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- PDB-9qfa: Structure of the GH13 and MucBP domains of Ruminococcus bromii Amy12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qfa
タイトルStructure of the GH13 and MucBP domains of Ruminococcus bromii Amy12
要素Ruminococcus bromii Amy12
キーワードHYDROLASE / GH13 / Ruminococcus bromii / Amy12 / MucBP
生物種Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wimmer, B.H. / Medalia, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation10000885 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Spatial constraints drive amylosome-mediated resistant starch degradation by Ruminococcus bromii in the human colon.
著者: Benedikt H Wimmer / Sarah Moraïs / Itai Amit / Omar Tovar-Herrera / Meltem Tatli / Anke Trautwein-Schult / Barbara Pfister / Ran Zalk / Paloma Tödtli / Sebastian Simoni / Matteo Lisibach / ...著者: Benedikt H Wimmer / Sarah Moraïs / Itai Amit / Omar Tovar-Herrera / Meltem Tatli / Anke Trautwein-Schult / Barbara Pfister / Ran Zalk / Paloma Tödtli / Sebastian Simoni / Matteo Lisibach / Liron Levin / Dörte Becher / Edward A Bayer / Ohad Medalia / Itzhak Mizrahi /
要旨: Degradation of complex dietary fiber by gut microbes is essential for colonic fermentation, short-chain fatty acid production, and microbiome function. Ruminococcus bromii is the primary resistant ...Degradation of complex dietary fiber by gut microbes is essential for colonic fermentation, short-chain fatty acid production, and microbiome function. Ruminococcus bromii is the primary resistant starch (RS) degrader in humans, which relies on the amylosome, a specialized cell-bound enzymatic complex. To unravel its architecture, function, and the interplay among its components, we applied a holistic multilayered approach: Cryo-electron tomography reveals that the amylosome comprises a constitutive extracellular layer extending toward the RS substrate. Proteomics demonstrates remodeling of its contents across different growth conditions, with Amy4 and Amy16 comprising 60% of the amylosome in response to RS. Structural and biochemical analyses reveal complementarity and synergistic RS degradation by these enzymes. We demonstrate that amylosome composition and RS degradation are regulated at two levels: structural constraints and expression-driven shifts in enzyme proportions enforce enzyme proximity, which allows R. bromii to fine-tune its adaptation to dietary fiber and shape colonic metabolism.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ruminococcus bromii Amy12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6041
ポリマ－114,6041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Ruminococcus bromii Amy12


分子量: 114603.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: removal of signalling peptide for secretion, addition of a N-terminal 6x His-Tag
由来: (組換発現) Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
遺伝子: CBL15610.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: pullulanase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ruminococcus bromii Amy12 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1145 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 star
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisNH2C(CH2OH)31
2137 mMsodium chlorideNaCl1
32.7 mMpotassium chlorideKCl1
410 mMcalcium chlorideCaCl21
52 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 27350

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択blob picker
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正blob picker
7ISOLDE1.xモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
13PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7165509
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199170 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7LSA

7lsa


Accession code: 7LSA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50.19 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00345998
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51228152
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0425893
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00351052
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9212834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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