PDB-9qa2: Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qa2

タイトル

Drosophila melanogaster angiotensin converting enzyme homologue, AnCE in complex with RW dipeptide

要素

ARG-TRP
Angiotensin-converting enzyme

キーワード

HYDROLASE / metalloprotease / dipeptides / hypertension

機能・相同性

機能・相同性情報

Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metamorphosis / response to symbiotic bacterium / peptidyl-dipeptidase A / sexual reproduction / peptide hormone processing / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Acharya, K.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Dipeptide Recognition in Drosophila melanogaster Angiotensin I-Converting Enzyme Homologue, AnCE.
著者: Zukowska, J. / Gregory, K.S. / Robinson, A. / Isaac, R.E. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qa2.cif.gz	157.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qa2.ent.gz	115.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qa2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qa2_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qa2_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9qa2_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	9qa2_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qa2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qa0C 9qa1C 9qa3C 9qa4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (2)

登録構造単位

B: ARG-TRP

C: ARG-TRP

A: Angiotensin-converting enzyme

ヘテロ分子

71.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.894, 172.894, 103.623
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 3分子 BCA

#1: タンパク質・ペプチド	ARG-TRP 分子量: 361.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)
#2: タンパク質	Angiotensin-converting enzyme / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II 分子量: 69164.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ance, Race, CG8827 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q10714, peptidyl-dipeptidase A

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-6DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 519分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→86.45 Å / Num. obs: 91012 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4494 / CC_1/2: 0.793 / R_pim(I) all: 0.464 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→86.447 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.253 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	4427	4.864 %
R_work	0.1635	86581	-
all	0.165	-	-
obs	-	91008	99.999 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.586 Å²	-0.793 Å²	0 Å²
2-	-	-1.586 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.146 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→86.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4930	0	101	518	5549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.904	1.831	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.662	1.776	10854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.93	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.604	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.088	10	865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.818	10	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.284	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.659	3.011	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.622	3.011	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.28	5.395	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.28	5.396	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.503	3.534	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.502	3.535	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.625	6.276	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.624	6.277	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.256	32.097	6252
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.229	31.031	6115

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.334	383	0.327	6335	0.327	6718	0.839	0.867	100	0.324
1.949-2.003	0.281	346	0.288	6208	0.288	6554	0.917	0.909	100	0.28
2.003-2.061	0.275	304	0.252	6076	0.253	6380	0.932	0.934	100	0.241
2.061-2.124	0.254	278	0.224	5924	0.226	6202	0.941	0.955	100	0.212
2.124-2.194	0.225	407	0.199	5641	0.2	6048	0.965	0.968	100	0.186
2.194-2.271	0.233	314	0.184	5454	0.186	5769	0.964	0.975	99.9827	0.171
2.271-2.356	0.195	279	0.172	5361	0.174	5640	0.971	0.98	100	0.16
2.356-2.453	0.207	229	0.162	5136	0.164	5365	0.972	0.983	100	0.151
2.453-2.562	0.2	271	0.157	4898	0.159	5169	0.974	0.985	100	0.146
2.562-2.686	0.229	208	0.169	4722	0.172	4930	0.967	0.983	100	0.159
2.686-2.832	0.225	229	0.168	4497	0.17	4726	0.97	0.983	100	0.159
2.832-3.003	0.227	160	0.179	4288	0.181	4448	0.969	0.981	100	0.173
3.003-3.21	0.23	237	0.183	3964	0.185	4201	0.969	0.982	100	0.18
3.21-3.467	0.191	186	0.169	3695	0.17	3881	0.981	0.986	100	0.169
3.467-3.797	0.162	134	0.143	3438	0.144	3572	0.985	0.991	100	0.145
3.797-4.245	0.138	168	0.11	3063	0.111	3231	0.99	0.994	100	0.114
4.245-4.899	0.116	93	0.104	2761	0.105	2854	0.993	0.994	100	0.11
4.899-5.995	0.161	133	0.126	2284	0.128	2417	0.989	0.994	100	0.131
5.995-8.459	0.199	24	0.131	1838	0.132	1862	0.988	0.992	100	0.137
8.459-86.447	0.196	44	0.149	998	0.151	1042	0.965	0.984	100	0.16

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