PDB-9q9o: TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9q9o

タイトル

TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36

要素

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

キーワード

LIGASE / TRIM21 / E3 ligase / PROTAC / PRYSPRY

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression of viral release by host / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of protein deubiquitination / regulation of type I interferon production / negative regulation of viral transcription / protein K6-linked ubiquitination / STING mediated induction of host immune responses / cellular response to chemical stress / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress granule disassembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.462 Å

データ登録者

Luptak, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of TRIM21 PROTAC molecules
著者: Luptak, J. / James, L.C.

履歴

登録	2025年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9q9o.cif.gz	297 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9q9o.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9q9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9q9o_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9q9o_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9q9o_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	9q9o_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/9q9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/9q9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9q9pC 9q9qC 9q9rC 9r40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (13)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

92.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, fluorescence polarisation
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.685, 74.380, 90.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.103, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 / 52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / Ro(SS-A) ...52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / Ro(SS-A) / Sjoegren syndrome type A antigen / SS-A / Tripartite motif-containing protein 21 分子量: 22518.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N terminally 6xHis tagged PRYSPRY domain (287-475) of TRIM21 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM21, RNF81, RO52, SSA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P19474, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-A1I4Z / 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide 分子量: 520.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₂N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→50.427 Å / Num. obs: 24473 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.46→2.56 Å / Num. unique obs: 1326 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.462→50.427 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / SU B: 29.249 / SU ML: 0.561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.5 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	1243	5.084 %
R_work	0.3017	23207	-
all	0.305	-	-
obs	-	24450	83.496 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.201 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.923 Å²	-0 Å²	-0.364 Å²
2-	-	6.421 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.496 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.462→50.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5908	0	156	0	6064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.693	1.643	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	1.576	12724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.052	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.004	21.882	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.772	15	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.473	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.014	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.085	3.518	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.084	3.517	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.097	5.267	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.096	5.267	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.84	3.736	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.84	3.736	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.846	5.478	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.846	5.478	4925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.049	65.08	24350
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.049	65.079	24351

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.462-2.526	0.389	47	0.48	787	X-RAY DIFFRACTION	38.2744
2.526-2.595	0.449	49	0.471	942	X-RAY DIFFRACTION	46.8115
2.595-2.67	0.5	43	0.444	1039	X-RAY DIFFRACTION	53.3531
2.67-2.752	0.578	63	0.431	1197	X-RAY DIFFRACTION	63.6364
2.752-2.842	0.46	75	0.439	1369	X-RAY DIFFRACTION	76.4831
2.842-2.942	0.457	108	0.443	1626	X-RAY DIFFRACTION	93.7297
2.942-3.053	0.419	119	0.405	1665	X-RAY DIFFRACTION	98.5635
3.053-3.177	0.453	88	0.38	1628	X-RAY DIFFRACTION	99.019
3.177-3.318	0.415	80	0.354	1538	X-RAY DIFFRACTION	98.4185
3.318-3.48	0.394	74	0.305	1495	X-RAY DIFFRACTION	99.1783
3.48-3.668	0.358	75	0.266	1431	X-RAY DIFFRACTION	99.2749
3.668-3.89	0.304	76	0.246	1346	X-RAY DIFFRACTION	99.2324
3.89-4.158	0.353	79	0.233	1261	X-RAY DIFFRACTION	99.1858
4.158-4.49	0.251	53	0.209	1193	X-RAY DIFFRACTION	99.5208
4.49-4.918	0.264	49	0.198	1102	X-RAY DIFFRACTION	99.6537
4.918-5.496	0.291	59	0.216	997	X-RAY DIFFRACTION	99.7167
5.496-6.342	0.263	36	0.242	899	X-RAY DIFFRACTION	99.7866
6.342-7.758	0.294	21	0.217	766	X-RAY DIFFRACTION	99.7465
7.758-10.931	0.241	35	0.187	584	X-RAY DIFFRACTION	99.8387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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