PDB-9rhw: M. tuberculosis meets European Lead Factory: identification and s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rhw

タイトル

M. tuberculosis meets European Lead Factory: identification and structural characterization of novel Rv0183 inhibitors using X-ray crystallography: ELF1

要素

Monoacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / Rv0183 / Inhibitor / Monoacylglycerol lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerolipid catabolic process / acylglycerol lipase / lipase activity / monoacylglycerol lipase activity / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated activation of host apoptosis / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Riegler-Berket, L. / Goedl, L. / Oberer, M. / Sagmeister, T.

資金援助

オーストリア, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: M. tuberculosis meets European Lead Factory: identification and structural characterization of novel Rv0183 inhibitors using X-ray crystallography: ELF1
著者: Riegler-Berket, L. / Goedl, L. / Oberer, M. / Sagmeister, T.

履歴

登録	2025年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rhw.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rhw.ent.gz	163.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rhw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rhw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rhw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9rhw_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	9rhw_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/9rhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/9rhw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

A: Monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.485, 82.535, 90.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Monoacylglycerol lipase / MGL 分子量: 33676.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: Rv0183 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O07427, acylglycerol lipase

-
非ポリマー , 7種, 286分子

#2: 化合物	ChemComp-7WW / [5-(2-chlorophenyl)-1-(4-methoxyphenyl)pyrazol-3-yl]-[(3R)-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]methanone 分子量: 397.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀ClN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 1000, PEG 3350, MPD, HEPES, MOPS, CHAPS, CHAPSO, Sodium glycocholate hydrate, Taurocholic acid sodium salt hydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03272 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→45.3 Å / Num. obs: 83281 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 13.32 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.92
反射シェル	解像度: 1.25→1.295 Å / Num. unique obs: 7252 / CC_1/2: 0.857

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	Refmac5	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→45.3 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 14.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1549	4142	4.97 %
R_work	0.139	-	-
obs	0.1398	83267	98.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→45.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2130	0	66	277	2473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.41	3597
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.262	458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.027	489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.26	0.255	128	0.2171	2179	X-RAY DIFFRACTION	82
1.26-1.28	0.1863	122	0.2002	2333	X-RAY DIFFRACTION	88
1.28-1.29	0.2186	108	0.1864	2382	X-RAY DIFFRACTION	90
1.29-1.31	0.2195	137	0.1857	2465	X-RAY DIFFRACTION	93
1.31-1.33	0.1978	141	0.1709	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
1.33-1.35	0.1788	135	0.1668	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
1.35-1.37	0.1764	128	0.1569	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.1925	147	0.1521	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.1458	134	0.1501	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.1539	142	0.1492	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.1574	141	0.1494	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.48	0.1601	146	0.1545	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.1828	129	0.1483	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.54	0.1596	141	0.135	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.1481	136	0.1328	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.61	0.1553	150	0.1249	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.65	0.1527	153	0.1218	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.1401	140	0.1281	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.75	0.1411	135	0.1313	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8	0.1504	125	0.1299	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.87	0.1321	139	0.1355	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.94	0.1467	140	0.1291	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.03	0.1405	157	0.1203	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.14	0.152	111	0.1228	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.27	0.1301	146	0.1193	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.45	0.1492	142	0.1267	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.69	0.1326	147	0.1288	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-3.08	0.1517	141	0.1453	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.88	0.1427	144	0.1392	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-45.3	0.182	157	0.1525	2908	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.6225 Å / Origin y: 15.9369 Å / Origin z: 21.3302 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0574 Å²	0.005 Å²	-0.0008 Å²	-	0.1061 Å²	-0.0021 Å²	-	-	0.0671 Å²
L	0.6111 °²	0.1763 °²	0.1165 °²	-	1.3106 °²	0.2345 °²	-	-	0.5775 °²
S	0.0025 Å °	-0.004 Å °	0.0089 Å °	-0.0027 Å °	-0.0008 Å °	-0.0209 Å °	-0.0219 Å °	0.0203 Å °	-0.0004 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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