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- PDB-9qwj: Crystal structure of S2c TCR in complex with CD1c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qwj
タイトルCrystal structure of S2c TCR in complex with CD1c
要素
  • Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
  • TCR alpha
  • TCR beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / TCR / CD1c / lipids
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / glycolipid binding / lipopeptide binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / glycolipid binding / lipopeptide binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / lysosome / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / DECANE / DODECANE / T-cell surface glycoprotein CD1c / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Karuppiah, V.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2025
タイトル: A CD1c lipid agnostic T cell receptor bispecific engager redirects T cells against CD1c + cells.
著者: Szoke-Kovacs, R. / Khakoo, S. / Rangel, V.L. / Della Cristina, P. / Pentier, J. / Khanolkar, R. / El-Ajouz, S. / Simmons, R. / Cole, D.K. / Gogolak, P. / Salio, M. / Karuppiah, V.
履歴
登録2025年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
D: TCR alpha
E: TCR beta
N: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
T: TCR alpha
U: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,19630
ポリマ－199,4806
非ポリマー3,71624
水9,206511
1
B: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
D: TCR alpha
E: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,85816
ポリマ－99,7403
非ポリマー2,11813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c
T: TCR alpha
U: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,33814
ポリマ－99,7403
非ポリマー1,59811
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.373, 122.068, 108.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 BNDTEU

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c


分子量: 49744.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P, CD1C / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769, UniProt: P29017
#2: タンパク質 TCR alpha


分子量: 21936.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 TCR beta


分子量: 28059.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 10分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 525分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 16 % (w/v) PEG 3350 and 3 % (w/v) 1,6-Hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→102.43 Å / Num. obs: 87692 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.3 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.205 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4386 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.468 / Rrim(I) all: 1.294 / % possible all: 61.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→67.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 11.959 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23503 6481 4.9 %RANDOM
Rwork0.20037 ---
obs0.20209 126417 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→67.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12818 0 237 511 13566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01213407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01612061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.81318182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6171.75527854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.58451594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.006576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.702102117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7362.7566406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7322.7566406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0294.9327987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0294.9337988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6023.1677001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6023.1677002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.525.62510195
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.76131.4514129
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.76131.4514130
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 432 -
Rwork0.317 9360 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9274-0.2016-0.34021.02050.74192.2713-0.0055-0.0291-0.01750.14530.0044-0.0535-0.06420.16970.0010.0618-0.0234-0.00370.04280.00350.00715.496827.463631.1647
22.6036-0.332-1.90721.56610.05423.481-0.0034-0.3119-0.20370.27610.0050.12380.07120.1903-0.00160.0939-0.02390.02250.07540.01730.03523.677517.150247.3858
31.32990.26571.18881.07411.07363.0726-0.02330.0548-0.0094-0.1649-0.06010.1907-0.2074-0.16050.08330.10020.03070.00680.06030.00730.0572-15.637214.1203-20.6414
40.28630.06330.22790.63250.8242.6486-0.01140.0166-0.01830.0574-0.07920.09590.1466-0.19560.09050.07230.01520.03480.05-0.00070.0677-16.8852-3.4525-12.695
51.17940.2104-0.19410.8359-0.39562.5457-0.00950.08770.003-0.1265-0.00210.0981-0.1258-0.20350.01160.1120.0169-0.04230.0513-0.00440.02645.15926.474925.4772
62.9920.6696-1.59691.229-0.2273.2051-0.01180.3583-0.2328-0.1501-0.0143-0.16060.0276-0.09330.02610.0780.0221-0.01750.1121-0.03150.050546.490615.83739.5434
70.7236-0.38931.17271.1144-0.84673.0328-0.0889-0.08240.08910.08980.0533-0.1611-0.19890.04020.03560.07920.01380.01520.077-0.0230.052663.7716.737778.4727
80.4726-0.22870.74860.6562-0.33192.22260.0119-0.0455-0.0514-0.03370.0462-0.04350.15590.029-0.05810.1003-0.01640.0310.04610.00680.03567.5389-0.708771.3538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B2 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2B113 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3D3 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4E2 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5N2 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6N117 - 388
7X-RAY DIFFRACTION7T2 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8U2 - 245

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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