRACTION80
3.61-3.780.30941610.31436877X-RAY DIFFRACTION89
3.78-3.980.35251840.29587192X-RAY DIFFRACTION94
3.98-4.220.31381680.2847388X-RAY DIFFRACTION95
4.22-4.550.24191730.2647446X-RAY DIFFRACTION96
4.55-50.26521740.26247504X-RAY DIFFRACTION97
5-5.720.30891800.2737522X-RAY DIFFRACTION97
5.72-7.20.31651800.27427776X-RAY DIFFRACTION99
7.2-29.960.20471870.22397844X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8618-0.1573-0.21540.34140.20180.6964-0.01830.06070.08560.070.0419-0.0562-0.03170.33870.01160.4655-0.1689-0.06930.7633-0.0740.23818.86419.7679122.0885
20.74860.0299-0.08360.51650.00760.5732-0.0667-0.00770.1940.02990.10430.0391-0.3411-0.1076-0.04330.77320.02590.10560.2197-0.03860.3866-22.779422.7575127.6627
30.3223-0.0873-0.08590.31650.07570.4188-0.05620.0886-0.1253-0.04170.1018-0.07090.20041.0246-0.02640.36340.34640.00260.855-0.11340.3215.1991-12.70279.3235
40.4493-0.2612-0.11230.28330.00871.22180.13281.01330.0370.0084-0.17120.2379-0.13420.8410.06290.2394-0.1314-0.0543-0.0256-0.38530.2458-8.06653.047861.688
50.91660.48190.07080.97460.27530.0817-0.02580.06710.324-0.0244-0.0057-0.1127-0.28840.19560.03190.8772-0.2188-0.01460.352-0.08470.4438-12.017141.198982.2099
60.23160.0365-0.04050.20990.1050.21290.1150.14650.1578-0.0308-0.1402-0.0511-0.09970.0791-0.00330.56050.03030.01141.0959-0.03510.617230.870310.989740.8608
70.8717-0.2642-0.89511.6616-0.21851.06790.12120.2114-0.2851-0.13240.0917-0.09680.19920.2001-0.21380.4482-0.00710.07870.62-0.05890.6062-0.2107-4.331761.4032
80.6188-0.0289-0.5744-0.01080.02940.5344-0.0660.00560.0551-0.0135-0.0298-0.070.11780.14670.07930.95630.04130.00211.1241-0.03811.050313.0017-15.232242.9341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 4 through 230)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 4 through 229)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 1118)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 3 through 1499)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 2 through 95)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 77 through 423)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 6 through 20)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 1 through 22)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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