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万見
- PDB-9uyn: Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uyn
タイトルCryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor
  • Nanobody 32
  • Single-chain fragment variable 30 (scFv30)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / G protein-coupled receptor 1 / chemerin / beta-arrestin1 / signaling protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / angiotensin receptor binding / hemostasis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling ...adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / angiotensin receptor binding / hemostasis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / telencephalon development / negative regulation of interleukin-8 production / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / neuropeptide binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / stress fiber assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of Rho protein signal transduction / pseudopodium / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / negative regulation of Notch signaling pathway / enzyme inhibitor activity / neuropeptide signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / response to cytokine / negative regulation of protein ubiquitination / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / MAP2K and MAPK activation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / glucose homeostasis / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / G alpha (s) signalling events / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / endosome / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / nuclear body / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chemerin-like receptor 2 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Formyl peptide receptor-related / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain ...Chemerin-like receptor 2 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Formyl peptide receptor-related / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Vasopressin V2 receptor / Chemerin-like receptor 2 / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cai, H. / Lin, X. / Zhao, L. / He, M. / Yu, J. / Zhang, B. / Ma, Y. / Xie, C. / Shui, W. / Zhao, Q. ...Cai, H. / Lin, X. / Zhao, L. / He, M. / Yu, J. / Zhang, B. / Ma, Y. / Xie, C. / Shui, W. / Zhao, Q. / Zhu, Y. / Wu, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401012 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Noncanonical agonist-dependent and -independent arrestin recruitment of GPR1
著者: Cai, H. / Lin, X. / Zhao, L. / He, M. / Yu, J. / Zhang, B. / Ma, Y. / Chang, X. / Tang, Y. / Luo, T. / Jiang, J. / Ma, M. / Song, W. / Ma, L. / Chu, X. / Yi, C. / Chen, K. / Han, S. / Xie, C. ...著者: Cai, H. / Lin, X. / Zhao, L. / He, M. / Yu, J. / Zhang, B. / Ma, Y. / Chang, X. / Tang, Y. / Luo, T. / Jiang, J. / Ma, M. / Song, W. / Ma, L. / Chu, X. / Yi, C. / Chen, K. / Han, S. / Xie, C. / Shui, W. / Zhao, Q. / Zhu, Y. / Wu, B.
履歴
登録2025年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor
A: Beta-arrestin-1
B: Nanobody 32
C: Single-chain fragment variable 30 (scFv30)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7945
ポリマ－129,5404
非ポリマー2541
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor / Chemerin chemokine-like receptor 2 / Chemokine-like receptor 2 / G-protein coupled receptor 1 / V2R ...Chemerin chemokine-like receptor 2 / Chemokine-like receptor 2 / G-protein coupled receptor 1 / V2R / AVPR V2 / Antidiuretic hormone receptor / Renal-type arginine vasopressin receptor


分子量: 48035.852 Da / 分子数: 1 / 変異: V143C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMKLR2, GPR1, AVPR2, ADHR, DIR, DIR3, V2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P46091, UniProt: P30518
#2: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1 / Non-visual arrestin-2


分子量: 42107.105 Da / 分子数: 1
変異: C59A/C125S/C140I/C150V/R169E/C242V/Y249C/C251V/C269S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARRB1, ARR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49407
#3: 抗体 Nanobody 32


分子量: 13238.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#4: 抗体 Single-chain fragment variable 30 (scFv30)


分子量: 26157.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: G protein-coupled receptor 1 in complex with beta-arrestin1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 2.1875 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 413367 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027692
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47110493
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.0691074
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391218
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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