PDB-9okz: 16mer self-complementary duplex RNA with dG:s(2)C pair sequence 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9okz

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with dG:s(2)C pair sequence 2

要素

DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

キーワード

RNA / Deoxyribo-purine / 2-thiocytidine / RNA duplex / Origin of Life

機能・相同性

: / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.919 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Impact of 2'-deoxyribo-purine substrates on nonenzymatic RNA template-directed primer extension.
著者: Fang, Z. / Acikgoz, O. / Jia, X. / Essex, J. / Wen, R. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2025年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9okz.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9okz.ent.gz	50.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9okz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9okz_validation.pdf.gz	399.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9okz_full_validation.pdf.gz	405.3 KB	表示
XML形式データ	9okz_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	9okz_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9okz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9okz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oksC 9oktC 9okuC 9okvC 9okwC 9okxC 9okyC 9ol0C 9ol1C 9ol2C 9ol3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

C: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

D: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

E: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

F: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

30.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

D: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

F: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*A)-D(P*G)-R(P*AP*UP*(RSP)P*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.502, 42.502, 122.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(APGPAPGPAPA)-D(PG)-R(PAPUP(RSP)PUPUPCPUPCPU)-3') 分子量: 5083.128 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.06 M Manganese (II) chloride, 15.00 % w/v Polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.919→50 Å / Num. obs: 18877 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.863 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 1.919→1.95 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 919 / CC_1/2: 0.859 / CC star: 0.961 / R_pim(I) all: 0.284 / R_rim(I) all: 0.638 / Χ²: 0.82 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.919→36.808 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 4.198 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	779	4.447 %
R_work	0.1873	16740	-
all	0.19	-	-
obs	-	17519	92.361 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.919→36.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2010	2	269	2281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.019	936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.058	1.897	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.728	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.177	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.106	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.244	0.2	821
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.122	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.351	1.746	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.351	1.745	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.046	3.186	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.046	3.185	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.735	24.03	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.493	23.679	3124

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.919-1.969	0.354	53	0.249	653	0.257	1385	0.916	0.961	50.9747	0.226
1.969-2.023	0.305	28	0.235	838	0.237	1404	0.949	0.965	61.6809	0.198
2.023-2.081	0.286	62	0.224	1126	0.227	1306	0.951	0.969	90.9648	0.19
2.081-2.145	0.334	76	0.241	1198	0.246	1277	0.934	0.962	99.7651	0.215
2.145-2.215	0.301	36	0.229	1236	0.231	1274	0.937	0.968	99.843	0.205
2.215-2.293	0.352	34	0.231	1156	0.234	1191	0.932	0.967	99.916	0.212
2.293-2.379	0.241	53	0.215	1123	0.217	1178	0.961	0.973	99.8302	0.192
2.379-2.476	0.33	60	0.216	1055	0.223	1118	0.935	0.975	99.7317	0.2
2.476-2.585	0.324	50	0.211	965	0.216	1067	0.939	0.974	95.1265	0.198
2.585-2.711	0.221	43	0.196	973	0.197	1022	0.974	0.976	99.4129	0.187
2.711-2.856	0.294	26	0.204	966	0.207	992	0.936	0.975	100	0.203
2.856-3.029	0.251	48	0.181	890	0.184	939	0.964	0.982	99.8935	0.196
3.029-3.236	0.219	32	0.169	822	0.171	855	0.974	0.989	99.883	0.193
3.236-3.493	0.213	44	0.158	782	0.16	826	0.98	0.991	100	0.183
3.493-3.823	0.172	40	0.14	699	0.142	741	0.982	0.991	99.7301	0.168
3.823-4.269	0.164	28	0.122	653	0.123	681	0.986	0.991	100	0.146
4.269-4.918	0.204	30	0.138	521	0.141	586	0.974	0.989	94.0273	0.177
4.918-5.997	0.131	4	0.137	503	0.137	508	0.999	0.991	99.8031	0.171
5.997-8.37	0.226	20	0.222	369	0.223	389	0.979	0.982	100	0.288
8.37-36.808	0.423	12	0.227	212	0.239	225	0.945	0.973	99.5556	0.295

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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