PDB-9q9p: TRIM21 PRYSPRY bound to compound 37

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9q9p

タイトル

TRIM21 PRYSPRY bound to compound 37

要素

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

キーワード

LIGASE / TRIM21 / E3 ligase / PROTAC / PRYSPRY

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression of viral release by host / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of protein deubiquitination / regulation of type I interferon production / negative regulation of viral transcription / protein K6-linked ubiquitination / STING mediated induction of host immune responses / cellular response to chemical stress / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress granule disassembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Luptak, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of TRIM21 PROTAC molecules
著者: Luptak, J. / James, L.C.

履歴

登録	2025年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9q9p.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9q9p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9q9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9q9p_validation.pdf.gz	756 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9q9p_full_validation.pdf.gz	758 KB	表示
XML形式データ	9q9p_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	9q9p_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/9q9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/9q9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9q9oC 9q9qC 9q9rC 9r40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (13)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, technically fluorescent polarisation experiments

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.104, 60.620, 41.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 / 52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / Ro(SS-A) ...52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / Ro(SS-A) / Sjoegren syndrome type A antigen / SS-A / Tripartite motif-containing protein 21 分子量: 22518.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 6xHis tagged PRYSPRY domain (287-475) of human TRIM21 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM21, RNF81, RO52, SSA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P19474, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-A1I4X / (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(2-methoxyphenyl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 535.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₁N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→38.624 Å / Num. obs: 10082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.959 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 809 / CC_1/2: 0.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2.multiplex		データ削減
xia2.multiplex		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→38.624 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 12.946 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2965	447	4.441 %
R_work	0.2315	9619	-
all	0.235	-	-
obs	-	10066	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.481 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.668 Å²	0 Å²	1.299 Å²
2-	-	-1.293 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.365 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1485	0	39	31	1555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.642	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.156	1.577	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.499	5	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.797	21.609	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.546	15	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.848	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.384	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.059	3.379	735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.054	3.378	734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.329	5.065	917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.329	5.066	918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.971	3.552	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.97	3.551	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.204	5.249	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.203	5.249	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.164	38.81	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.148	38.807	1731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.384	37	0.344	698	X-RAY DIFFRACTION	99.8641
2.155-2.214	0.351	34	0.338	694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.278	0.307	27	0.305	667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.337	35	0.29	649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.425	0.402	34	0.296	625	X-RAY DIFFRACTION	99.8485
2.425-2.51	0.305	17	0.282	610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.604	0.4	26	0.262	595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.71	0.3	20	0.248	570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.83	0.383	22	0.246	556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.968	0.28	23	0.236	530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.128	0.367	20	0.251	497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.128-3.318	0.323	13	0.25	479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.546	0.262	35	0.225	430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.546-3.829	0.304	28	0.22	399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.829-4.193	0.36	16	0.187	385	X-RAY DIFFRACTION	100
4.193-4.685	0.195	15	0.15	354	X-RAY DIFFRACTION	100
4.685-5.404	0.152	15	0.127	297	X-RAY DIFFRACTION	100
5.404-6.606	0.254	13	0.186	259	X-RAY DIFFRACTION	100
6.606-9.287	0.204	11	0.163	207	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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