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- PDB-9orh: MicroED structure of the CTX-M-14 beta-lactamase-avibactam comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9orh
タイトルMicroED structure of the CTX-M-14 beta-lactamase-avibactam complex from inhibitor cocktail-soaked crystals
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / enzyme / beta-lactamase / MicroED / inhibitor / complex / cocktail
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vlahakis, N. / Rodriguez, J.A. / Jacobs, L.M.C. / Chen, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI-EPI 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Combining MicroED and native mass spectrometry for structural discovery of enzyme-small molecules complexes
著者: Vlahakis, N.W. / Flowers, C.W. / Liu, M. / Agdanowski, M. / Johnson, S. / Summers, J.A. / Jacobs, L.M.C. / Keyser, C. / Russell, P. / Rose, S. / Orlans, J. / Adhami, N. / Chen, Y. / Sawaya, M. ...著者: Vlahakis, N.W. / Flowers, C.W. / Liu, M. / Agdanowski, M. / Johnson, S. / Summers, J.A. / Jacobs, L.M.C. / Keyser, C. / Russell, P. / Rose, S. / Orlans, J. / Adhami, N. / Chen, Y. / Sawaya, M.R. / Basu, S. / De Sanctis, D. / Chen, Y. / Wakatsuki, S. / Nelson, H.M. / Loo, J.A. / Tang, Y. / Rodriguez, J.A.
履歴
登録2025年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2794
ポリマ－55,7452
非ポリマー5352
水68538
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1402
ポリマ－27,8721
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1402
ポリマ－27,8721
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.900, 106.420, 47.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27872.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, BKL28_004840, BKL28_005521, ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, BKL28_004840, BKL28_005521, BXT93_06855, CR538_26855, E4K51_21070, EIA08_25160, ETN48_p0088, HL563_21800, HL563_23665, HLZ39_20540, HLZ39_26710, NY836_21775, pCT_085, pHK01_011, RCS101_P0028, RCS103_P0010, RCS30_P0082, RCS56_P0085, RCS60_P0031, RCS63_P0006, RCS65_P0008, RCS66_P0053, RCS68_P0054, SAMEA4362930_00013, SAMEA4363083_00099, SAMEA4370290_00046
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5C7, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: CTX-M-14 beta-lactamase bound to avibactam / タイプ: COMPLEX
詳細: Crystals were grown by hanging-drop vapor diffusion from drops of 25.7 mg/mL CTX-M-14 mixed 1:1 with crystallization solution (1.4 M potassium phosphate pH 7.9)
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
EM crystal formation詳細: Crystals were grown by hanging-drop vapor diffusion from drops of 25.7 mg/mL CTX-M-14 mixed 1:1 with crystallization solution (1.4 M potassium phosphate pH 7.9)
温度: 293 K
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 1.4 M potassium phosphate pH 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Crystals were grown by hanging-drop vapor diffusion from drops of 25.7 mg/mL CTX-M-14 mixed 1:1 with crystallization solution (1.4 M potassium phosphate pH 7.9)
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS TALOS F200C
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K
撮影電子線照射量: 0.09 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
EM回折 シェル解像度: 2→2.1 Å / フーリエ空間範囲: 95.6 % / 多重度: 3.47 / 構造因子数: 3848 / 位相残差: 30.8 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 94.6 % / 再高解像度: 2 Å / 測定した強度の数: 96106 / 構造因子数: 28065 / 位相誤差の除外基準: NONE / Rmerge: 0.254

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 100.689 ° / ∠γ: 90 ° / A: 44.9 Å / B: 106.42 Å / C: 47.52 Å / 空間群名: P21 / 空間群番号: 4
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築PDB-ID: 1YLT

1ylt


Accession code: 1YLT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→27.65 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 2804 10 %
Rwork0.1974 --
obs0.2021 28029 94.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0084046
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.1925515
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d7.498595
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.07654
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.01727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.33541450.26261298ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.03-2.070.26811370.23831237ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.07-2.110.28471420.24351274ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY96
2.11-2.150.28311410.2291277ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY96
2.15-2.20.31641390.23971247ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.2-2.250.27771440.2351297ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY96
2.25-2.310.30061390.24691244ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.31-2.370.33141450.23441310ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.37-2.440.27851370.22881227ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.44-2.520.31961410.22641276ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.52-2.610.27561400.22121258ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.61-2.710.26231420.21721270ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.71-2.840.2761430.21211290ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.84-2.990.27091410.21711269ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.99-3.170.25971380.21871245ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
3.17-3.420.26761430.19031283ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
3.42-3.760.2071400.16041252ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY93
3.76-4.30.15721360.14181222ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92
4.3-5.420.15321370.13761237ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92
5.42-27.650.23471340.18941212ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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