PDB-9ol1: 16mer self-complementary duplex RNA with dI:s(2)C pair sequence 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ol1

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with dI:s(2)C pair sequence 2

要素

DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*I)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

キーワード

RNA / Deoxyribo-purine / 2-thiocytidine / deoxyinosine / RNA duplex / Origin of Life

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.243 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Impact of 2'-deoxyribo-purine substrates on nonenzymatic RNA template-directed primer extension.
著者: Fang, Z. / Acikgoz, O. / Jia, X. / Essex, J. / Wen, R. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2025年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ol1.cif.gz	26 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ol1.ent.gz	14 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ol1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ol1_validation.pdf.gz	377.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ol1_full_validation.pdf.gz	377 KB	表示
XML形式データ	9ol1_validation.xml.gz	4.1 KB	表示
CIF形式データ	9ol1_validation.cif.gz	5.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/9ol1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/9ol1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oksC 9oktC 9okuC 9okvC 9okwC 9okxC 9okyC 9okzC 9ol0C 9ol2C 9ol3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*I)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

5.11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*I)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*I)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.898, 40.898, 124.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-220- HOH
2	1	A-249- HOH
3	1	A-253- HOH
4	1	A-255- HOH
5	1	A-269- HOH

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(APGPAPGPAPA)-D(PI)-R(PAPUP(RSP)PUPUPCPUPCPU)-3') 分子量: 5068.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.05 M HEPES sodium pH 7.5, 28% v/v Polyethylene glycol 400, 0.002 M Spermine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.243→34.077 Å / Num. obs: 11727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.243→1.265 Å / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 572 / CC_1/2: 0.439 / R_pim(I) all: 0.754 / R_rim(I) all: 2.14 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.243→34.077 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 0.949 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1173	10.005 %
R_work	0.1864	10551	-
all	0.191	-	-
obs	-	11724	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0.001 Å²	0 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.243→34.077 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	334	1	80	415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.011	373
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.019	155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.079	1.968	578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.768	1.82	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.05	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.029	0.02	180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.086	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.239	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.199	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.097	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.256	1.468	373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.254	1.467	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.802	2.684	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.801	2.683	579
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.617	22.046	550
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.035	20.561	502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.243-1.275	0.292	85	0.313	763	0.31	848	0.937	0.931	100	0.293
1.275-1.31	0.371	82	0.298	737	0.305	819	0.892	0.935	100	0.276
1.31-1.348	0.31	79	0.284	717	0.287	797	0.932	0.941	99.8745	0.258
1.348-1.39	0.27	80	0.263	722	0.263	802	0.945	0.95	100	0.234
1.39-1.435	0.228	76	0.234	680	0.234	756	0.96	0.96	100	0.204
1.435-1.485	0.294	73	0.216	658	0.224	731	0.937	0.966	100	0.19
1.485-1.541	0.201	72	0.191	648	0.192	720	0.972	0.973	100	0.163
1.541-1.604	0.225	69	0.171	623	0.176	692	0.967	0.981	100	0.153
1.604-1.675	0.216	66	0.168	587	0.173	654	0.969	0.981	99.8471	0.147
1.675-1.757	0.198	63	0.161	572	0.165	635	0.976	0.984	100	0.154
1.757-1.852	0.22	62	0.176	552	0.18	614	0.97	0.981	100	0.168
1.852-1.964	0.226	56	0.194	511	0.198	567	0.969	0.975	100	0.185
1.964-2.099	0.219	55	0.18	488	0.184	543	0.973	0.978	100	0.179
2.099-2.266	0.232	51	0.182	458	0.187	509	0.975	0.978	100	0.19
2.266-2.481	0.254	46	0.193	418	0.199	464	0.959	0.978	100	0.208
2.481-2.772	0.266	43	0.189	386	0.196	429	0.96	0.979	100	0.217
2.772-3.198	0.221	39	0.175	347	0.179	387	0.967	0.984	99.7416	0.219
3.198-3.908	0.17	32	0.144	293	0.146	325	0.987	0.989	100	0.194
3.908-5.491	0.212	27	0.137	241	0.143	268	0.982	0.99	100	0.191
5.491-34.077	0.212	17	0.215	149	0.214	167	0.969	0.968	99.4012	0.321

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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