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- PDB-9sfb: Structure at 2.7 A resolution of Thermus thermophilus tyrosyl-tRN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sfb
タイトルStructure at 2.7 A resolution of Thermus thermophilus tyrosyl-tRNA synthetase bound to a tRNA(Tyr)(GUA) transcript, the sulphamoyl analogue of tyrosyl-adenylate and pyrophosphate.
要素
  • Thermus thermophilus tRNATyr(GUC) transcript
  • Tyrosine--tRNA ligase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / aminoacyl-tRNA synthetase / ligase / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / RNA-binding S4 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / 5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / RNA / RNA (> 10) / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cusack, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2002
タイトル: Class I tyrosyl-tRNA synthetase has a class II mode of cognate tRNA recognition.
著者: Yaremchuk, A. / Kriklivyi, I. / Tukalo, M. / Cusack, S.
履歴
登録2025年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
T: Thermus thermophilus tRNATyr(GUC) transcript
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,73210
ポリマ－76,4682
非ポリマー1,2648
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area31360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)130.629, 130.629, 109.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 48786.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
遺伝子: tyrS, TT_C1033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P83453, tyrosine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 Thermus thermophilus tRNATyr(GUC) transcript


分子量: 27681.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: G9 replaced by U9 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-YSA / 5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / TYROSYLADENYLATE


分子量: 509.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Don't know

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→23 Å / Num. obs: 29086 / % possible obs: 97.06 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Num. unique obs: 5814 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.36 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.5 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1449 4.982 %
Rwork0.2042 27637 -
all0.206 --
obs-29086 97.057 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 88.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.459 Å20.73 Å2-0 Å2
2--1.459 Å2-0 Å2
3----4.734 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 1753 74 0 5220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0125498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0721.8647852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3811.7499893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6095427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.484542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.283567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66810632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.16710161
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.24027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.22360
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.22326
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1250.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1320.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1530.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8028.2091708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7968.211708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.77414.7662135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.77414.7692136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9079.5493790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9069.5493791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.72517.3985717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.72417.3975718
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.29298.1236461
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.29198.1166462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7680.452750.3921537X-RAY DIFFRACTION74.9767
2.768-2.8430.398920.3591952X-RAY DIFFRACTION96.7803
2.843-2.9240.3641000.3121938X-RAY DIFFRACTION100
2.924-3.0120.3131200.2751869X-RAY DIFFRACTION100
3.012-3.1090.272790.2551877X-RAY DIFFRACTION100
3.109-3.2160.272890.2571783X-RAY DIFFRACTION100
3.216-3.3350.237990.2331712X-RAY DIFFRACTION100
3.335-3.4680.25910.2191625X-RAY DIFFRACTION100
3.468-3.6190.28770.2151623X-RAY DIFFRACTION100
3.619-3.7910.218750.2091534X-RAY DIFFRACTION99.9379
3.791-3.990.299890.1941436X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.2240.236720.1811395X-RAY DIFFRACTION100
4.224-4.5050.203730.1611299X-RAY DIFFRACTION100
4.505-4.850.189810.1591210X-RAY DIFFRACTION99.9226
4.85-5.290.229750.1571119X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.8750.189380.1841056X-RAY DIFFRACTION100
5.875-6.7120.276470.2923X-RAY DIFFRACTION99.6917
6.712-8.0510.186330.181813X-RAY DIFFRACTION98.8318
8.051-10.7460.228310.183599X-RAY DIFFRACTION91.1722
10.746-230.459130.292337X-RAY DIFFRACTION74.1525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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