[日本語] English
万見
- PDB-9v1i: Cryo- EM structure of ribosomal large subunit (LSU) from Entamoeb... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v1i
タイトルCryo- EM structure of ribosomal large subunit (LSU) from Entamoeba histolytica at 2.8 angstrom resolution
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 31
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 5
  • 25S rRNA (3068-MER)
  • 5.8S rRNA (145-MER)
  • 5S rRNA (117-MER)
  • Unknown peptide
  • uL29
キーワードRIBOSOME / LSU / Entamoeba histolytica / 53S
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / endoplasmic reticulum / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily ...Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L35a, putative / 60S ribosomal protein L44, putative ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L35a, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / Ribosomal protein L10, putative / Ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L31, putative / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L40, putative / Ribosomal protein L23A, putative / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L3, putative / Large ribosomal subunit protein eL22 / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L34, putative / Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L36, putative / 60S ribosomal protein L37-A, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L30, putative / 60S ribosomal protein L37A, putative / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL15A
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sharma, S. / Mishra, S. / Gourinath, S. / Kaushal, P.S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
lA: 25S rRNA (3068-MER)
lB: 5.8S rRNA (145-MER)
lC: 5S rRNA (117-MER)
lD: Large ribosomal subunit protein uL2
lE: 60S ribosomal protein L3, putative
lF: 60S ribosomal protein L4, putative
lG: 60S ribosomal protein L5, putative
lH: 60S ribosomal protein L6, putative
lI: 60S ribosomal protein L7, putative
lJ: 60S ribosomal protein L7a
lK: 60S ribosomal protein L9, putative
lL: Ribosomal protein L10, putative
lM: 60S ribosomal protein L11, putative
lN: 60S ribosomal protein L13, putative
lO: 60S ribosomal protein L13, putative
lP: 60S ribosomal protein L14, putative
lQ: Ribosomal protein L15
lR: 60S ribosomal protein L17, putative
lS: 60S ribosomal protein L18, putative
lT: 60S ribosomal protein L18a
lU: Ribosomal protein L19
lV: 60S ribosomal protein L21, putative
lW: Large ribosomal subunit protein eL22
lX: 60S ribosomal protein L23, putative
lY: Ribosomal protein L23A, putative
lZ: 60S ribosomal protein L24, putative
la: 60S ribosomal protein L26, putative
lb: 60S ribosomal protein L27, putative
lc: Large ribosomal subunit protein uL15A
ld: 60S ribosomal protein L29
le: 60S ribosomal protein L30, putative
lf: 60S ribosomal protein L31, putative
lg: 60S ribosomal protein L32, putative
lh: 60S ribosomal protein L34, putative
li: uL29
lj: 60S ribosomal protein L35a, putative
lk: 60S ribosomal protein L36, putative
ll: 60S ribosomal protein L37-A, putative
lm: 60S ribosomal protein L37A, putative
ln: 60S ribosomal protein L38, putative
lo: Ribosomal protein L39, putative
lp: 60S ribosomal protein L40, putative
lq: 60S ribosomal protein L44, putative
lr: Unknown peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,994,14944
ポリマ－1,994,14944
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 lAlBlC

#1: RNA鎖 25S rRNA (3068-MER)


分子量: 1130459.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 25S rRNA
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: BDEQ01000001
#2: RNA鎖 5.8S rRNA (145-MER)


分子量: 49892.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: 415339
#3: RNA鎖 5S rRNA (117-MER)


分子量: 37450.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: 61658858

-
Large ribosomal subunit protein ... , 3種, 3分子 lDlWlc

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L8


分子量: 27850.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15574
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L22


分子量: 15877.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LW40
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15A / 60S ribosomal protein L27a-1


分子量: 17042.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: Q9BI06

+
60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 lElFlGlHlIlJlKlMlNlOlPlRlSlTlVlXlZlalbldlelflglhljlklllmlnlplq

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3, putative


分子量: 45620.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LW09
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4, putative


分子量: 47430.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: B1N384
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative


分子量: 32437.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LU56
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative


分子量: 22944.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LYF9
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative


分子量: 25765.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M751
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 32313.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVH6
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9, putative


分子量: 22351.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVZ9
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11, putative


分子量: 19669.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LZG9
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 33028.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M8R8
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 23177.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M3F3
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14, putative


分子量: 15161.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M8C9
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative


分子量: 19892.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LX05
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18, putative


分子量: 19038.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXC8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20130.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXZ0
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21, putative


分子量: 18869.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LV69
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative


分子量: 15260.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVB0
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L24, putative


分子量: 18649.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LSA0
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative


分子量: 23898.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LSU3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27, putative


分子量: 15786.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M727
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7340.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LUN3
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30, putative


分子量: 11629.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M919
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31, putative


分子量: 17281.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LU13
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32, putative


分子量: 15572.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LT96
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L34, putative


分子量: 15481.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LYA7
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35a, putative


分子量: 12143.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: B1N4V3
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36, putative


分子量: 11942.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LZH1
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A, putative


分子量: 9046.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M0X0
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L37A, putative


分子量: 10249.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: N9UZL4
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38, putative


分子量: 9586.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M6F9
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L40, putative


分子量: 6482.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LV09
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L44, putative


分子量: 11603.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LS99

-
Ribosomal protein ... , 5種, 5分子 lLlQlUlYlo

#12: タンパク質 Ribosomal protein L10, putative


分子量: 23831.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LTA0
#17: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 23951.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7U2
#21: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22978.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LWJ4
#25: タンパク質 Ribosomal protein L23A, putative


分子量: 13694.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LV64
#41: タンパク質 Ribosomal protein L39, putative


分子量: 6282.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LTA2

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 lilr

#35: タンパク質 uL29


分子量: 13925.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#44: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
細胞内の位置: cytoplasm / Organelle: ribosome
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 290 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1.34 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 3470

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_svn / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 763731
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 378061 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 67.76 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refinement
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15XXB

5xxb

15XXB1PDBexperimental model
24UG0

4ug0

14UG02PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 70.09 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036130731
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5729192456
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038724207
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004111889
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.477553065

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る