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- EMDB-70510: Cryo-EM Structure of the Arabidopsis GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70510
タイトルCryo-EM Structure of the Arabidopsis GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex (Alternative Conformation)
マップデータ
試料
  • 複合体: GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex
    • タンパク質・ペプチド: DELLA protein RGA
    • タンパク質・ペプチド: Gibberellin receptor GID1A
    • タンパク質・ペプチド: F-box protein GID2
    • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 1A
  • リガンド: GIBBERELLIN A3
キーワードRGA / DELLA / GID1 / SLY1 / ASK1 / GA / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / fruit morphogenesis / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin binding ...regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / fruit morphogenesis / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin binding / seed dormancy process / negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / positive regulation of fertilization / meiotic cytokinesis / response to gibberellin / gibberellic acid mediated signaling pathway / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / seed germination / ethylene-activated signaling pathway / response to far red light / response to jasmonic acid / 加水分解酵素 / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / regulation of protein catabolic process / response to cold / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
F-box protein SNE / Transcriptional factor DELLA, N-terminal / DELLA, N-terminal domain superfamily / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / : / F-box domain ...F-box protein SNE / Transcriptional factor DELLA, N-terminal / DELLA, N-terminal domain superfamily / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / : / F-box domain / Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / alpha/beta hydrolase fold / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
SKP1-like protein 1A / Gibberellin receptor GID1A / DELLA protein RGA / F-box protein GID2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Dahal P / Sharma K / Borgnia M / Zhou P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into Proteolysis-Dependent and -Independent Suppression of the Master Regulator DELLA by Gibberellin Receptor
著者: Dahal P / Wang Y / Hu J / Park J / Forker K / Zhang Z / Sharma K / Borgnia M / Sun TP / Zhou P
履歴
登録2025年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.008 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.008 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.008 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8469 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-22.030349999999999 - 52.420650000000002
平均 (標準偏差)-0.00059350283 (±1.0696713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 271.008 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70510_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_70510_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70510_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70510_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex

全体名称: GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex
要素
  • 複合体: GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex
    • タンパク質・ペプチド: DELLA protein RGA
    • タンパク質・ペプチド: Gibberellin receptor GID1A
    • タンパク質・ペプチド: F-box protein GID2
    • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 1A
  • リガンド: GIBBERELLIN A3

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超分子 #1: GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex

超分子名称: GA3-GID1A-RGA-SLY1-ASK1 Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: DELLA protein RGA

分子名称: DELLA protein RGA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 65.253309 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRDHHQFQG RLSNHGTSSS SSSISKDKMM MVKKEEDGGG NMDDELLAVL GYKVRSSEMA EVALKLEQLE TMMSNVQEDG LSHLATDTV HYNPSELYSW LDNMLSELNP PPLPASSNGL DPVLPSPEIC GFPASDYDLK VIPGNAIYQF PAIDSSSSSN N QNQQLQSC ...文字列:
MKRDHHQFQG RLSNHGTSSS SSSISKDKMM MVKKEEDGGG NMDDELLAVL GYKVRSSEMA EVALKLEQLE TMMSNVQEDG LSHLATDTV HYNPSELYSW LDNMLSELNP PPLPASSNGL DPVLPSPEIC GFPASDYDLK VIPGNAIYQF PAIDSSSSSN N QNQQLQSC SSPDSMVTST STGTQIGGVI GTTVTTTTTT TTAAGESTRS VILVDSQENG VRLVHALMAC AEAIQQNNLT LA EALVKQI GCLAVSQAGA MRKVATYFAE ALARRIYRLS PPQNQIDHCL SDTLQMHFYE TCPYLKFAHF TANQAILEAF EGK KRVHVI DFSMNQGLQW PALMQALALR EGGPPTFRLT GIGPPAPDNS DHLHEVGCKL AQLAEAIHVE FEYRGFVANS LADL DASML ELRPSDTEAV AVNSVFELHK LLGRPGGIEK VLGVVKQIKP VIFTVVEQES NHNGPVFLDR FTESLHYYST LFDSL EGVP NSQDKVMSEV YLGKQICNLV ACEGPDRVER HETLSQWGNR FGSSGLAPAH LGSNAFKQAS MLLSVFNSGQ GYRVEE SNG CLMLGWHTRP LITTSAWKLS TAAYGGWSHP QFER

UniProtKB: DELLA protein RGA

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分子 #2: Gibberellin receptor GID1A

分子名称: Gibberellin receptor GID1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 39.775859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAASDEVNLI ESRTVVPLNT WVLISNFKVA YNILRRPDGT FNRHLAEYLD RKVTANANPV DGVFSFDVLI DRRINLLSRV YRPAYADQE QPPSILDLEK PVDGDIVPVI LFFHGGSFAH SSANSAIYDT LCRRLVGLCK CVVVSVNYRR APENPYPCAY D DGWIALNW ...文字列:
MAASDEVNLI ESRTVVPLNT WVLISNFKVA YNILRRPDGT FNRHLAEYLD RKVTANANPV DGVFSFDVLI DRRINLLSRV YRPAYADQE QPPSILDLEK PVDGDIVPVI LFFHGGSFAH SSANSAIYDT LCRRLVGLCK CVVVSVNYRR APENPYPCAY D DGWIALNW VNSRSWLKSK KDSKVHIFLA GDSSGGNIAH NVALRAGESG IDVLGNILLN PMFGGNERTE SEKSLDGKYF VT VRDRDWY WKAFLPEGED REHPACNPFS PRGKSLEGVS FPKSLVVVAG LDLIRDWQLA YAEGLKKAGQ EVKLMHLEKA TVG FYLLPN NNHFHNVMDE ISAFVNAECG GDYKDDDDK

UniProtKB: Gibberellin receptor GID1A

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分子 #3: F-box protein GID2

分子名称: F-box protein GID2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 21.069963 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHHHHH ENLYFQSHMK RSTTDSDLAG DAHNETNKKM KSTEEEEIGF SNLDENLVYE VLKHVDAKTL AMSSCVSKIW HKTAQDERL WELICTRHWT NIGCGQNQLR SVVLALGGFR RLHSLYLWPL SKPNPRARFG KDELKLTLSL LSIRYYKKMS F TKRPLPES KGGWSHPQFE R

UniProtKB: F-box protein GID2

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分子 #4: SKP1-like protein 1A

分子名称: SKP1-like protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 21.273586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHHHHH ENLYFQSHMS AKKIVLKSSD GESFEVEEAV ALESQTIAHM VEDDCVDNGV PLPNVTSKIL AKVIEYCKRH VEAAASKAE AVEGAATSDD DLKAWDADFM KIDQATLFEL ILAANYLNIK NLLDLTCQTV ADMIKGKTPE EIRTTFNIKN D FTPEEEEE VRRENQWAFE GGYKDDDDK

UniProtKB: SKP1-like protein 1A

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分子 #5: GIBBERELLIN A3

分子名称: GIBBERELLIN A3 / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GA3
分子量理論値: 346.374 Da
Chemical component information

ChemComp-GA3:
GIBBERELLIN A3 / ジベレリン酸 / ホルモン*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 556557
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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