PDB-9qa3: Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qa3

タイトル

Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, AnCE in complex with YW dipeptide

要素

Angiotensin-converting enzyme
TYR-TRP

キーワード

HYDROLASE / metalloprotease / dipeptides / hypertension

機能・相同性

機能・相同性情報

Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Acharya, K.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Dipeptide Recognition in Drosophila melanogaster Angiotensin I-Converting Enzyme Homologue, AnCE.
著者: Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Robinson, A. / Isaac, R.E. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qa3.cif.gz	151.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qa3.ent.gz	111.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qa3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qa3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qa0C 9qa1C 9qa2C 9qa4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme

B: TYR-TRP

D: TYR-TRP

ヘテロ分子

71.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.432, 172.432, 103.5
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質	Angiotensin-converting enzyme / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II 分子量: 69093.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ance, Race, CG8827 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q10714, peptidyl-dipeptidase A
#2: タンパク質・ペプチド	TYR-TRP 分子量: 367.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-6DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 307分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→86.22 Å / Num. obs: 58227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4478 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 0.692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→86.216 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.159 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	2789	4.79 %
R_work	0.1628	55434	-
all	0.165	-	-
obs	-	58223	99.995 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.774 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.063 Å²	-0.532 Å²	0 Å²
2-	-	-1.063 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→86.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4928	0	101	306	5335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.56	1.83	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	1.774	10823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.64	5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.79	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.056	10	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.362	10	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.235	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	6017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.205	0.2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.887	3.297	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.887	3.297	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.052	5.899	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.052	5.899	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.57	3.926	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.57	3.926	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.973	6.929	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.972	6.929	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.61	32.846	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.63	32.748	6113

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.308	211	0.284	4048	0.285	4259	0.921	0.93	100	0.267
2.257-2.319	0.29	160	0.266	4039	0.267	4199	0.93	0.94	100	0.249
2.319-2.386	0.308	171	0.248	3931	0.251	4102	0.917	0.949	100	0.229
2.386-2.46	0.257	229	0.239	3752	0.24	3981	0.948	0.954	100	0.22
2.46-2.54	0.262	239	0.223	3604	0.225	3843	0.94	0.963	100	0.204
2.54-2.629	0.265	159	0.217	3556	0.219	3715	0.952	0.968	100	0.199
2.629-2.728	0.264	170	0.205	3411	0.208	3582	0.953	0.972	99.9721	0.188
2.728-2.84	0.252	166	0.196	3302	0.198	3468	0.962	0.975	100	0.181
2.84-2.966	0.242	146	0.19	3139	0.192	3285	0.961	0.977	100	0.176
2.966-3.11	0.277	110	0.182	3067	0.185	3177	0.948	0.98	100	0.172
3.11-3.278	0.216	123	0.167	2903	0.169	3026	0.968	0.983	100	0.163
3.278-3.477	0.195	119	0.15	2701	0.152	2820	0.98	0.988	100	0.148
3.477-3.717	0.192	162	0.138	2505	0.141	2668	0.98	0.99	99.9625	0.139
3.717-4.014	0.171	98	0.119	2413	0.121	2511	0.985	0.993	100	0.124
4.014-4.396	0.138	146	0.101	2152	0.103	2298	0.989	0.994	100	0.109
4.396-4.913	0.151	110	0.099	1942	0.101	2052	0.987	0.995	100	0.108
4.913-5.67	0.152	69	0.112	1754	0.114	1823	0.989	0.994	100	0.122
5.67-6.937	0.189	115	0.129	1440	0.134	1555	0.982	0.992	100	0.139
6.937-9.779	0.128	82	0.108	1107	0.11	1189	0.99	0.994	100	0.124
9.779-86.216	0.204	4	0.143	668	0.144	673	0.97	0.987	99.8514	0.167

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