PDB-9qa1: Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qa1

タイトル

Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, AnCE in complex with VW dipeptide

要素

Angiotensin-converting enzyme
VAL-TRP dipeptide

キーワード

HYDROLASE / metalloprotease / dipeptides / hypertension

機能・相同性

機能・相同性情報

Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Acharya, K.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Dipeptide Recognition in Drosophila melanogaster Angiotensin I-Converting Enzyme Homologue, AnCE.
著者: Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Robinson, A. / Isaac, R.E. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qa1.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qa1.ent.gz	110.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qa1_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qa1_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9qa1_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	9qa1_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qa1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qa0C 9qa2C 9qa3C 9qa4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme

B: VAL-TRP dipeptide

D: VAL-TRP dipeptide

ヘテロ分子

71.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.529, 172.529, 103.745
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質	Angiotensin-converting enzyme / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II 分子量: 68980.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ance, Race, CG8827 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q10714, peptidyl-dipeptidase A
#2: タンパク質・ペプチド	VAL-TRP dipeptide 分子量: 303.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-6DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 244分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43.17 Å / Num. obs: 58412 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4498 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→43.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.02 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	2649	4.536 %
R_work	0.1699	55751	-
all	0.172	-	-
obs	-	58400	99.914 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.196 Å²	-1.098 Å²	0 Å²
2-	-	-2.196 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.124 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4909	0	101	243	5253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.829	6997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.774	10802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.116	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.956	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.666	10	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.77	10	262
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.176	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.061	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.043	3.716	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.042	3.717	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.31	6.674	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.31	6.674	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.175	4.384	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.174	4.384	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.867	7.791	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.866	7.791	4007
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.676	37.888	5950
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.68	37.669	5917

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.357	217	0.314	4071	0.316	4302	0.875	0.892	99.6746	0.321
2.257-2.319	0.321	205	0.295	3977	0.296	4186	0.898	0.914	99.9044	0.298
2.319-2.386	0.271	190	0.267	3915	0.267	4108	0.929	0.936	99.927	0.267
2.386-2.459	0.289	183	0.256	3800	0.257	3985	0.934	0.944	99.9498	0.252
2.459-2.539	0.273	194	0.226	3656	0.228	3852	0.942	0.961	99.9481	0.216
2.539-2.628	0.254	184	0.219	3520	0.22	3705	0.956	0.967	99.973	0.207
2.628-2.727	0.254	145	0.211	3453	0.212	3599	0.958	0.971	99.9722	0.197
2.727-2.838	0.278	162	0.196	3299	0.199	3461	0.958	0.976	100	0.181
2.838-2.963	0.24	119	0.188	3201	0.19	3320	0.962	0.977	100	0.174
2.963-3.107	0.218	182	0.178	3008	0.18	3190	0.968	0.981	100	0.167
3.107-3.274	0.208	169	0.173	2825	0.175	2994	0.974	0.983	100	0.164
3.274-3.472	0.219	113	0.17	2744	0.172	2857	0.974	0.985	100	0.164
3.472-3.71	0.182	102	0.155	2577	0.156	2679	0.983	0.988	100	0.151
3.71-4.005	0.155	138	0.139	2355	0.14	2493	0.988	0.991	100	0.136
4.005-4.383	0.164	94	0.118	2214	0.119	2308	0.984	0.992	100	0.116
4.383-4.894	0.136	53	0.108	2028	0.109	2081	0.99	0.993	100	0.107
4.894-5.639	0.152	97	0.116	1750	0.118	1847	0.987	0.993	100	0.116
5.639-6.877	0.194	56	0.139	1496	0.141	1552	0.981	0.992	100	0.138
6.877-9.605	0.183	14	0.12	1208	0.121	1222	0.99	0.993	100	0.123
9.605-43.17	0.168	32	0.143	654	0.144	691	0.978	0.987	99.2764	0.162

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