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万見
- PDB-9rf5: M. tuberculosis meets European Lead Factory: identification and s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rf5
タイトルM. tuberculosis meets European Lead Factory: identification and structural characterization of novel Rv0183 inhibitors using X-ray crystallography: ELF8
要素Monoacylglycerol lipase
キーワードHYDROLASE / Rv0183 / Inhibitor / Monoacylglycerol lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerolipid catabolic process / acylglycerol lipase / lipase activity / monoacylglycerol lipase activity / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated activation of host apoptosis / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Monoacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Riegler-Berket, L. / Goedl, L. / Oberer, M. / Polidori, N.
資金援助 オーストリア, 3件
組織認可番号国
Austrian Science FundF73 オーストリア
Austrian Science FundDOC 50 オーストリア
Austrian Science FundDOC 130 オーストリア
引用ジャーナル: Disease and Therapeutics / 年: 2025
タイトル: M. tuberculosis meets European lead factory:Identification and structural characterization of novel Rv0183 inhibitors using X-ray crystallography
著者: Riegler-Berket, L. / Godl, L. / Polidori, N. / Aschauer, P. / Grininger, C. / Prosser, G. / Lichtenegger, J. / Sagmeister, T. / Parigger, L. / Gruber, C.C. / Reiling, N. / Oberer, M.
履歴
登録2025年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4736
ポリマ－33,6181
非ポリマー8555
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.687, 91.104, 40.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Monoacylglycerol lipase / MGL


分子量: 33618.047 Da / 分子数: 1 / 変異: K74A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: Rv0183 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O07427, acylglycerol lipase

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非ポリマー , 6種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-8D5 / [(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]-[4-[2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]-1,3-oxazol-5-yl]phenyl]methanone


分子量: 418.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17F3N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, PEG 3350, MPD, HEPES, MOPS, CHAPS, CHAPSO, Sodium glycocholate hydrate, Taurocholic acid sodium salt hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.65 Å / Num. obs: 29055 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01921 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 2845 / CC1/2: 0.959

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→37.65 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 1454 5.01 %
Rwork0.1662 --
obs0.1679 29038 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 59 81 2262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9183185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.944374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.2181420.1852702X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.940.23981420.17512716X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.030.21491300.16562732X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.130.19191330.15642744X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.270.21141580.16072707X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.440.21161390.15912733X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.690.18461560.16012749X-RAY DIFFRACTION100
2.69-3.080.21461520.16352758X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.880.16891640.15712780X-RAY DIFFRACTION100
3.88-37.650.21321380.17832963X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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