PDB-9oqt: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal stru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oqt

タイトル

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal structure with heme and N-hydroxylated ornithine (2.5h soak)

要素

N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N~5~-hydroxy-L-ornithine

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura luzonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oqt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9oqsC 9oquC 9oqvC 9oqwC 9oqxC 9oqzC 9or0C 9or1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

B: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.703, 67.703, 193.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) 分子量: 22462.215 Da / 分子数: 2 / 変異: T98A, K167A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア) 株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ONH / N~5~-hydroxy-L-ornithine タイプ: L-peptide linking / 分子量: 148.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→64.37 Å / Num. obs: 41379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / B_iso Wilson estimate: 27.29 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.82→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2394 / CC_1/2: 0.836 / R_pim(I) all: 0.415

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→63.89 Å / SU ML: 0.2628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0904
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	2065	5.01 %
R_work	0.1912	39148	-
obs	0.1924	41213	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→63.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3037	0	124	326	3487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	3315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9068	4569
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.9168	487

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.86	0.4705	139	0.4203	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.86-1.91	0.3399	131	0.3081	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.91-1.96	0.3006	129	0.2531	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.96-2.02	0.251	140	0.2129	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.02-2.08	0.2484	131	0.2086	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.08-2.16	0.2623	131	0.2044	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.16-2.24	0.2565	141	0.2055	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.24-2.35	0.2414	139	0.2093	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.35-2.47	0.3015	130	0.2076	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.47-2.62	0.2399	135	0.2155	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.62-2.83	0.2525	139	0.2048	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.83-3.11	0.2308	122	0.2115	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.11-3.56	0.1997	155	0.1762	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.56-4.49	0.173	147	0.1438	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.49-63.89	0.1475	156	0.166	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.23993357376	-3.17909966744	-1.05889403941	1.64110411673	0.418107660572	1.6353878354	0.124137946016	-0.476087792155	0.369064578346	0.040773411071	0.152606609757	-0.120869755216	-0.15939463294	-0.278134032198	-0.285853880786	0.407734612	-0.0446530559904	0.00370728471979	0.509459554479	-0.0294078571006	0.26868032857	-3.8117068083	28.2454987343	11.999732983
2	0.857033913333	-0.271635661079	0.03995603417	2.82186060654	1.08754431338	1.53069694215	0.00862232551363	-0.0471528270055	0.0235577735252	0.123443031865	-0.0334851249234	0.0631375922495	0.0505051551132	-0.0596524386658	0.0253517602228	0.179101990365	0.0123959550435	-0.00292951831837	0.2290349573	0.0211929172894	0.162365327318	-1.06725216099	23.8215804277	-3.32384693663
3	1.8935526585	-0.379377738053	0.58551585598	1.37176590335	1.07166899793	5.78496138418	0.139292523236	0.0735322972627	-0.138265475923	-0.012043478574	-0.0221628637139	0.136793878912	0.175312978765	-0.191926975547	-0.122337510684	0.193373064197	-0.0529290647317	0.0108001900721	0.221443867781	0.0160143245017	0.246893849784	-8.7131962516	15.8854545478	-14.8193151296
4	7.65497730801	-3.59997354819	-3.25325275593	6.0992573431	1.40392106128	3.30073787326	0.00571672153476	-0.829714219249	0.358411498958	1.02614828898	0.284528462248	1.41126609521	-0.578843923287	-0.719101031082	-0.202225629574	0.455263961023	0.13582449749	0.136069992505	0.416027092373	-0.0456172204549	0.531226476601	-14.4944505786	41.6096974259	9.57231000452
5	7.7838147856	-1.01423838025	-0.371952089287	6.86435734473	3.99600328705	3.85625617955	0.15260607997	0.626291863128	0.119565553077	0.319632951139	0.00375180713435	1.94765951961	-0.0649857493659	-1.10903363769	-0.183837126989	0.259507421429	0.0673355700661	0.0116461303716	0.595848209408	-0.0969019914479	0.758692982238	-16.5609761034	34.4388762367	3.09085558038
6	0.951661781197	-0.103726855191	-0.118805489298	4.14990302826	1.72697526699	3.61099295252	0.0785934977178	0.324763057757	0.154661250894	-0.45745130026	-0.175918184854	-0.200683623106	-0.359978569772	0.0203354706312	0.095361557065	0.166984127612	0.0521863845259	0.0250918659811	0.294353574906	0.0309156383532	0.257613437448	6.49710478846	34.7569659254	-9.26897433308
7	0.655149443289	0.515739965254	0.909101930586	1.27881942958	1.48139946257	3.62555852232	0.0706729452906	0.010415419691	0.0275824312862	0.012459111319	0.000477755041676	-0.0838106516061	-0.133560603133	0.240180541478	-0.081233482766	0.222708842213	-0.0100597693089	0.00653461301092	0.236961519029	0.0313697973767	0.209127607453	5.4349711456	38.4082686854	-2.34203227174
8	7.44300685069	-2.40088705674	-2.97929351766	4.28166117428	1.27526062702	6.26846304745	-0.360045103776	-0.00528892419634	0.534048102992	-0.0264123863458	0.279780535594	-0.144669781621	-0.400368210022	0.154573661119	0.0915784375292	0.352698482142	0.0279798433143	-0.0952472125755	0.29502208741	0.0201549311827	0.301662784325	-7.61835641548	37.145755165	-24.5915757277

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )	A	A	1 - 11	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 12 through 113 )	A	A	12 - 113	12 - 113
3	3	chain 'A' and (resid 114 through 167 )	A	A	114 - 167	114 - 167
4	4	chain 'A' and (resid 168 through 185 )	A	A	168 - 185	168 - 185
5	5	chain 'A' and (resid 186 through 202 )	A	A	186 - 202	186 - 202
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 45 )	B	D	1 - 45	1 - 45
7	7	chain 'B' and (resid 46 through 167 )	B	D	46 - 167	46 - 167
8	8	chain 'B' and (resid 168 through 206 )	B	D	168 - 206	168 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見 (Yorodumi)