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- PDB-9qa0: Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qa0
タイトルDrosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, AnCE in complex with IW dipeptide
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • ILE-TRP dipeptide
キーワードHYDROLASE / metalloprotease / dipeptides / hypertension
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/X001032/1 英国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Dipeptide Recognition in Drosophila melanogaster Angiotensin I-Converting Enzyme Homologue, AnCE.
著者: Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Robinson, A. / Isaac, R.E. / Acharya, K.R.
履歴
登録2025年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
B: ILE-TRP dipeptide
D: ILE-TRP dipeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5698
ポリマ－69,7993
非ポリマー1,7705
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.236, 173.236, 103.069
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 69164.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ance, Race, CG8827 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q10714, peptidyl-dipeptidase A
#2: タンパク質・ペプチド ILE-TRP dipeptide


分子量: 317.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 238分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50.059 Å / Num. obs: 58565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4567 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.572 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50.059 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.183 / WRfactor Rwork: 0.148 / Average fsc free: 0.9519 / Average fsc work: 0.9646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 3107 5.306 %
Rwork0.1705 55451 -
all0.173 --
obs-58558 99.993 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 41.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.561 Å2-0.781 Å20 Å2
2---1.561 Å20 Å2
3---5.064 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4924 0 114 236 5274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0125180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0164690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4631.8287034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8161.77410858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4575599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.07524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37710863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.90510262
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0240.021200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2150.24338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.22590
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0950.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0940.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2060.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3143.7152405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3143.7152405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5576.6623001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5566.6623002
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0764.4272775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.0744.4272776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.737.8424033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.7297.8424034
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.23736.256025
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.23736.2496026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.2-2.2570.3422390.32141150.32243540.880.8981000.32
2.257-2.3190.2822330.2939660.2941990.9380.9261000.288
2.319-2.3860.2971980.28239080.28341060.9130.9341000.276
2.386-2.4590.3042510.2637410.26339930.920.94499.9750.252
2.459-2.540.2951990.22936510.23238500.9390.9611000.218
2.54-2.6290.2871800.22335500.22637300.9480.9671000.208
2.629-2.7270.2611370.20934460.21135830.9580.9721000.194
2.727-2.8380.2371580.20133400.20334980.9640.9741000.184
2.838-2.9640.2461980.19231030.19533010.9610.9771000.176
2.964-3.1080.262060.19229980.19732040.9590.9771000.178
3.108-3.2760.2141300.1828630.18129930.9710.9821000.171
3.276-3.4740.2151470.17127330.17428800.9740.9851000.163
3.474-3.7120.1931200.16325420.16426620.9770.9881000.155
3.712-4.0080.1811160.13624000.13825160.9810.9921000.13
4.008-4.3870.1331490.10321590.10523080.990.9941000.097
4.387-4.9010.1571430.10619450.10920880.9860.9941000.099
4.901-5.650.141800.10717490.10818290.9890.9951000.101
5.65-6.8980.173720.12914890.13215610.9860.9921000.123
6.898-9.6630.153870.11311300.11612170.9860.9941000.106
9.663-50.0590.156640.1316230.1336870.9880.9891000.118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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