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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9rzz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | PYCR1 in complex with pyrrolidine-1-sulfonic acid. | ||||||
Components | Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / delta-1-pyrroline-5-carboxylate reductase / PYCR1 / cancer / crystallographic fragment screening (XFS) / molecular docking / inhibitors / proline metabolism | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Ragin-Oh, W. / Ruszkowski, M. / Czerwonka, D. | ||||||
| Funding support | Poland, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Chem. / Year: 2025Title: Crystallographic fragment screening reveals new starting points for PYCR1 inhibitor design. Authors: Ragin-Oh, W. / Czerwonka, D. / Tran, L.H. / Forlani, G. / Ruszkowski, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9rzz.cif.gz | 650.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9rzz.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9rzz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9rzz_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9rzz_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9rzz_validation.xml.gz | 67.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 9rzz_validation.cif.gz | 89.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/9rzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/9rzz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9s01C ![]() 9s02C ![]() 9s04C C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.60884/DSLYQF / Data set type: diffraction image data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35961.352 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PYCR1 / Production host: ![]() References: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-A1JKN / Mass: 151.184 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: obtained synthetically / Formula: C4H9NO3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.66 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M ...Details: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M Tris (base), BICINE pH 8.5, 20% ethylene glycol, 10% PEG 8000, and supplemented with 10% ethylene glycol for cryoprotection. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 1.0597 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 29, 2025 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0597 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→46.55 Å / Num. obs: 185960 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.77 % / Biso Wilson estimate: 24.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 18.19 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 2.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 29800 / CC1/2: 0.456 / Rrim(I) all: 2.8 / % possible all: 99.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→46.55 Å / SU ML: 0.2581 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.9709 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 43.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→46.55 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Poland, 1items
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