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- PDB-9pfp: Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T1 and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pfp
タイトルStructure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T1 and DNA
要素
  • (DNA containing POU domain recognition element octamer ...) x 2
  • POU domain class 2-associating factor 2
  • POU domain, class 2, transcription factor 3
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA binding / coactivator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


POU domain binding / host-mediated suppression of viral transcription / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...POU domain binding / host-mediated suppression of viral transcription / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein POU2AF2 / POU domain class 2-associating factor 2 / : / OCA domain profile. / Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. ...Protein POU2AF2 / POU domain class 2-associating factor 2 / : / OCA domain profile. / Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / DNA / DNA (> 10) / POU domain class 2-associating factor 2 / POU domain, class 2, transcription factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ipsaro, J.J. / Alpsoy, A. / Vakoc, C.R. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA045508 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA013106 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA242919 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH1910317 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Other privateCold Spring Harbor Laboratory and Northwell Health Affiliation
Other privatePershing Square Sohn Cancer Research Alliance
Other privateTreeline Biosciences
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis of DNA-Dependent Coactivator Recruitment by the Tuft Cell Master Regulator POU2F3
著者: Alpsoy, A. / Ipsaro, J.J. / Skopelitis, D. / Pal, S. / Chung, F.S. / Carpenter, S. / Desmarais, J. / Wu, X.S. / Chang, K. / DiMare, M.T. / Harten, E. / Bergman, S. / Kinney, J. / Engelman, J. ...著者: Alpsoy, A. / Ipsaro, J.J. / Skopelitis, D. / Pal, S. / Chung, F.S. / Carpenter, S. / Desmarais, J. / Wu, X.S. / Chang, K. / DiMare, M.T. / Harten, E. / Bergman, S. / Kinney, J. / Engelman, J.A. / Bhang, H.C. / Joshua-Tor, L. / Vakoc, C.R.
履歴
登録2025年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: POU domain, class 2, transcription factor 3
B: POU domain class 2-associating factor 2
C: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
D: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
E: POU domain, class 2, transcription factor 3
F: POU domain class 2-associating factor 2
G: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
H: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,55411
ポリマ－64,3688
非ポリマー1853
水5,350297
1
A: POU domain, class 2, transcription factor 3
B: POU domain class 2-associating factor 2
C: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
D: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3086
ポリマ－32,1844
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
2
E: POU domain, class 2, transcription factor 3
F: POU domain class 2-associating factor 2
G: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
H: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2465
ポリマ－32,1844
非ポリマー621
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.785, 94.260, 56.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA containing POU domain recognition element octamer ... , 2種, 4分子 CGDH

#3: DNA鎖 DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)


分子量: 4657.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量: 4518.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 POU domain, class 2, transcription factor 3 / Octamer-binding protein 11 / Oct-11 / Octamer-binding transcription factor 11 / OTF-11 / ...Octamer-binding protein 11 / Oct-11 / Octamer-binding transcription factor 11 / OTF-11 / Transcription factor PLA-1 / Transcription factor Skn-1


分子量: 18503.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU2F3, OTF11, PLA1 / プラスミド: pHIS-Parallel-GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9UKI9
#2: タンパク質・ペプチド POU domain class 2-associating factor 2 / Oct coactivator from tuft cells 1 / Protein OCA-T1 / POU class 2 homeobox-associating factor 2


分子量: 4504.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU2AF2, C11orf53 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q8IXP5

-
非ポリマー , 2種, 300分子

#5: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID


分子量: 61.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.43 % / 解説: Rod-shaped or planar
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M MIB (2:3:3 molar ratio of malonate:imidazole:boric acid), pH 4.0, 25% PEG-1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.76 Å / Num. obs: 51249 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 177735
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Num. unique obs: 2642 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.591 / Rrim(I) all: 1.085 / Χ2: 0.88 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJanuary 10, 2022データ削減
pointless1.12.13データスケーリング
Aimless0.7.8データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
MolProbityモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 2549 4.98 %
Rwork0.1751 --
obs0.1765 51157 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2558 1218 12 297 4085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9325586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5581639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.24031350.26562631X-RAY DIFFRACTION96
1.74-1.770.30541390.252690X-RAY DIFFRACTION98
1.77-1.810.2611520.24212619X-RAY DIFFRACTION98
1.81-1.850.28591460.24022703X-RAY DIFFRACTION99
1.85-1.90.26211400.24392724X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.31371500.2572671X-RAY DIFFRACTION99
1.95-2.010.26931740.23852718X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.070.31151450.20762701X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.150.23191220.19612714X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.230.25331320.19352697X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.330.24471520.20172701X-RAY DIFFRACTION99
2.33-2.460.21651380.18092703X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.610.25011370.18482688X-RAY DIFFRACTION98
2.61-2.810.21171650.18732673X-RAY DIFFRACTION99
2.81-3.10.25111400.19692753X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.540.18911350.16212709X-RAY DIFFRACTION98
3.54-4.460.16221350.13972729X-RAY DIFFRACTION99
4.46-34.760.13821120.15232784X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64780.07210.06654.9236-2.59685.28880.0019-0.4780.08850.58310.0347-0.07-0.37460.23040.03080.430.0008-0.09750.3411-0.03050.487220.1017-0.2188-11.2523
25.2248-0.950.11146.22041.29765.0485-0.09490.05420.5315-0.3441-0.0262-1.1427-0.8060.84290.10940.4037-0.06050.03740.50540.08150.484527.667-2.7686-20.3889
35.2827-0.52380.70293.98591.2992.0324-0.0212-0.31550.26950.1026-0.06530.0197-0.144-0.08610.12130.29710.0411-0.0220.3004-0.020.272514.1984-7.4433-15.2986
47.62372.01532.61221.18551.14414.7788-0.0676-0.7195-1.07690.48970.0119-0.00230.3593-0.90910.00030.4931-0.03240.09790.4459-0.00110.36872.202-18.2928-15.1804
53.1031-0.63460.16381.33980.01240.72010.4178-0.2442-0.60860.5586-0.66931.46760.3922-0.62610.11280.6127-0.030.30590.8747-0.23760.9394-14.489-22.071-21.8026
62.31821.35980.84862.32751.59382.8168-0.1065-0.03180.19610.1051-0.12630.10350.0359-0.26730.22870.24460.00340.01350.2440.01630.21827.5991-15.317-24.8124
71.61440.11750.20192.13981.90373.0668-0.0483-0.02130.01040.0057-0.186-0.00830.0754-0.13750.23450.29730.01420.00240.29140.00870.30189.4868-12.933-22.6245
82.68330.8013-0.52132.8145-1.43643.01360.1741-0.1997-0.27890.3044-0.3191-0.47240.12580.56160.13120.34440.0103-0.050.40160.06360.378715.796111.67445.1796
94.92251.11431.31541.99280.57432.5509-0.0210.31720.1002-0.07550.0448-0.12040.04520.0494-0.02030.22590.01460.01120.21780.02710.2195-11.031-4.9358-4.2229
104.07081.05190.75262.6018-0.04832.41380.174-0.9860.02720.3457-0.33830.8677-0.2969-0.890.16970.3892-0.02150.04340.5129-0.06370.4713-6.00237.135211.9418
113.28210.2270.35793.44090.56416.6605-0.0802-1.31780.15191.17480.30450.3848-0.2283-0.7779-0.170.60190.0320.07280.79180.07260.41467.449812.22923.0402
121.61471.9103-0.04873.44450.47030.7690.1582-0.0293-0.07790.146-0.1986-0.01760.08640.10150.04740.28640.018-0.01560.3001-0.00150.26210.31834.1022.8166
131.79891.344-0.22982.5961-0.27120.67820.0918-0.0535-0.15330.0392-0.2067-0.12860.12190.03160.10680.3160.0081-0.01720.3509-0.02170.2638-2.19841.32092.3357
143.838-2.3493-0.73344.41110.25792.1470.03740.0593-0.7142-0.0642-0.59061.9130.0623-1.06010.51760.3237-0.10820.01650.6635-0.19780.6802-9.0852-25.2513-36.6787
150.97130.9941-0.72493.6024-1.50921.9916-0.16490.0624-0.2953-0.1675-0.1627-0.03480.147-0.17290.35760.3224-0.03440.04330.3147-0.0120.33645.3813-23.637-42.5261
165.241.0247-1.71792.28121.63992.4546-0.05950.60560.8111-0.7381-0.3784-0.2844-1.2665-1.25340.42770.58220.06690.02470.40490.00840.37076.484-16.3456-38.1309
173.0596-0.8198-0.40962.15080.3881.8116-0.1656-0.5298-0.21570.5679-0.1860.45510.2377-0.50090.34230.3413-0.05670.07230.3699-0.06740.3178-0.3034-22.375-29.7282
183.3167-0.811-1.37654.00573.40848.2572-0.1440.58230.4989-0.5445-0.61760.4224-1.0178-0.91640.74960.28210.0504-0.02070.584-0.10320.4827-4.6963-16.8628-38.4577
192.88721.15041.72510.96381.12783.1455-0.34540.6282-0.09280.15140.26730.2068-0.22210.36680.00410.5668-0.06130.01020.42250.01170.475912.5369-15.118-32.4968
203.9138-1.4555-1.05373.97991.64516.0325-0.2517-0.2623-0.47230.01880.02330.28720.63280.62990.16710.32630.07080.01390.42920.09510.394224.1886-12.1654-12.4482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 303 through 307 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 308 through 321 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 322 through 340 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 11 through 21 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 22 through 32 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 1 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 15 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 186 through 257 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 258 through 340 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 11 through 21 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 22 through 32 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 15 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 15 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 186 through 204 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 205 through 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 221 through 225 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 226 through 238 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 239 through 256 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 257 through 289 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 290 through 302 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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