[日本語] English
万見
- PDB-9qgp: Cryo-EM structure of the PlPVC1 sheath, 6-fold symmetrized (C6), ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qgp
タイトルCryo-EM structure of the PlPVC1 sheath, 6-fold symmetrized (C6), in contracted state
要素(Phage tail sheath family protein) x 3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / contractile injection system
機能・相同性: / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Phage tail sheath family protein / Phage tail sheath family protein / Phage tail sheath family protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Marin-Arraiza, L. / Taylor, N.M.I.
資金援助 デンマーク, スペイン, 5件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0031006 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF23OC0081528 デンマーク
LundbeckfondenR434-2023-289 デンマーク
La Caixa FoundationLCF/BQ/EU21/11890147 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of an extracellular contractile injection system from Photorhabdus luminescens in extended and contracted states.
著者: Leyre Marín-Arraiza / Aritz Roa-Eguiara / Tillmann Pape / Nicholas Sofos / Ivo Alexander Hendriks / Michael Lund Nielsen / Eva Maria Steiner-Rebrova / Nicholas M I Taylor /
要旨: Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanosyringes that mediate bacterial interactions by puncturing target cell membranes. Within these systems, Photorhabdus Virulence Cassettes ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanosyringes that mediate bacterial interactions by puncturing target cell membranes. Within these systems, Photorhabdus Virulence Cassettes (PVCs) can translocate toxins across eukaryotic target cell membranes and have been engineered to deliver diverse protein cargoes into non-natively-targeted organisms. Despite the structural insights into several CISs, including one PVC from P. asymbiotica, information on PVCs from other species and details on the contraction mechanism remain limited. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of PlPVC1, a PVC from the nematode symbiont and insect pathogen Photorhabdus luminescens DJC, in both extended and contracted states. This particle displays distinct structural features that differ from other CISs, such as a cage surrounding the central spike, a larger sheath adaptor, and a plug exposed to the tube lumen. Moreover, we present the structures of the PlPVC1 fiber and the baseplate of the contracted particle, yielding insight into the contraction mechanism. This study provides structural details of the extended and contracted states of the PlPVC1 particle and supports the model in which contraction is triggered. Furthermore, it facilitates the comparison of PlPVC1 with other CISs and expands the scope of engineering opportunities for future biomedical and biotechnological applications.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2A: Phage tail sheath family protein
3A: Phage tail sheath family protein
4A: Phage tail sheath family protein
4B: Phage tail sheath family protein
4C: Phage tail sheath family protein
4D: Phage tail sheath family protein
4E: Phage tail sheath family protein
4F: Phage tail sheath family protein
2B: Phage tail sheath family protein
2C: Phage tail sheath family protein
2D: Phage tail sheath family protein
2E: Phage tail sheath family protein
2F: Phage tail sheath family protein
3B: Phage tail sheath family protein
3C: Phage tail sheath family protein
3D: Phage tail sheath family protein
3E: Phage tail sheath family protein
3F: Phage tail sheath family protein
2G: Phage tail sheath family protein
2H: Phage tail sheath family protein
2I: Phage tail sheath family protein
2J: Phage tail sheath family protein
2K: Phage tail sheath family protein
2L: Phage tail sheath family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,040,56024
ポリマ－1,040,56024
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 39009.828 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc2 - sheath protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JN00
#2: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 51330.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc3 - sheath protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JMV2
#3: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 44076.059 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc4 - sheath initiator protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JN29
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: PlPVC sheath (C6) in contracted state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正詳細: Patch CTF Estimation in cryoSPARC, fit local CTF to micrograph, including tilted, bent, deformed samples
タイプ: NONE
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30862 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00269144
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4694308
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0519326
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04210638
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00312186

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る