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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9oi8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Arabidopsis GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex (Alternative Conformation) | ||||||
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![]() | PLANT PROTEIN / RGA / DELLA / GID1 / SLY1 / ASK1 / GA | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / fruit morphogenesis / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin binding ...regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / fruit morphogenesis / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin binding / seed dormancy process / negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / positive regulation of fertilization / meiotic cytokinesis / response to gibberellin / gibberellic acid mediated signaling pathway / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / seed germination / ethylene-activated signaling pathway / response to far red light / response to jasmonic acid / 加水分解酵素 / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / regulation of protein catabolic process / response to cold / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
![]() | Dahal, P. / Sharma, K. / Borgnia, M. / Zhou, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Proteolysis-Dependent and -Independent Suppression of the Master Regulator DELLA by Gibberellin Receptor 著者: Dahal, P. / Wang, Y. / Hu, J. / Park, J. / Forker, K. / Zhang, Z. / Sharma, K. / Borgnia, M. / Sun, T.P. / Zhou, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 70510MC ![]() 9o4jC ![]() 9o4kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65253.309 Da / 分子数: 1 / 変異: K163Q-R164Q-K166Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RGA, GRS, RGA1, At2g01570, F2I9.19 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39775.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GID1A, CXE10, GID1L1, At3g05120, T12H1.8 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 21069.963 Da / 分子数: 1 / 変異: E138K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GID2, SLY1, At4g24210, T22A6.40 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 21273.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: 化合物 | ChemComp-GA3 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 556557 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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