PDB-9pcb: Structure of Synaptic Vesicle Protein 2A Bound to UCB-J

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pcb

タイトル

Structure of Synaptic Vesicle Protein 2A Bound to UCB-J

要素

Synaptic vesicle glycoprotein 2A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Synaptic vesicle / SLC22 / PET tracer

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / presynaptic active zone / synaptic vesicle priming / transmembrane transporter activity / neuromuscular junction / GABA-ergic synapse / intracellular calcium ion homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å

データ登録者

Mittal, A. / Martin, M.F. / Ledecq, M. / Horanyi, P.S. / Coleman, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular structure of a biomolecule.
著者: Mittal, A. / Martin, M.F. / Ledecq, M. / Horanyi, P.S. / Coleman, J.A.

履歴

登録	2025年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pcb.cif.gz	171.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pcb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pcb_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pcb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9pcb_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	9pcb_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/9pcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/9pcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	71501MC 49758C 71500C 71502C 9ntcC 9pc9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (8) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Synaptic vesicle glycoprotein 2A

ヘテロ分子

76.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable

#1: タンパク質	Synaptic vesicle glycoprotein 2A 分子量: 76319.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2A, KIAA0736, PSEC0174 / 細胞株 (発現宿主): tsA201 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L0J3
#2: 化合物	ChemComp-A1CCA / (4R)-1-[(3-methylpyridin-4-yl)methyl]-4-(3,4,5-trifluorophenyl)pyrrolidin-2-one 分子量: 320.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₅F₃N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: SV2A bound to UCB-J / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 75.5 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: tsa201
緩衝液	pH: 8
試料	濃度: 5.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 194000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC		粒子像選択
7	Coot	0.9.8.95 EL	モデルフィッティング	Model Building
12	cryoSPARC		３次元再構成
13	PHENIX	1.20.1-4487	モデル精密化	Real Space refinement

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119776 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 8UO9

8uo9

PDB chain-ID: A / Accession code: 8UO9 / Chain residue range: 144-738 / 詳細: PDB 8UO9 was used for building initial model. / Pdb chain residue range: 144-738 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	4030
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.511	5475
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.903	577
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.035	617
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	682

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)