PDB-9qio: Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 0)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qio

タイトル

Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 0)

要素

Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

キーワード

LIGASE / E1 / E2 / SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

FAT10 activating enzyme activity / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / labyrinthine layer development / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / ubiquitin conjugating enzyme activity / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.22 Å

データ登録者

Riechmann, C. / Elliott, P.R.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis of UBA6 specificity for ubiquitin E2 conjugating enzymes reveals a priority mechanism of BIRC6
著者: Riechmann, C. / Ellison, C.J. / Anderson, J.W. / Hofmann, K. / Sarkies, P. / Elliott, P.R.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qio.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qio.ent.gz	192.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qio_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qio_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9qio_validation.xml.gz	51.4 KB	表示
CIF形式データ	9qio_validation.cif.gz	77.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/9qio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/9qio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53192MC 53130C 53131C 53147C 53149C 53155C 53170C 53183C 53184C 53187C 53188C 53190C 53193C 53195C 9qggC 9qgiC 9qgrC 9qgwC 9qh5C 9qhiC 9qiaC 9qicC 9qigC 9qiiC 9qimC 9qipC 9qivC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (8) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (4) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (4)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (6)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6

B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6 / BIR repeat-containing ubiquitin-conjugating enzyme / BRUCE / Baculoviral IAP repeat-containing ...BIR repeat-containing ubiquitin-conjugating enzyme / BRUCE / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Ubiquitin-conjugating BIR domain enzyme apollon / APOLLON 分子量: 36834.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC6, KIAA1289 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q9NR09, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 / Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like ...Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like protein 2 / E1-L2 分子量: 118250.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA6, MOP4, UBE1L2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0AVT1, E1 ubiquitin-activating enzyme
#3: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE 分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: UBA6 bound to BIRC6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 37.45 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 4.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10415 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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