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- PDB-9r21: Cryo-EM structure of the flotillin-associated rhodopsin PsFAR in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r21
タイトルCryo-EM structure of the flotillin-associated rhodopsin PsFAR in detergent micelle
要素flotillin-associated rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / flotillin / rhodopsin / retinal
機能・相同性EICOSANE
機能・相同性情報
生物種Candidatus Pseudothioglobus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Kovalev, K. / Stetsenko, A. / Marin, E. / Guskov, A.
資金援助 オランダ, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)OCENW.KLEIN.141 オランダ
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND847543 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis for no retinal binding in flotillin-associated rhodopsins.
著者: Kirill Kovalev / Artem Stetsenko / Florian Trunk / Egor Marin / Jose M Haro-Moreno / Gerrit H U Lamm / Alexey Alekseev / Francisco Rodriguez-Valera / Thomas R Schneider / Josef Wachtveitl / Albert Guskov /
要旨: Rhodopsins are light-sensitive membrane proteins capturing solar energy via a retinal cofactor covalently attached to a lysine residue. Several groups of rhodopsins lack the conserved lysine and ...Rhodopsins are light-sensitive membrane proteins capturing solar energy via a retinal cofactor covalently attached to a lysine residue. Several groups of rhodopsins lack the conserved lysine and showed no retinal binding. Recently, flotillin-associated rhodopsins (FArhodopsins or FARs) were identified and suggested to lack the retinal-binding pocket despite preserving the lysine residue in many members of the group. Here, we present cryoelectron microscopic (cryo-EM) structures of paralog FArhodopsin and proteorhodopsin from marine bacterium Pseudothioglobus, both forming pentamers similar to those of other microbial rhodopsins. We demonstrate no binding of retinal to the FArhodopsin despite preservation of the lysine residue and overall similarity of the protein fold and internal organization to those of the retinal-binding paralog. Mutational analysis confirmed that two amino acids, H84 and E120, prevent retinal binding within the FArhodopsin. Our work provides insights into the natural retinal loss in microbial rhodopsins and might contribute to the further understanding of FArhodopsins.
履歴
登録2025年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: flotillin-associated rhodopsin
B: flotillin-associated rhodopsin
C: flotillin-associated rhodopsin
D: flotillin-associated rhodopsin
E: flotillin-associated rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,47886
ポリマ－137,5915
非ポリマー22,88681
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
flotillin-associated rhodopsin


分子量: 27518.244 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Pseudothioglobus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: flotillin-associated rhodopsin PsFAR / タイプ: COMPLEX / 詳細: pentamer of the protein in detergent micelle / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.135 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Candidatus Pseudothioglobus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K / 詳細: Blotting 4-6 second, force 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212403 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.56→108.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.567 / SU B: 7.248 / SU ML: 0.14 / ESU R: 0.417
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.47041 --
obs0.47041 126248 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 45.843 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 10231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0110.01210273
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01610886
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.0941.83813602
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6741.91725044
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.93351175
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg15.308545
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.428101525
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0970.21505
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0211050
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.022340
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.3823.4224715
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other5.3813.4224715
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it86.1445885
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other86.1475886
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.3024.9895558
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other7.3024.9895559
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other11.4668.3177718
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined14.00533.3111765
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other14.00433.3111766
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.626 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.866 9436 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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