PDB-9okv: 16mer self-complementary duplex RNA with dA:s(2)U pair sequence 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9okv

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with dA:s(2)U pair sequence 2

要素

DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*(SUR)P*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

キーワード

RNA / Deoxyribo-purine / 2-thiouridine / RNA duplex / Origin of Life

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.233 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Impact of 2'-deoxyribo-purine substrates on nonenzymatic RNA template-directed primer extension.
著者: Fang, Z. / Acikgoz, O. / Jia, X. / Essex, J. / Wen, R. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2025年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9okv.cif.gz	26.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9okv.ent.gz	14.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9okv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9okv_validation.pdf.gz	368.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9okv_full_validation.pdf.gz	368.4 KB	表示
XML形式データ	9okv_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	9okv_validation.cif.gz	6.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9okv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9okv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oksC 9oktC 9okuC 9okwC 9okxC 9okyC 9okzC 9ol0C 9ol1C 9ol2C 9ol3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*(SUR)P*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

5.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*(SUR)P*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.147, 41.147, 124.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-108- HOH
2	1	A-124- HOH
3	1	A-163- HOH
4	1	A-188- HOH
5	1	A-194- HOH

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(APGPAPGPAPAPG)-D(PA)-R(P(SUR)PCPUPUPCPUPCPU)-3') 分子量: 5083.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.02 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→50 Å / Num. obs: 11714 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 52
反射シェル	解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 388 / CC_1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / R_pim(I) all: 0.127 / R_rim(I) all: 0.251 / Χ²: 0.976 / % possible all: 62.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.233→41.458 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 0.785 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	586	5.054 %
R_work	0.1834	11009	-
all	0.185	-	-
obs	-	11595	95.771 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0.002 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.233→41.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	335	0	107	442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.025	0.019	157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.044	1.89	572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.828	1.771	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.059	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.22	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.03	0.02	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	59
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.42	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.276	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.242	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.295	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.082	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.13	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.134	1.411	372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.133	1.41	373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.567	2.564	572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.566	2.562	573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.831	25.251	606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.898	20.698	545

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.233-1.265	0.282	26	0.264	505	0.265	862	0.939	0.953	61.6009	0.233
1.265-1.299	0.348	41	0.241	691	0.246	873	0.941	0.962	83.8488	0.209
1.299-1.337	0.288	37	0.233	755	0.235	827	0.954	0.965	95.7678	0.202
1.337-1.378	0.262	42	0.236	771	0.238	813	0.953	0.963	100	0.205
1.378-1.423	0.351	44	0.212	738	0.218	782	0.926	0.971	100	0.187
1.423-1.473	0.287	54	0.205	715	0.21	769	0.956	0.973	100	0.185
1.473-1.529	0.237	39	0.205	688	0.207	728	0.967	0.974	99.8626	0.19
1.529-1.591	0.244	26	0.171	686	0.173	712	0.966	0.981	100	0.167
1.591-1.662	0.223	35	0.181	642	0.183	677	0.957	0.981	100	0.184
1.662-1.742	0.234	31	0.184	616	0.186	647	0.97	0.98	100	0.191
1.742-1.837	0.193	27	0.186	614	0.187	641	0.974	0.978	100	0.198
1.837-1.948	0.244	18	0.203	566	0.204	584	0.971	0.974	100	0.221
1.948-2.082	0.231	36	0.189	526	0.191	562	0.962	0.977	100	0.215
2.082-2.248	0.155	19	0.205	504	0.203	523	0.982	0.973	100	0.238
2.248-2.462	0.29	24	0.192	457	0.196	481	0.956	0.977	100	0.23
2.462-2.751	0.212	25	0.183	422	0.185	447	0.974	0.98	100	0.235
2.751-3.175	0.193	22	0.169	373	0.171	396	0.977	0.984	99.7475	0.23
3.175-3.883	0.182	15	0.139	315	0.14	333	0.978	0.989	99.0991	0.213
3.883-5.467	0.248	18	0.143	260	0.148	278	0.965	0.988	100	0.209
5.467-41.458	0.143	7	0.205	165	0.202	172	0.986	0.973	100	0.311

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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