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- PDB-9pfo: Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T2 and D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pfo
タイトルStructure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T2 and DNA (2.1 angstrom resolution)
要素
  • DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
  • DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
  • POU class 2 homeobox associating factor 3
  • POU domain, class 2, transcription factor 3
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA binding / coactivator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


POU domain binding / host-mediated suppression of viral transcription / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...POU domain binding / host-mediated suppression of viral transcription / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Colorectal cancer-associated protein 2 / : / OCA domain profile. / Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. ...Colorectal cancer-associated protein 2 / : / OCA domain profile. / Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU class 2 homeobox associating factor 3 / POU domain, class 2, transcription factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ipsaro, J.J. / Alpsoy, A. / Vakoc, C.R. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA045508 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA013106 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA242919 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH1910317 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Other privateCold Spring Harbor Laboratory and Northwell Health Affiliation
Other privatePershing Square Sohn Cancer Research Alliance
Other privateTreeline Biosciences
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis of DNA-Dependent Coactivator Recruitment by the Tuft Cell Master Regulator POU2F3
著者: Alpsoy, A. / Ipsaro, J.J. / Skopelitis, D. / Pal, S. / Chung, F.S. / Carpenter, S. / Desmarais, J. / Wu, X.S. / Chang, K. / DiMare, M.T. / Harten, E. / Bergman, S. / Kinney, J. / Engelman, J. ...著者: Alpsoy, A. / Ipsaro, J.J. / Skopelitis, D. / Pal, S. / Chung, F.S. / Carpenter, S. / Desmarais, J. / Wu, X.S. / Chang, K. / DiMare, M.T. / Harten, E. / Bergman, S. / Kinney, J. / Engelman, J.A. / Bhang, H.C. / Joshua-Tor, L. / Vakoc, C.R.
履歴
登録2025年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POU domain, class 2, transcription factor 3
B: POU class 2 homeobox associating factor 3
C: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
D: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
E: POU domain, class 2, transcription factor 3
F: POU class 2 homeobox associating factor 3
G: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
H: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
I: POU domain, class 2, transcription factor 3
J: POU class 2 homeobox associating factor 3
K: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
L: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
M: POU domain, class 2, transcription factor 3
N: POU class 2 homeobox associating factor 3
O: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
P: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,59216
ポリマ－127,59216
非ポリマー00
水13,998777
1
A: POU domain, class 2, transcription factor 3
B: POU class 2 homeobox associating factor 3
C: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
D: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8984
ポリマ－31,8984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
2
E: POU domain, class 2, transcription factor 3
F: POU class 2 homeobox associating factor 3
G: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
H: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8984
ポリマ－31,8984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
3
I: POU domain, class 2, transcription factor 3
J: POU class 2 homeobox associating factor 3
K: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
L: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8984
ポリマ－31,8984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
4
M: POU domain, class 2, transcription factor 3
N: POU class 2 homeobox associating factor 3
O: DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
P: DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8984
ポリマ－31,8984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.019, 95.802, 85.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
POU domain, class 2, transcription factor 3 / Octamer-binding protein 11 / Oct-11 / Octamer-binding transcription factor 11 / OTF-11 / ...Octamer-binding protein 11 / Oct-11 / Octamer-binding transcription factor 11 / OTF-11 / Transcription factor PLA-1 / Transcription factor Skn-1


分子量: 18503.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU2F3, OTF11, PLA1 / プラスミド: pHIS-Parallel-GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9UKI9
#2: タンパク質・ペプチド
POU class 2 homeobox associating factor 3 / Cancer susceptibility candidate protein 13 / Colorectal cancer-associated protein 2 / Protein OCA-T2


分子量: 4218.865 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU2AF3, C11orf93, CASC13, COLCA2 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A8K830
#3: DNA鎖
DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)


分子量: 4657.060 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖
DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)


分子量: 4518.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MMT (1:2:2 molar ratio of DL-malic acid:MES:Tris base), pH 6.0, 25% PEG-1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.85 Å / Num. obs: 71525 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.872 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.303 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 224565
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Num. measured all: 14046 / Num. unique obs: 4421 / CC1/2: 0.531 / Rpim(I) all: 0.473 / Rrim(I) all: 0.83 / Χ2: 1.38 / Net I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSFebruary 5, 2021データ削減
pointless1.12.10データスケーリング
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
MolProbityモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.83 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 3510 4.97 %
Rwork0.2192 --
obs0.2211 70600 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5458 2436 0 777 8671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96811565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7313399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.33781250.26712652X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.160.30781430.25362608X-RAY DIFFRACTION95
2.16-2.190.29841320.25292644X-RAY DIFFRACTION95
2.19-2.230.34161430.25342645X-RAY DIFFRACTION96
2.23-2.260.30971190.2452660X-RAY DIFFRACTION96
2.26-2.30.30671180.2332690X-RAY DIFFRACTION96
2.3-2.340.26511290.23172701X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.390.26411390.23862685X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.440.32191500.23572636X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.490.26951460.23142701X-RAY DIFFRACTION97
2.49-2.550.29611510.23092662X-RAY DIFFRACTION96
2.55-2.610.31751670.22782661X-RAY DIFFRACTION97
2.61-2.680.25441480.22132695X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.760.24031460.21072719X-RAY DIFFRACTION98
2.76-2.850.25831400.20852687X-RAY DIFFRACTION97
2.85-2.950.27331620.21892706X-RAY DIFFRACTION98
2.95-3.070.2791390.23072747X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.210.27631530.21882690X-RAY DIFFRACTION98
3.21-3.380.21961490.19932718X-RAY DIFFRACTION97
3.38-3.590.22461240.20282735X-RAY DIFFRACTION98
3.59-3.870.22741460.20712696X-RAY DIFFRACTION97
3.87-4.250.2451690.19912629X-RAY DIFFRACTION96
4.25-4.870.23141330.20782618X-RAY DIFFRACTION93
4.87-6.120.23911340.22282694X-RAY DIFFRACTION95
6.12-29.830.23091050.21662811X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.57674.32630.09927.4483-0.45323.29891.0065-0.48450.02671.2208-0.68170.5361-0.29450.0712-0.16450.5444-0.0359-0.08060.2683-0.04830.220233.836517.423320.441
24.0575-1.29320.94583.70430.57733.77490.405-0.2539-0.0190.3666-0.2642-0.73750.25650.3561-0.22370.3752-0.1299-0.14740.27760.02760.402750.341616.20413.0856
31.90970.89650.10662.66380.2223.91760.0982-0.2438-0.01350.1996-0.0745-0.1269-0.03670.2124-0.00990.2648-0.0028-0.05570.21330.01220.13840.63412.091114.8313
41.86231.34421.6113.19743.23134.15930.3285-0.1312-0.22360.56050.2053-0.812-0.52310.4332-0.57660.647-0.1466-0.13810.27810.00540.562650.31177.10446.9564
53.89870.2802-0.00434.2572-0.46253.0249-0.04430.2087-0.2549-0.55530.049-0.05880.24770.3886-0.00740.2864-0.01310.01660.2286-0.01690.123138.9699-5.2036-13.4918
63.53150.8697-0.46912.92872.91443.2828-0.19040.32710.4351-0.5362-0.1062-0.0552-0.4222-0.05180.28450.28520.0059-0.05070.16160.04520.252227.07479.1-2.715
78.53652.21370.44974.43371.77794.10280.184-1.20051.1159-0.3151-0.61320.6052-0.7779-0.8420.44390.44350.169-0.10810.584-0.13460.297319.79615.634815.834
83.20660.1378-1.2120.83471.55366.3848-0.14210.2098-0.23360.0718-0.08880.0157-0.2943-0.11110.22260.181-0.0139-0.05850.2390.01430.587855.2441-7.131938.6578
92.0971-0.0863-0.0321.63740.18851.90530.04490.209-0.0488-0.0473-0.0564-0.0424-0.0631-0.07810.00420.15640.0357-0.01220.21150.00840.598159.847-0.922339.7039
103.3446-2.1004-0.02324.3809-0.18584.43410.11370.18070.2559-0.1893-0.2196-0.179-0.09880.36630.09490.1159-0.0171-0.01190.21430.04190.370487.547715.729640.6952
117.58980.427-2.11978.2347-0.56655.10160.1847-0.46480.3780.5727-0.15770.073-0.11430.32260.0630.08770.0171-0.01390.21440.00340.313579.513213.182648.1412
125.94842.60010.53333.11772.88473.66030.3931-1.20240.25040.6221-0.1346-0.42650.20250.6634-0.15580.2633-0.0836-0.06990.51630.11840.505472.31050.756154.6095
133.26180.4634-3.21419.0055-3.02257.28860.6556-0.7539-0.25520.9806-0.3384-0.47890.5948-0.9273-0.25830.5313-0.2299-0.17090.6660.06630.544554.2157-6.615463.0743
144.411-1.1332-0.3372.60611.44821.3113-0.0932-0.1519-0.47790.20440.01580.28760.1336-0.02140.03590.21460.0131-0.05220.14290.0440.28665.029728.2249-0.5321
153.62891.44210.83653.1293-0.00953.55680.03540.0125-0.03240.07920.00130.05970.06270.1869-0.00620.17880.0995-0.0350.18660.01050.254791.6469.26060.5208
166.0691-1.90612.75350.86830.14795.0321-0.25630.7340.9358-0.6822-0.1684-1.54220.17560.66440.28160.25510.0656-0.03630.27640.08650.731882.352823.3033-12.9899
178.78341.08850.17244.0396-2.18398.4158-0.58080.55780.1904-0.51680.0579-1.1225-0.9965-0.17980.48470.42620.0895-0.06070.28330.0650.416668.511131.3598-23.115
182.92514.7688-1.26087.9681-1.39555.86860.1803-0.50260.36421.3641-0.15980.1666-0.6024-0.35090.0120.48240.0857-0.08920.351-0.08340.350230.408521.825460.6498
191.61770.35670.21952.14580.67072.9516-0.081-0.2277-0.04140.48760.1789-0.3851-0.0670.1538-0.10210.24670.0422-0.08820.1921-0.03530.196536.705614.776655.1121
200.41540.50930.38165.0681-0.06570.3924-0.4988-0.274-0.3932-0.99670.5019-0.9689-0.01810.43360.02330.9380.50350.19970.9394-0.0710.850251.444115.318658.2388
218.40140.44095.88393.63760.91137.42830.0463-0.2796-0.56320.01650.7468-0.39030.01370.5147-0.67060.2507-0.0118-0.03240.2336-0.03520.414940.41822.813743.1469
224.46635.8474-1.12398.6285-2.00715.9581-0.48751.21020.2648-1.43020.30790.44320.057-0.05130.04850.26450.0799-0.11990.343-0.04670.287129.3482-2.796124.5307
237.23671.06381.54095.0743-1.73853.29320.09170.4084-0.5477-0.46320.0942-0.4510.4830.1526-0.17740.2968-0.00320.05350.2608-0.13190.464935.1131-11.348329.6771
247.3935-0.7775-0.43132.06270.054.1931-0.0004-0.09370.0132-0.3050.0940.46510.062-0.0911-0.0920.1520.0041-0.07950.1158-0.03930.344825.4293-4.152235.3499
253.96111.4402-3.65927.11062.85485.89270.3410.0902-0.1975-0.4524-0.11570.4571-0.4975-0.8501-0.26770.14190.0539-0.08850.27280.01760.405417.66219.049639.4689
268.0044-0.9078-1.28192.00782.30515.48030.3435-1.16080.32830.4947-0.26760.4338-0.7455-1.6285-0.06430.49380.11510.01870.5827-0.04170.34612.841419.03759.3296
270.50070.07360.70816.39071.60081.729-0.0473-0.09220.00320.5082-0.0619-0.0787-0.2804-0.01850.09430.1854-0.0001-0.00460.2971-0.00560.143837.73556.19351.2055
281.66721.80030.74045.00210.25752.95870.05060.0945-0.0741-0.0497-0.0608-0.1867-0.07690.179-0.00590.11330.0242-0.01780.2316-0.0190.13537.44073.1328-1.1478
292.59612.08130.48391.4806-0.0321.36090.0451-0.15530.00380.1652-0.08340.0723-0.0396-0.16890.0240.13970.0259-0.00170.36630.01790.475569.72523.327543.9834
302.6411.78820.66693.57341.27710.88140.0910.1372-0.0222-0.1383-0.1362-0.1075-0.0952-0.11120.06190.16060.0035-0.02660.36670.01820.425172.05866.363244.4523
311.3628-1.53060.12953.5434-0.72210.07330.08050.1427-0.0556-0.0419-0.10510.04510.054-0.02550.02940.1952-0.0056-0.07970.24370.00780.18978.065720.7354-2.7483
322.7155-1.62680.16154.01430.62221.0930.06990.1299-0.02150.0446-0.0673-0.16850.02050.0333-0.01460.18530.0507-0.0680.2570.04790.24580.41517.6946-2.7887
330.38490.336-0.36416.34730.88250.743-0.05020.0433-0.19940.1845-0.0698-0.2374-0.0537-0.01090.08310.08820.001-0.03550.2062-0.03420.166929.49986.533343.7419
341.44081.19520.22574.64790.54091.9602-0.00160.0584-0.1727-0.0712-0.16260.10910.01370.13330.13820.05670.03370.0120.204-0.05960.198928.9243.435941.7722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 182 through 204 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 205 through 220 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 221 through 257 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 289 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 290 through 341 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 16 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 17 through 30 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 186 through 225 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 226 through 289 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 290 through 321 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 322 through 341 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 6 through 16 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 17 through 33 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 184 through 289 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 290 through 341 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'J' and (resid 6 through 16 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'J' and (resid 17 through 30 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'M' and (resid 186 through 204 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'M' and (resid 205 through 258 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'M' and (resid 259 through 277 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'M' and (resid 278 through 289 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'M' and (resid 290 through 302 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'M' and (resid 303 through 321 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'M' and (resid 322 through 341 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'N' and (resid 4 through 16 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'N' and (resid 17 through 31 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 1 through 15 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 1 through 15 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 1 through 15 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 1 through 15 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 1 through 15 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 1 through 15 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'O' and (resid 1 through 15 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'P' and (resid 1 through 15 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る