PDB-9oks: 16mer self-complementary duplex RNA with dA:U pair sequence 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oks

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with dA:U pair sequence 1

要素

DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

キーワード

RNA / Deoxyribo-purine / RNA duplex / Origin of Life

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Impact of 2'-deoxyribo-purine substrates on nonenzymatic RNA template-directed primer extension.
著者: Fang, Z. / Acikgoz, O. / Jia, X. / Essex, J. / Wen, R. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2025年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oks.cif.gz	25.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oks.ent.gz	13.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9oks_validation.pdf.gz	363.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oks_full_validation.pdf.gz	364.1 KB	表示
XML形式データ	9oks_validation.xml.gz	3.8 KB	表示
CIF形式データ	9oks_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9oks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9oks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oktC 9okuC 9okvC 9okwC 9okxC 9okyC 9okzC 9ol0C 9ol1C 9ol2C 9ol3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

5.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*G)-D(P*A)-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.204, 41.204, 125.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-241- HOH
2	1	A-242- HOH
3	1	A-251- HOH
4	1	A-260- HOH
5	1	A-282- HOH

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(APGPAPG)-D(PA)-R(PAPGPAPUPCPUPUPCPUPCPU)-3') 分子量: 5067.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.08 M Sodium chloride, 0.012 M Potassium chloride, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 6909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.978 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 334 / CC_1/2: 0.919 / CC star: 0.979 / R_pim(I) all: 0.186 / R_rim(I) all: 0.544 / Χ²: 0.953 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→41.862 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.31 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	341	5.057 %
R_work	0.1661	6402	-
all	0.168	-	-
obs	-	6743	97.583 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.862 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	335	2	88	425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.01	1.837	580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.648	1.643	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.072	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.029	0.02	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	59
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.091	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.25	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.056	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.124	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.188	1.121	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.187	1.12	375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.745	2.052	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.743	2.051	581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.57	20.841	526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.045	15.539	502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.238	12	0.198	362	0.199	499	0.956	0.974	74.9499	0.173
1.539-1.581	0.182	19	0.179	445	0.179	499	0.975	0.98	92.986	0.157
1.581-1.626	0.299	22	0.195	429	0.2	455	0.955	0.974	99.1209	0.166
1.626-1.676	0.224	25	0.173	440	0.176	466	0.97	0.982	99.7854	0.15
1.676-1.731	0.198	17	0.177	429	0.178	446	0.981	0.98	100	0.155
1.731-1.792	0.234	21	0.169	417	0.172	438	0.965	0.981	100	0.152
1.792-1.859	0.263	22	0.174	394	0.178	416	0.945	0.981	100	0.16
1.859-1.935	0.173	20	0.171	382	0.171	402	0.984	0.981	100	0.153
1.935-2.021	0.251	11	0.156	371	0.159	382	0.963	0.985	100	0.15
2.021-2.119	0.164	23	0.153	356	0.154	379	0.983	0.985	100	0.144
2.119-2.234	0.237	18	0.183	334	0.186	352	0.98	0.981	100	0.18
2.234-2.369	0.225	19	0.175	317	0.178	336	0.975	0.983	100	0.18
2.369-2.532	0.227	24	0.173	301	0.177	325	0.971	0.983	100	0.177
2.532-2.734	0.288	15	0.196	287	0.2	302	0.955	0.978	100	0.212
2.734-2.994	0.257	17	0.157	260	0.162	277	0.97	0.984	100	0.177
2.994-3.345	0.14	12	0.135	236	0.135	249	0.995	0.991	99.5984	0.176
3.345-3.858	0.244	18	0.145	206	0.151	225	0.958	0.989	99.5556	0.19
3.858-4.715	0.203	10	0.156	188	0.157	198	0.975	0.988	100	0.206
4.715-6.626	0.188	9	0.161	150	0.163	159	0.992	0.985	100	0.223
6.626-41.862	0.111	7	0.169	98	0.164	105	0.994	0.987	100	0.249

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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