PDB-9oqu: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal stru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oqu

タイトル

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal structure with heme and N-hydroxylated ornithine (5h soak)

要素

N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N~5~-hydroxy-L-ornithine

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura luzonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oqu.cif.gz	215.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oqu.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9oqu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oqu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9oqu_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	9oqu_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oqu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9oqsC 9oqtC 9oqvC 9oqwC 9oqxC 9oqzC 9or0C 9or1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

B: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.813, 67.813, 193.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or (resid 11...	A	A	1 - 72	1 - 72
1	2	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or (resid 11...	A	A	75 - 107	75 - 107
1	3	VAL	VAL	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or (resid 11...	A	A	110 - 200	110 - 200
2	1	MET	MET	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 1 through 16 or (resid 17...	B	B	1 - 72	1 - 72
2	2	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'B' and (resid 1 through 16 or (resid 17...	B	B	75 - 107	75 - 107
2	3	VAL	VAL	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 1 through 16 or (resid 17...	B	B	110 - 200	110 - 200

#1: タンパク質	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) 分子量: 22462.215 Da / 分子数: 2 / 変異: T98A, K167A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア) 株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ONH / N~5~-hydroxy-L-ornithine タイプ: L-peptide linking / 分子量: 148.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→38.49 Å / Num. obs: 47538 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 51.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.72 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2629 / CC_1/2: 0.937 / R_pim(I) all: 0.507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→38.49 Å / SU ML: 0.211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.3603 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	1984	4.21 %
R_work	0.1883	45121	-
obs	0.1901	47105	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→38.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3053	0	96	328	3477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	3270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0138	4518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0113	592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3371	2538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.77	0.3559	139	0.3083	3168	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.77-1.82	0.3278	138	0.2853	3123	X-RAY DIFFRACTION	97.37
1.82-1.87	0.2921	132	0.2564	3020	X-RAY DIFFRACTION	93.14
1.87-1.94	0.2853	140	0.2445	3157	X-RAY DIFFRACTION	96.91
1.94-2	0.3011	140	0.2411	3187	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2-2.08	0.2654	140	0.2201	3178	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.08-2.18	0.3045	143	0.2222	3235	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.18-2.29	0.2813	140	0.2183	3192	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.29-2.44	0.3034	136	0.2309	3121	X-RAY DIFFRACTION	94.98
2.44-2.63	0.2407	145	0.2201	3262	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.63-2.89	0.2681	145	0.2156	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.89-3.31	0.2701	145	0.1961	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.31-4.17	0.1953	146	0.1514	3332	X-RAY DIFFRACTION	98.11
4.17-38.49	0.1754	155	0.1496	3537	X-RAY DIFFRACTION	98.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.87755268654	0.734792688857	-3.77710829105	4.96147262553	-3.66263099722	6.35710285786	-0.135199138268	0.139743243199	0.224830432001	0.252864196725	0.577222457434	0.13436197091	-0.0594677473767	-0.703686743874	-0.327847360252	0.489017382065	0.0564471373501	-0.00297551293386	0.556769247299	0.0202005219102	0.288998162663	-5.16634918156	27.7094482678	12.0111095825
2	6.00224162819	1.96109395494	-2.96070167035	1.99419736357	-0.114275589324	2.03733718919	0.213252099239	-0.136947918307	-0.0580162057703	0.490683468759	-0.0957658334272	0.69274132024	0.073428881994	-0.547353069188	-0.224328173499	0.33834497081	0.0270692576042	0.0637428491897	0.429086946156	0.0360073875796	0.415215075883	-12.1572459677	21.4198619999	1.41748863629
3	7.91058264308	2.75080075543	0.252649375364	2.63898009635	-0.614489782079	3.39877412077	-0.252540447889	0.122718511667	-0.220376361593	-0.0614642847756	0.221323117827	-0.0464178308164	0.154695351233	0.112299612384	0.0394332722006	0.237497937499	0.0540825292404	-0.0124835350657	0.236595009552	-0.00352743979651	0.206728034025	2.22881988189	21.5811320647	-8.01091386075
4	2.85986150417	-0.8799109643	-0.556142284602	3.99993984919	0.617041484908	5.45839039254	-0.070254791782	-0.0239794204237	-0.108383490515	0.228975663108	0.0781293395389	-0.0212084921508	0.414170599902	0.156033449071	0.0394072097532	0.23125596675	0.0416489157047	-0.037518889321	0.251043228294	-0.00881753266724	0.218091921762	2.20770477806	15.8787469859	-8.33466438274
5	5.06091276316	-0.31740791874	0.93495382058	2.6760628053	-2.31659536885	2.76749170363	-0.22668266459	-0.276497543991	0.724659909694	0.293893754643	-0.135824874354	0.296885259982	-0.940115517788	-0.435855517571	0.430647079209	0.396071178538	0.0997009105514	0.00869839074561	0.341040834753	-0.057141508858	0.397697663118	-6.49249243628	46.1323481843	7.5345824184
6	0.857262455706	-0.447230812971	-0.36409344618	3.97230144468	1.07039848588	3.14095780664	-0.114370156388	-0.091416004483	-0.154267375281	0.356729922976	0.153290107106	0.246221082322	0.334726753979	0.114131919078	-0.017786019935	0.235380108541	0.0771066807089	-0.0134814284469	0.327087598486	0.0123369251969	0.237550636424	-0.0106166138953	21.5226143166	-0.864303768177
7	5.6897868541	-1.42582166399	0.786636545037	3.29399400182	0.180342626482	7.26719433388	0.171961556127	0.00745361620363	-0.226470301391	0.0425275847799	0.120338321007	0.416451468125	-0.00223439192934	-0.454098679328	-0.302897884193	0.231074342783	-0.0529096057204	-0.000303869348788	0.341750831085	0.0213139383283	0.31817087865	-13.931557087	16.26259055	-17.2754878743
8	1.87912304124	-0.730615267597	-0.350779017878	2.37934882005	1.62636589603	5.70618249669	-0.00336299088965	0.0630559992578	-0.20279906917	0.159442150748	0.0722765491746	0.0743363823498	0.731710974194	0.266104802975	-0.0830942652112	0.214565185018	-0.0465688641196	0.00115189557464	0.275109384061	0.0284820674783	0.315219014032	-4.37451917572	15.3807541986	-12.2980380486
9	6.79826727575	-0.575062774358	0.28885001267	8.86824155389	-0.525446839615	2.76460061866	0.305606049946	-0.31272719713	1.01478111827	1.010518404	-0.137939202401	1.17403009488	-0.65689918976	-0.578060132339	-0.0884780075359	0.530643811551	0.179539520878	0.215091926529	0.49739929834	0.0292246792298	0.685146069582	-14.6237893283	41.9508848316	8.85371648164
10	5.35421273067	0.917200353678	0.420264371259	3.147779791	-1.95101368799	2.93397420698	-0.0316815149167	-0.0355687660044	-0.388118686599	0.532984839178	0.253826177307	1.48673153179	-0.150668704568	-1.92376756786	-0.285095081358	0.376459270689	0.0876419781871	0.0601990575737	0.768513684513	-0.0182091049525	0.676512783048	-16.9228307038	33.0966701059	4.18721379619
11	8.78908814861	-0.58164134735	3.42149917359	5.79214607867	4.112300648	5.17867971515	0.399351542373	-0.427947517281	0.643159753938	-1.1012166896	-0.478712256754	-0.0963124881047	0.35133478125	0.364662909841	0.0951200509815	0.872296654564	0.109395361844	0.216969470752	0.709509268938	0.0928131876178	0.502864293229	5.38351073321	30.7020813197	-22.1175471478
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17	1.16491271957	-2.49651813949	-1.06089753178	6.18520570542	4.10421915717	4.340683188	0.276010765861	0.359257902001	0.896079912719	-0.134845802512	0.349284373199	-0.449267569933	-0.692831622048	0.1577723305	-0.600337150518	0.405203764021	0.0603557894695	-0.125001311079	0.474897129781	0.0318985631645	0.423719378785	-3.55812225861	40.2168801215	-22.97937667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 45 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 46 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 80 through 97 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 113 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 114 through 138 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 139 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 168 through 187 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 188 through 201 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 11 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 12 through 21 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 22 through 45 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 46 through 138 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 139 through 167 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 168 through 185 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 186 through 206 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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