PDB-9oku: 16mer self-complementary duplex RNA with dA:s(2)U pair sequence 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oku

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with dA:s(2)U pair sequence 1

要素

DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*U)-3')

キーワード

RNA / Deoxyribo-purine / 2-thiouridine / RNA duplex / Origin of Life

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Impact of 2'-deoxyribo-purine substrates on nonenzymatic RNA template-directed primer extension.
著者: Fang, Z. / Acikgoz, O. / Jia, X. / Essex, J. / Wen, R. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2025年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oku.cif.gz	26.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oku.ent.gz	14.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9oku_validation.pdf.gz	368.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oku_full_validation.pdf.gz	368.6 KB	表示
XML形式データ	9oku_validation.xml.gz	4.3 KB	表示
CIF形式データ	9oku_validation.cif.gz	6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9oku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9oku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oksC 9oktC 9okvC 9okwC 9okxC 9okyC 9okzC 9ol0C 9ol1C 9ol2C 9ol3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

5.11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.167, 41.167, 124.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-218- HOH
2	1	A-250- HOH
3	1	A-268- HOH
4	1	A-276- HOH
5	1	A-286- HOH
6	1	A-288- HOH
7	1	A-292- HOH
8	1	A-301- HOH

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(APGPAPG)-D(PA)-R(PAPGPAPUPCPU)-3') 分子量: 5083.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.479→50 Å / Num. obs: 7122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 33
反射シェル	解像度: 1.479→1.51 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 344 / CC_1/2: 0.901 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.204 / R_rim(I) all: 0.609 / Χ²: 0.931 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.479→41.521 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.38 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	348	4.895 %
R_work	0.1697	6761	-
all	0.172	-	-
obs	-	7109	99.789 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.489 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.479→41.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	335	1	101	437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.029	0.019	159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.982	1.89	572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.699	1.778	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.083	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.401	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.027	0.02	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	59
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.113	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.249	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.029	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.08	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.28	1.282	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.278	1.28	375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.871	2.337	572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.869	2.335	573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.934	22.51	558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.42	18.708	519

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.479-1.517	0.312	23	0.267	485	0.269	513	0.953	0.953	99.0253	0.232
1.517-1.559	0.352	25	0.214	474	0.22	499	0.933	0.967	100	0.179
1.559-1.604	0.22	21	0.198	473	0.199	494	0.975	0.973	100	0.174
1.604-1.653	0.219	23	0.189	452	0.191	475	0.967	0.977	100	0.173
1.653-1.707	0.224	34	0.184	435	0.187	469	0.959	0.98	100	0.168
1.707-1.767	0.235	12	0.178	424	0.18	436	0.968	0.98	100	0.163
1.767-1.834	0.191	21	0.161	409	0.162	430	0.973	0.983	100	0.15
1.834-1.908	0.221	15	0.191	397	0.192	415	0.97	0.976	99.2771	0.163
1.908-1.993	0.224	26	0.2	384	0.202	412	0.971	0.974	99.5146	0.184
1.993-2.09	0.245	14	0.17	368	0.173	382	0.977	0.98	100	0.166
2.09-2.203	0.278	17	0.181	339	0.186	356	0.969	0.979	100	0.176
2.203-2.336	0.289	15	0.206	335	0.209	354	0.96	0.976	98.8701	0.207
2.336-2.497	0.274	23	0.187	300	0.193	323	0.962	0.979	100	0.196
2.497-2.696	0.212	16	0.194	296	0.195	312	0.971	0.977	100	0.205
2.696-2.952	0.24	17	0.155	273	0.159	290	0.966	0.985	100	0.177
2.952-3.299	0.155	10	0.13	248	0.131	259	0.986	0.991	99.6139	0.172
3.299-3.805	0.129	9	0.13	224	0.13	233	0.993	0.991	100	0.167
3.805-4.65	0.164	12	0.12	192	0.123	204	0.983	0.992	100	0.167
4.65-6.536	0.186	9	0.146	154	0.148	163	0.98	0.988	100	0.206
6.536-41.521	0.116	6	0.163	101	0.16	107	0.995	0.981	100	0.254

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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