[日本語] English
- PDB-9v26: Cryo- EM structure of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from En... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v26
タイトルCryo- EM structure of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from Entamoeba histolytica bound to antibiotic paromomycin
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • (60S ribosomal protein ...) x 30
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 4
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 7
  • 17S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • A/P-tRNA
  • P/E-tRNA
  • mRNA
  • uL29
キーワードRIBOSOME / 75S Ribosome-PAR complex / A/P-tRNA / P/E-tRNA / Entamoeba histolytica
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol hexakisphosphate binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA ...inositol hexakisphosphate binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PUA domain profile. / Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site ...PUA domain profile. / Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S13, putative / 60S ribosomal protein L38 putative ...PAROMOMYCIN / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S13, putative / 60S ribosomal protein L38 putative / 60S ribosomal protein L37a, putative / Ribosomal protein S14, putative / Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L35a, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 40S ribosomal protein S3 / 60S ribosomal protein L32, putative / Ribosomal protein L10, putative / Ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L31, putative / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L40, putative / Ribosomal protein L23A, putative / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L3, putative / Ribosomal protein S29, putative / Large ribosomal subunit protein eL22 / Ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S21 / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L34, putative / 40S ribosomal protein S4, putative / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L36, putative / 40S ribosomal protein S28, putative / 60S ribosomal protein L37-A, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S15, putative / Small ribosomal subunit protein uS5 / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L30, putative / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL15A
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sharma, S. / Mishra, S. / Gourinath, S. / Kaushal, P.S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
lA: 25S rRNA
lB: 5.8S rRNA
lC: 5S rRNA
lD: Large ribosomal subunit protein uL2
lE: 60S ribosomal protein L3, putative
lF: 60S ribosomal protein L4, putative
lG: 60S ribosomal protein L5, putative
lH: Large ribosomal subunit protein eL6
lI: 60S ribosomal protein L7, putative
lJ: 60S ribosomal protein L7a
lK: 60S ribosomal protein L9, putative
lL: Ribosomal protein L10, putative
lM: 60S ribosomal protein L11, putative
lN: 60S ribosomal protein L13, putative
lO: 60S ribosomal protein L13, putative
lP: 60S ribosomal protein L14, putative
lQ: Ribosomal protein L15
lR: 60S ribosomal protein L17, putative
lS: 60S ribosomal protein L18, putative
lT: 60S ribosomal protein L18a
lU: Ribosomal protein L19
lV: 60S ribosomal protein L21, putative
lW: Large ribosomal subunit protein eL22
lX: 60S ribosomal protein L23, putative
lY: Ribosomal protein L23A, putative
lZ: 60S ribosomal protein L24, putative
la: 60S ribosomal protein L26, putative
lb: 60S ribosomal protein L27, putative
lc: Large ribosomal subunit protein uL15A
ld: 60S ribosomal protein L29
le: 60S ribosomal protein L30, putative
lf: 60S ribosomal protein L31, putative
lg: 60S ribosomal protein L32, putative
lh: 60S ribosomal protein L34, putative
li: uL29
lj: 60S ribosomal protein L35a, putative
lk: 60S ribosomal protein L36, putative
ll: 60S ribosomal protein L37-A, putative
lm: 60S ribosomal protein L37a, putative
ln: 60S ribosomal protein L38 putative
lo: Ribosomal protein L39, putative
lp: 60S ribosomal protein L40, putative
lq: 60S ribosomal protein L44, putative
sA: 40S ribosomal protein S25
sB: 40S ribosomal protein S26
sC: Small ribosomal subunit protein eS27
sD: 40S ribosomal protein S28, putative
sE: Ribosomal protein S29, putative
sI: A/P-tRNA
sJ: P/E-tRNA
sK: mRNA
sa: 17S rRNA
sc: Small ribosomal subunit protein uS5
sd: 40S ribosomal protein S3
se: Small ribosomal subunit protein eS1
sf: 40S ribosomal protein S4, putative
sg: Small ribosomal subunit protein uS7
sh: 40S ribosomal protein S6
si: 40S ribosomal protein S7
sj: 40S ribosomal protein S8
sk: Small ribosomal subunit protein uS4
sl: 40S ribosomal protein S10, putative
sm: 40S ribosomal protein S11, putative
so: 40S ribosomal protein S13, putative
sp: Ribosomal protein S14, putative
sq: 40S ribosomal protein S15, putative
sr: 40S ribosomal protein S15a, putative
ss: 40S ribosomal protein S16, putative
st: 40S ribosomal protein S17, putative
su: Small ribosomal subunit protein uS13
sv: Small ribosomal subunit protein eS19
sw: 40S ribosomal protein S20, putative
sx: 40S ribosomal protein S21
sy: 40S ribosomal protein S23, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,174,41175
ポリマ-3,173,79674
非ポリマー6161
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 lAlBlCsIsJsKsa

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1130459.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: BDEQ01000001
#2: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 49892.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: 415339
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37450.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: 61658858
#49: RNA鎖 A/P-tRNA


分子量: 24483.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#50: RNA鎖 P/E-tRNA


分子量: 24632.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#51: RNA鎖 mRNA


分子量: 3193.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#52: RNA鎖 17S rRNA


分子量: 628401.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: BDEQ01000001

-
Large ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 lDlHlWlc

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L8


分子量: 27850.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15574
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L6


分子量: 22958.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15595
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L22


分子量: 15877.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LW40
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15A / 60S ribosomal protein L27a-1


分子量: 17042.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: Q9BI06

+
60S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 lElFlGlIlJlKlMlNlOlPlRlSlTlVlXlZlalbldlelflglhljlklllmlnlplq

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3, putative


分子量: 45620.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LW09
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4, putative


分子量: 47430.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: B1N384
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative


分子量: 32437.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LU56
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative


分子量: 25765.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M751
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 32313.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVH6
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9, putative


分子量: 22351.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVZ9
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11, putative


分子量: 19669.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LZG9
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 33028.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M8R8
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 23177.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M3F3
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14, putative


分子量: 15161.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M8C9
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative


分子量: 19892.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LX05
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18, putative


分子量: 19038.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXC8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20130.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXZ0
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21, putative


分子量: 18869.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LV69
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative


分子量: 15260.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVB0
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L24, putative


分子量: 18649.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LSA0
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative


分子量: 23898.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LSU3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27, putative


分子量: 15786.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M727
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7340.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LUN3
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30, putative


分子量: 11629.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M919
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31, putative


分子量: 17281.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LU13
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32, putative


分子量: 15572.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LT96
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L34, putative


分子量: 15481.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LYA7
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35a, putative


分子量: 12143.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: B1N4V3
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36, putative


分子量: 11942.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LZH1
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A, putative


分子量: 9046.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M0X0
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L37a, putative


分子量: 10321.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: A0A175JXH6
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38 putative


分子量: 8795.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: A0A175JTS8
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L40, putative


分子量: 6482.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LV09
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L44, putative


分子量: 11603.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LS99

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 lLlQlUlYlosEsp

#12: タンパク質 Ribosomal protein L10, putative


分子量: 23831.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LTA0
#17: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 23951.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7U2
#21: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22978.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LWJ4
#25: タンパク質 Ribosomal protein L23A, putative


分子量: 13694.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LV64
#41: タンパク質 Ribosomal protein L39, putative


分子量: 6282.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LTA2
#48: タンパク質 Ribosomal protein S29, putative


分子量: 6472.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LW10
#65: タンパク質 Ribosomal protein S14, putative


分子量: 15670.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: B1N2I3

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 sAsBsDsdsfshsisjslsmsosqsrssstswsxsy

#44: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 14794.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M9F4
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 16455.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7G9
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S28, putative


分子量: 7745.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LZQ8
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26977.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LT02
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S4, putative


分子量: 36830.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LYF4
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 29822.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXN2
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21999.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M9F9
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 27017.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M8Y8
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 14575.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVC0
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S11, putative


分子量: 18248.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M979
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative


分子量: 17038.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: A0A175JJM9
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S15, putative


分子量: 16405.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7H3
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S15a, putative


分子量: 14692.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXM0
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative


分子量: 17547.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M2R7
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 13617.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M0Z2
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S20, putative


分子量: 13258.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M5V7
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9582.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LWW3
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 15745.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M5B7

-
Small ribosomal subunit protein ... , 7種, 7分子 sCscsesgsksusv

#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27 / EHZC3 protein


分子量: 9338.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: P38654
#53: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2


分子量: 27737.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7U0
#55: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1


分子量: 29094.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M609
#57: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5


分子量: 23072.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15587
#61: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 40S ribosomal protein S9


分子量: 21548.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15612
#70: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17698.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: P48151
#71: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 17776.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15631

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 li

#35: タンパク質 uL29


分子量: 13925.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#75: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C23H45N5O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of 75S ribosome bound to Paromomycin with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#74 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
細胞内の位置: cytoplasm / Organelle: ribosome
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 290 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1.09 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 4688

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.4粒子像選択
2PHENIXdev_svnモデル精密化
5CTFFINDCTF補正
10RELION3.1.4初期オイラー角割当
11RELION3.1.4最終オイラー角割当
12RELION3.1.4分類
13RELION3.1.43次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 85291
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54889 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 29.97 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refinement
原子モデル構築
ID 3D fitting-ID詳細Source nameタイプ
11the coordinates of 75S with P-tRNA was usedOtherother
21the coordinates of 75S with P-tRNA was usedOtherother

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る