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- PDB-9qwk: Crystal structure of S2c-a5b6 TCR in complex with CD1c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qwk
タイトルCrystal structure of S2c-a5b6 TCR in complex with CD1c
要素
  • Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
  • TCR alpha
  • TCR beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / TCR / CD1c / lipids
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / glycolipid binding / lipopeptide binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / glycolipid binding / lipopeptide binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / lysosome / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / alpha-L-fucopyranose / T-cell surface glycoprotein CD1c / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Karuppiah, V. / Rangel, V.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2025
タイトル: A CD1c lipid agnostic T cell receptor bispecific engager redirects T cells against CD1c + cells.
著者: Szoke-Kovacs, R. / Khakoo, S. / Rangel, V.L. / Della Cristina, P. / Pentier, J. / Khanolkar, R. / El-Ajouz, S. / Simmons, R. / Cole, D.K. / Gogolak, P. / Salio, M. / Karuppiah, V.
履歴
登録2025年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
B: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
D: TCR alpha
E: TCR beta
F: TCR beta
G: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
H: TCR alpha
J: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
K: TCR beta
L: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
M: TCR alpha
O: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
P: TCR beta
Q: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
R: TCR alpha
T: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)603,81237
ポリマ－598,82716
非ポリマー4,98521
水1,47782
1
A: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
B: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
D: TCR alpha
E: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7889
ポリマ－149,7074
非ポリマー1,0815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: TCR beta
G: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
H: TCR alpha
J: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7868
ポリマ－149,7074
非ポリマー1,0794
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: TCR beta
L: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
M: TCR alpha
O: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,39311
ポリマ－149,7074
非ポリマー1,6867
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: TCR beta
Q: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
R: TCR alpha
T: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,8459
ポリマ－149,7074
非ポリマー1,1385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.233, 83.652, 180.130
Angle α, β, γ (deg.)91.85, 95.99, 115.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 16分子 ABGJLOQTDHMREFKP

#1: タンパク質
Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c


分子量: 49744.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P, CD1C / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769, UniProt: P29017
#2: タンパク質
TCR alpha


分子量: 22099.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
TCR beta


分子量: 28118.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 6種, 9分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 94分子

#8: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate and 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→89.24 Å / Num. obs: 194208 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.963 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.66 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 9525 / CC1/2: 0.325 / Rpim(I) all: 1.004 / Rrim(I) all: 1.943 / % possible all: 96.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→89.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 21.668 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25287 2022 1 %RANDOM
Rwork0.22626 ---
obs0.22653 192181 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.15 Å21.25 Å2-0.46 Å2
2---1.64 Å21.85 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.27→89.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25763 0 332 82 26177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01226923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01624266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.81236524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5851.75356014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.59953220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.6225152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.935104296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.23895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0232015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0883.26112934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0883.26112934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8115.84516136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.815.84516137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6593.59213989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6593.59213990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6466.43920389
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.9435.3528167
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.9435.3528168
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.274→2.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 143 -
Rwork0.337 14032 -
obs--97.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9519-0.47280.64192.9265-0.0533.0309-0.064-0.28590.22930.53990.0318-0.4755-0.20450.49450.03220.1164-0.0463-0.09180.3387-0.18260.31832.802124.7715-5.1395
21.59811.10271.49264.99472.45035.6326-0.023-0.61960.29161.2290.0976-0.4331-0.50980.1536-0.07470.6070.0764-0.20070.5545-0.2760.314733.291927.21613.8719
33.2721-0.02031.5170.8861-0.17911.97640.0380.26310.249-0.1716-0.04320.115-0.10070.08090.00520.0683-0.03010.00670.1835-0.08190.1898-11.394321.0379-41.4261
42.09720.27890.51010.4213-0.22670.734-0.0594-0.24770.0896-0.05930.03190.0196-0.1204-0.02080.02750.0638-0.029-0.01760.2002-0.15530.2174-20.565416.7821-25.3554
50.6953-0.2650.82050.871-0.773.520.0389-0.0645-0.2499-0.01970.17850.19840.5704-0.2281-0.21740.49290.0199-0.07780.391-0.06560.322120.728947.961948.2237
60.4029-0.21840.28271.2540.51323.6227-0.098-0.0346-0.03280.06790.0965-0.01160.0257-0.00920.00140.25380.022-0.04320.3073-0.07190.245814.093963.0393-7.5944
71.6043-0.41160.95871.5582-0.88183.7681-0.02010.0014-0.04560.1058-0.0713-0.18340.14780.34680.09140.31590.1003-0.07890.3476-0.15460.262537.43356.649345.0684
81.8517-1.1093-0.32993.08572.14364.3725-0.23640.0196-0.51810.10880.10070.5070.5155-0.40930.13560.2821-0.0752-0.00160.2981-0.04170.3646-0.347453.4791-15.3861
91.3013-0.40560.84261.0459-1.14461.81520.0022-0.1194-0.0378-0.0266-0.0389-0.04710.0751-0.10690.03680.0557-0.0437-0.00620.2118-0.15860.206636.925857.0635-38.9912
102.9285-0.25470.36651.59050.34092.8176-0.0050.78840.1566-0.49710.03440.3666-0.1508-0.1606-0.02940.5056-0.0035-0.20220.5027-0.07860.221820.1972.6544-92.0126
111.8752-0.16551.11551.6448-0.70673.83760.01650.0515-0.02880.0093-0.1551-0.35760.07570.3490.13860.0158-0.03180.01210.2301-0.12610.259351.387268.5891-43.6572
123.74170.78760.67763.72761.65263.7207-0.27920.5521-0.4842-0.29050.00690.67070.3571-0.22050.27240.6015-0.0046-0.24190.5506-0.19580.44216.614160.6993-97.7695
132.7357-0.57211.27911.4293-0.39632.50440.0991-0.0980.0218-0.1118-0.04170.43770.0144-0.4083-0.05750.38090.0687-0.09260.3547-0.17970.4174-12.61726.1031-119.8996
141.8178-0.02311.16642.2535-0.28153.2838-0.0464-0.0338-0.130.4454-0.0751-0.5135-0.29380.66080.12150.5448-0.0148-0.21880.5072-0.12970.416939.29526.9049-93.6641
153.23410.01251.21131.39110.02862.82170.05050.42160.4023-0.3272-0.11090.2666-0.2245-0.0610.06040.50480.0707-0.16020.355-0.13150.2887-1.339627.0328-135.228
162.00560.64170.82932.24121.44375.7044-0.0087-0.37440.02950.5208-0.07050.0387-0.63840.02510.07930.87480.0409-0.2060.4812-0.08020.330236.631531.0501-75.7317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3D2 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5F120 - 362
6X-RAY DIFFRACTION6G8 - 286
7X-RAY DIFFRACTION7H3 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8J1 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9K119 - 362
10X-RAY DIFFRACTION10L8 - 285
11X-RAY DIFFRACTION11M3 - 201
12X-RAY DIFFRACTION12O0 - 104
13X-RAY DIFFRACTION13P120 - 362
14X-RAY DIFFRACTION14Q8 - 284
15X-RAY DIFFRACTION15R3 - 201
16X-RAY DIFFRACTION16T0 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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