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- PDB-9qa4: Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qa4
タイトルDrosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, AnCE in complex with WR dipeptide
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • TRP-ARG dipeptide
キーワードHYDROLASE / metalloprotease / dipeptides / hypertension
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/X001032/1 英国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Dipeptide Recognition in Drosophila melanogaster Angiotensin I-Converting Enzyme Homologue, AnCE.
著者: Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Robinson, A. / Isaac, R.E. / Acharya, K.R.
履歴
登録2025年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TRP-ARG dipeptide
C: TRP-ARG dipeptide
A: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8469
ポリマ－69,8873
非ポリマー1,9596
水13,691760
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)172.947, 172.947, 103.007
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 3分子 BCA

#1: タンパク質・ペプチド TRP-ARG dipeptide


分子量: 361.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)
#2: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 69164.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ance, Race, CG8827 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q10714, peptidyl-dipeptidase A

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 763分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→86.473 Å / Num. obs: 98093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4875 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→86.473 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.688 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 5129 5.229 %
Rwork0.1543 92961 -
all0.156 --
obs-98090 99.999 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.592 Å2-0.796 Å20 Å2
2---1.592 Å20 Å2
3---5.163 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→86.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4930 0 127 766 5823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0125225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.8297093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6761.77710928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9165600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.091527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88110869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.97110266
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2390.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.24409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.22616
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.22646
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2710.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3050.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6962.7882412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6972.7882412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3214.9883008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.324.9893009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6563.3222813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6283.3212812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8265.894085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8265.8934086
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.9630.9086488
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.8629.9426210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.3164140.29968670.372810.8660.8721000.282
1.898-1.950.273280.26867650.26870930.9120.9221000.248
1.95-2.0070.2613330.23865340.23968670.9240.9421000.217
2.007-2.0680.2313910.20462880.20666790.9590.961000.184
2.068-2.1360.2043580.18360790.18464370.9650.9731000.165
2.136-2.2110.1923460.16459190.16662650.9760.981000.148
2.211-2.2940.1823170.15357440.15460620.9780.98499.98350.138
2.294-2.3880.1773040.14454800.14557840.9790.9861000.131
2.388-2.4940.1832680.14853080.1555760.9780.9861000.135
2.494-2.6160.1892260.14151160.14353420.9770.9881000.13
2.616-2.7570.2012650.15248270.15550920.9750.9861000.143
2.757-2.9240.2052730.16345180.16647910.9720.9841000.156
2.924-3.1260.1943720.1741160.17244880.9760.9841000.164
3.126-3.3760.1751170.1640700.1641870.9820.9881000.158
3.376-3.6980.1771890.14336620.14538510.9840.991000.143
3.698-4.1330.1491730.11233220.11334950.9880.9931000.113
4.133-4.7710.1241770.128930.10130700.9920.9951000.103
4.771-5.8380.1571300.12824900.12926200.9890.9931000.13
5.838-8.2380.1941000.14918960.15119960.9820.991000.151
8.238-86.4730.161480.15810660.15911140.9830.9811000.165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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