PDB-9or1: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) H2F/F4P/P5S/R6Y/A59N/R144Y/V96...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9or1

タイトル

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) H2F/F4P/P5S/R6Y/A59N/R144Y/V96A/D172E/L172Q/D173P/R176V (P1/P2/A1/A2/A3) mutant crystal structure with heme and N-hydroxylated ornithine

要素

N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N~5~-hydroxy-L-ornithine

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura luzonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9or1.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9or1.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9or1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9or1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9or1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9or1_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	9or1_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/9or1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/9or1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oqsC 9oqtC 9oquC 9oqvC 9oqwC 9oqxC 9oqzC 9or0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
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1

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.904, 101.904, 51.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-625- HOH

#1: タンパク質	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) 分子量: 22479.168 Da / 分子数: 1 変異: H2F, F4P, P5S, R6Y, A59N, R144Y, V96A, D171E, L172Q, D173P, R176V 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア) 株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER 分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ONH / N~5~-hydroxy-L-ornithine タイプ: L-peptide linking / 分子量: 148.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→36.33 Å / Num. obs: 49786 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.99 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2452 / CC_1/2: 0.737 / R_pim(I) all: 0.879

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→36.329 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1779	2003	4.03 %
R_work	0.1627	-	-
obs	0.1633	49658	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.329 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	67	259	1845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	2363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.084	1320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5002-1.5378	0.3013	141	0.2852	3301	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5378-1.5793	0.3299	142	0.2607	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5793-1.6258	0.2787	137	0.2286	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6258-1.6783	0.2236	145	0.208	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6783-1.7383	0.2132	137	0.1942	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7383-1.8079	0.1821	143	0.1932	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8079-1.8901	0.2045	142	0.1801	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8901-1.9898	0.2157	143	0.1912	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9898-2.1144	0.1871	142	0.1722	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1144-2.2777	0.1869	138	0.1662	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2777-2.5068	0.1747	145	0.1708	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5068-2.8695	0.1797	142	0.1721	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8695-3.6147	0.1691	149	0.1503	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6147-36.3	0.1437	157	0.1296	3559	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6056	0.2462	0.1959	5.2165	-1.232	5.5137	-0.4764	-0.8722	-0.1984	0.5404	0.2833	0.3598	-0.2309	-0.1661	0.0925	0.2694	0.127	0.034	0.346	0.0548	0.2786	33.075	30.9776	11.6248
2	4.0535	0.0381	0.4415	6.1769	0.1592	6.0234	-0.3408	-0.5011	-0.2983	0.3581	0.1422	0.1661	0.0669	0.3031	0.0957	0.1407	0.1124	0.0897	0.2611	0.0378	0.165	19.5605	38.4225	9.6688
3	2.9419	-1.4187	-0.1961	0.8214	0.2185	-0.0377	-0.1533	-0.2439	-0.3807	0.1111	0.0878	0.2218	0.0288	-0.0197	0.056	0.2121	0.0281	0.0353	0.2474	0.0298	0.2104	17.1049	40.3262	6.6508
4	2.6308	-0.7887	-0.5273	0.9339	0.2775	0.3402	-0.1819	-0.3218	-0.6087	0.1599	0.1019	0.3714	0.089	0.0617	0.0597	0.2141	0.0377	0.0531	0.2436	0.0372	0.2333	9.6641	42.4526	9.502
5	2.1887	0.9242	-1.9357	5.0691	1.1454	6.6609	0.0773	-0.2971	0.5007	0.1147	0.0993	0.0965	-0.6998	0.0909	-0.161	0.2497	0.0131	0.0015	0.1939	-0.0141	0.2426	44.2304	43.404	6.3149
6	2.7009	-0.3722	1.872	8.5035	-4.3501	9.3347	-0.0588	-1.5452	0.7269	1.225	-0.0276	0.5909	-0.4246	-0.477	0.0053	0.4404	0.0301	0.0623	0.5525	-0.1378	0.3749	36.0442	45.4288	12.2286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 167 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 168 through 187 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 188 through 201 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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