PDB-9s02: PYCR1 in complex with 3-(2-thiazolyl)propionic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s02

タイトル

PYCR1 in complex with 3-(2-thiazolyl)propionic acid

要素

Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / delta-1-pyrroline-5-carboxylate reductase / PYCR1 / cancer / crystallographic fragment screening (XFS) / molecular docking / inhibitors / proline metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Ragin-Oh, W. / Czerwonka, D. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Crystallographic fragment screening reveals new starting points for PYCR1 inhibitor design.
著者: Ragin-Oh, W. / Czerwonka, D. / Tran, L.H. / Forlani, G. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2025年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9s02.cif.gz	646 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9s02.ent.gz	443.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9s02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9s02_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9s02_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9s02_validation.xml.gz	67.8 KB	表示
CIF形式データ	9s02_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/9s02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/9s02	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9rzzC 9s01C 9s04C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.60884/NRNGS4 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

184 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
368 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.674, 88.042, 116.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-625- HOH
2	1	E-518- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 1 through 5 or resid 7...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	PHE	PHE	A	A	1 - 5	1 - 5
d_1	2	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	7 - 123	7 - 123
d_1	3	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	125 - 148	125 - 148
d_1	4	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	150 - 198	150 - 198
d_1	5	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	200 - 209	200 - 209
d_1	6	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	211 - 273	211 - 273
d_1	7	ZZZ	ZZZ	ZZZ	ZZZ	A	F	301
d_1	8	EDO	EDO	EDO	EDO	A	G	304
d_1	9	EDO	EDO	EDO	EDO	A	H	305
d_2	1	MET	MET	PHE	PHE	B	B	1 - 5	6 - 10
d_2	2	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	7 - 123	12 - 128
d_2	3	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	125 - 148	130 - 153
d_2	4	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	150 - 198	155 - 203
d_2	5	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	200 - 209	205 - 214
d_2	6	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	211 - 273	216 - 278
d_2	7	ZZZ	ZZZ	ZZZ	ZZZ	B	L	301
d_2	8	EDO	EDO	EDO	EDO	B	M	304
d_2	9	EDO	EDO	EDO	EDO	B	N	305
d_3	1	MET	MET	PHE	PHE	C	C	1 - 5	1 - 5
d_3	2	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	7 - 123	7 - 123
d_3	3	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	125 - 148	125 - 148
d_3	4	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	150 - 198	150 - 198
d_3	5	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	200 - 209	200 - 209
d_3	6	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	211 - 273	211 - 273
d_3	7	ZZZ	ZZZ	ZZZ	ZZZ	C	R	301
d_3	8	EDO	EDO	EDO	EDO	C	S	304
d_3	9	EDO	EDO	EDO	EDO	C	T	305
d_4	1	MET	MET	PHE	PHE	D	D	1 - 5	3 - 7
d_4	2	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	7 - 123	9 - 125
d_4	3	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	125 - 148	127 - 150
d_4	4	GLU	GLU	PRO	PRO	D	D	150 - 198	152 - 200
d_4	5	ARG	ARG	ALA	ALA	D	D	200 - 209	202 - 211
d_4	6	LEU	LEU	ASP	ASP	D	D	211 - 273	213 - 275
d_4	7	ZZZ	ZZZ	ZZZ	ZZZ	D	W	301
d_4	8	EDO	EDO	EDO	EDO	D	X	304
d_4	9	EDO	EDO	EDO	EDO	D	Y	306
d_5	1	MET	MET	PHE	PHE	E	E	1 - 5	1 - 5
d_5	2	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	7 - 123	7 - 123
d_5	3	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	125 - 148	125 - 148
d_5	4	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	150 - 198	150 - 198
d_5	5	ARG	ARG	ALA	ALA	E	E	200 - 209	200 - 209
d_5	6	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	211 - 273	211 - 273
d_5	7	ZZZ	ZZZ	ZZZ	ZZZ	E	DA	301
d_5	8	EDO	EDO	EDO	EDO	E	EA	304
d_5	9	EDO	EDO	EDO	EDO	E	FA	305

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.2925428108, 0.00894664378765, -0.956210573783), (-0.000802504439429, -0.999958177025, -0.00911044381526), (-0.956252090108, -0.00189783161086, 0.292537755511)	82.80496047, 88.7711658571, 61.6608277175
2	given	(0.300051797447, 0.00161767990824, -0.953921538681), (-0.00873083712482, 0.999961333728, -0.00105049102394), (0.953882954734, 0.00864373530402, 0.300054319263)	83.4117664718, 0.209892148961, 60.6890210598
3	given	(0.806923551102, 0.000730097374954, -0.590655440706), (-0.00418891080004, -0.999967014098, -0.00695871702314), (-0.590641037944, 0.00808935560609, -0.806893875687)	51.471139378, 88.6868223384, 157.678988119
4	given	(-0.80905834674, 0.00174908201271, -0.587725728791), (0.00449421327065, 0.999984746531, -0.003210724549), (0.587711148114, -0.00523902826528, -0.809053866541)	51.2224651655, 0.123359747929, 158.519989195

#1: タンパク質	Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 36075.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-R9M / 3-(1,3-thiazol-2-yl)propanoic acid 分子量: 157.190 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M ...詳細: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M Tris (base), BICINE pH 8.5, 20% ethylene glycol, 10% PEG 8000, and supplemented with 10% ethylene glycol for cryoprotection.

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→37.11 Å / Num. obs: 202193 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.23 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19.84
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 1.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 32339 / CC_1/2: 0.72 / R_rim(I) all: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→37.11 Å / SU ML: 0.1876 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1415
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	2000	0.99 %
R_work	0.1739	200058	-
obs	0.1741	202058	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10091	0	222	724	11037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	10555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0121	14234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0657	1697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0581	3864

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.407400033436
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.602725168321
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.05340635798
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.418574457971

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.3313	141	0.3217	14113	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.69-1.74	0.33	141	0.2936	14124	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.74-1.79	0.2868	141	0.2547	14136	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.79-1.85	0.2713	143	0.2321	14189	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.85-1.91	0.2556	141	0.2128	14231	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.91-1.99	0.2679	142	0.2055	14162	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.99-2.08	0.2012	142	0.1708	14205	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.08-2.19	0.1741	143	0.1671	14279	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.19-2.33	0.1839	143	0.1572	14234	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.33-2.51	0.1853	142	0.1633	14280	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.51-2.76	0.1885	143	0.1638	14351	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.76-3.16	0.1561	144	0.163	14376	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.16-3.98	0.1746	145	0.1599	14484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-37.11	0.1912	149	0.1686	14894	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.36254342487	3.29044396751	-1.38133816717	7.29897854476	-1.18809172496	9.0418440946	-0.250597311388	0.357525042176	0.295328880081	-1.34628579719	0.11989675961	1.09144702856	-0.540713307436	-0.567889470973	0.109747310548	0.777483781572	0.0542085625645	-0.149165305985	0.404883103792	-0.00696113059677	0.47744715898	11.258	26.627	44.306
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25	1.17538987684	0.335061017153	0.106517133839	1.54817675487	0.0827515110514	0.727831869866	-0.00305305239605	-0.0512021561116	-0.11026669737	0.198366838733	0.0128885426493	-0.0204000562084	0.0477271775629	-0.0312040242303	-0.0071393949757	0.219929981199	0.00637346179655	0.00977752988473	0.223606194359	0.00961087309506	0.156895255519	-1.002	43.959	110.662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:48 )	A	1 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 49:110 )	A	49 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 111:163 )	A	111 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 164:218 )	A	164 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 219:231 )	A	219 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 232:273 )	A	232 - 273
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID -4:33 )	B	-4 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 34:48 )	B	34 - 48
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 49:100 )	B	49 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 101:161 )	B	101 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 162:219 )	B	162 - 219
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 220:273 )	B	220 - 273
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 1:22 )	C	1 - 22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 23:48 )	C	23 - 48
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 49:110 )	C	49 - 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 111:161 )	C	111 - 161
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 162:219 )	C	162 - 219
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 220:273 )	C	220 - 273
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID -1:85 )	D	-1 - 85
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 86:161 )	D	86 - 161
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 162:218 )	D	162 - 218
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 219:273 )	D	219 - 273
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN E AND RESID 1:48 )	E	1 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 49:176 )	E	49 - 176
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 177:273 )	E	177 - 273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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