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- PDB-9opf: Context-Dependent Variability Of HIF Heterodimers Influences Inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9opf
タイトルContext-Dependent Variability Of HIF Heterodimers Influences Interactions With Macromolecular And Small Molecule Partners
要素Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / coiled-coiled / coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / nuclear migration / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / Negative regulation of NOTCH4 signaling / cerebral cortex development / centriolar satellite / microtubule cytoskeleton organization ...microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / nuclear migration / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / Negative regulation of NOTCH4 signaling / cerebral cortex development / centriolar satellite / microtubule cytoskeleton organization / spindle pole / mitotic spindle / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transforming acidic coiled-coil-containing protein, C-terminal / TACC family / Transforming acidic coiled-coil-containing protein (TACC), C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Isiorho, E.A. / Xu, X. / Gardner, K.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1818148 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: CONTEXT-DEPENDENT VARIABILITY OF HIF HETERODIMERS INFLUENCES INTERACTIONS WITH MACROMOLECULAR AND SMALL MOLECULE PARTNERS.
著者: Joseph D Closson / Xingjian Xu / Meiling Zhang / Tarsisius T Tiyani / Leandro Pimentel Marcelino / Eta A Isiorho / Jason S Nagati / Joseph A Garcia / Kevin H Gardner /
要旨: Hypoxia inducible factors (HIFs) are transcription factors that coordinate cellular responses to low oxygen levels, functioning as an α/β heterodimer which binds a short hypoxia response element ...Hypoxia inducible factors (HIFs) are transcription factors that coordinate cellular responses to low oxygen levels, functioning as an α/β heterodimer which binds a short hypoxia response element (HRE) DNA sequence. Prior studies suggest HIF/HRE complexes are augmented by the binding of additional factors nearby, but those interactions are not well understood. Here, we integrated structural and biochemical approaches to investigate several functionally relevant HIF assemblies with other protein, small molecule, and DNA partners. First, we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to establish HIF-1 and HIF-2 form novel "dimer-of-heterodimers" (DoHD) complexes on extended human EPO enhancer sequences, showing that one heterodimer bound at a canonical HRE site with the second binding in an inverted fashion to an HRE-adjacent sequence (HAS) 8 bp away. Consistent with ARNT PAS-B domains predominating interactions within a DoHD, we found HIF-1 and HIF-2 assemble mixed DoHD complexes on the same DNA. Second, we saw substantial variability among ligands for isolated ARNT or HIF-2α PAS-B domains to bind larger complexes: for example, the ARNT PAS-B binding KG-548 and KG-279 ligands both bound the simpler HIF-2 heterodimer but exhibited differential binding to a HIF-2 DoHD. Finally, we combined cryo-EM and hydrogen-deuterium exchange by mass spectrometry (HDX-MS) to show how HIF-1 and HIF-2 heterodimers engage the transforming acidic coiled-coil containing protein 3 (TACC3) coactivator via both ARNT and HIF-α subunits, though this was unseen in the larger DoHD. Our findings highlight the importance of both molecular context and dynamics in biomolecular complex formation, adding to the complexities of potential regulation.
履歴
登録2025年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
B: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7092
ポリマ－18,7092
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)263.114, 23.826, 31.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.818, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-902-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 782 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 782 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 782 - 836 / Label seq-ID: 25 - 79

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.993825368803, 0.106985973238, 0.0294132258172), (0.105891882085, -0.993706269183, 0.0365343659428), (0.0331367715884, -0.0331941578672, -0.998899445516)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.993825368803, 0.106985973238, 0.0294132258172), (0.105891882085, -0.993706269183, 0.0365343659428), (0.0331367715884, -0.0331941578672, -0.998899445516)
ベクター: -1.25589918939, 13.4150367726, 14.7177435741)

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要素

#1: タンパク質 Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3 / ERIC-1


分子量: 9354.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TACC3, ERIC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M imidazole, 50% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→29.02 Å / Num. obs: 9247 / % possible obs: 98.37 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 48.44 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 1264 / CC1/2: 0.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419-000精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→29.02 Å / SU ML: 0.2818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.7272
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 934 10.1 %
Rwork0.2662 8313 -
obs0.2693 9247 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数898 0 0 6 904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.65431192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0637142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0161156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9146374
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.32470545557 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.40.321280.27741136X-RAY DIFFRACTION96.05
2.4-2.550.33441290.27861153X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.750.31481310.25021204X-RAY DIFFRACTION99.48
2.75-3.030.2561300.25481196X-RAY DIFFRACTION99.1
3.03-3.460.31381330.26961195X-RAY DIFFRACTION99.1
3.47-4.360.25891340.22971203X-RAY DIFFRACTION98.53
4.36-29.020.3121490.29911226X-RAY DIFFRACTION96.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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