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タイトルStructural characterization of an extracellular contractile injection system from Photorhabdus luminescens in extended and contracted states.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9327, Year 2025
掲載日2025年10月22日
著者Leyre Marín-Arraiza / Aritz Roa-Eguiara / Tillmann Pape / Nicholas Sofos / Ivo Alexander Hendriks / Michael Lund Nielsen / Eva Maria Steiner-Rebrova / Nicholas M I Taylor /
PubMed 要旨Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanosyringes that mediate bacterial interactions by puncturing target cell membranes. Within these systems, Photorhabdus Virulence Cassettes ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanosyringes that mediate bacterial interactions by puncturing target cell membranes. Within these systems, Photorhabdus Virulence Cassettes (PVCs) can translocate toxins across eukaryotic target cell membranes and have been engineered to deliver diverse protein cargoes into non-natively-targeted organisms. Despite the structural insights into several CISs, including one PVC from P. asymbiotica, information on PVCs from other species and details on the contraction mechanism remain limited. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of PlPVC1, a PVC from the nematode symbiont and insect pathogen Photorhabdus luminescens DJC, in both extended and contracted states. This particle displays distinct structural features that differ from other CISs, such as a cage surrounding the central spike, a larger sheath adaptor, and a plug exposed to the tube lumen. Moreover, we present the structures of the PlPVC1 fiber and the baseplate of the contracted particle, yielding insight into the contraction mechanism. This study provides structural details of the extended and contracted states of the PlPVC1 particle and supports the model in which contraction is triggered. Furthermore, it facilitates the comparison of PlPVC1 with other CISs and expands the scope of engineering opportunities for future biomedical and biotechnological applications.
リンクNat Commun / PubMed:41125615 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 10.0 Å
構造データ

53137

9qgl

EMDB-53137, PDB-9qgl:
Cryo-EM structure of the PlPVC1 baseplate, 6-fold symmetrized (C6), in extended state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

53138

9qgm

EMDB-53138, PDB-9qgm:
Cryo-EM structure of the PlPVC1 central spike, 3-fold symmetrized (C3), in extended state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

53139

9qgn

EMDB-53139, PDB-9qgn:
Cryo-EM structure of the PlPVC1 cap, 6-fold symmetrized (C6), in extended state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

53140

9qgo

EMDB-53140: Cryo-EM structure of the PlPVC1 fiber in extended state
PDB-9qgo: Interaction between PlPVC1 baseplate and fiber in extended state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

53141

9qgp

EMDB-53141, PDB-9qgp:
Cryo-EM structure of the PlPVC1 sheath, 6-fold symmetrized (C6), in contracted state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-53143: Cryo-EM structure of the PlPVC1 baseplate, 6-fold symmetrized (C6), in contracted state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • photorhabdus luminescens (バクテリア)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Contractile injection system

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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