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- PDB-9qpt: Single particle cryo-EM structure of MdtF V610F with bound Rhodam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qpt
タイトルSingle particle cryo-EM structure of MdtF V610F with bound Rhodamine 6G
要素Multidrug resistance protein MdtF
キーワードMEMBRANE PROTEIN / multidrug / pump / anaerobic / lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transmembrane transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / response to toxic substance / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / RHODAMINE 6G / Multidrug resistance protein MdtF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lawrence, R. / Adams, C. / Sousa, J.S. / Ahdash, Z. / Reading, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T008709/1 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Molecular basis for multidrug efflux by an anaerobic RND transporter.
著者: Ryan Lawrence / Mohd Athar / Muhammad R Uddin / Christopher Adams / Joana S Sousa / Oliver Durrant / Sophie Lellman / Lucy Sutton / C William Keevil / Nisha Patel / Christine Prosser / David ...著者: Ryan Lawrence / Mohd Athar / Muhammad R Uddin / Christopher Adams / Joana S Sousa / Oliver Durrant / Sophie Lellman / Lucy Sutton / C William Keevil / Nisha Patel / Christine Prosser / David McMillan / Helen I Zgurskaya / Attilio V Vargiu / Zainab Ahdash / Eamonn Reading
要旨: Bacteria can resist antibiotics and toxic substances within demanding ecological settings, such as low oxygen, extreme acid, and during nutrient starvation. MdtEF, a proton motive force-driven efflux ...Bacteria can resist antibiotics and toxic substances within demanding ecological settings, such as low oxygen, extreme acid, and during nutrient starvation. MdtEF, a proton motive force-driven efflux pump from the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily, is upregulated in these conditions but its molecular mechanism is unknown. Here, we report cryo-electron microscopy structures of Escherichia coli multidrug transporter MdtF within native-lipid nanodiscs, including a single-point mutant with an altered multidrug phenotype and associated substrate-bound form. We reveal that drug binding domain and channel conformational plasticity likely governs promiscuous substrate specificity, analogous to its closely related, constitutively expressed counterpart, AcrB. Whereas we discover distinct transmembrane state transitions within MdtF, which create a more engaged proton relay network, altered drug transport allostery and an acid-responsive increase in efflux efficiency. Physiologically, this provides means of xenobiotic and metabolite disposal within remodelled cell membranes that presage encounters with acid stresses, as endured in the gastrointestinal tract.
履歴
登録2025年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein MdtF
B: Multidrug resistance protein MdtF
C: Multidrug resistance protein MdtF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,79439
ポリマ－341,4243
非ポリマー19,37036
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein MdtF


分子量: 113807.898 Da / 分子数: 3 / 変異: V610F / 由来タイプ: 組換発現
詳細: V610F MdtF protein with a C-terminal 6x His (hexahistidine) tag, separated by a linker sequence including a TEV cleavage site
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mdtF, yhiV, b3514, JW3482 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37637
#2: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#3: 化合物...
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-RHQ / RHODAMINE 6G


分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: R6G-bound homotrimer of V610F multidrug resistance protein MdtF in SMALP nanodisc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.334551 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 41.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION4初期オイラー角割当
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4498131
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1967418 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9QPS

9qps


Accession code: 9QPS / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 45.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002824454
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.520833055
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03993853
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00434140
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.59353824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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