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- PDB-9ntk: Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ntk
タイトルChimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) in complex with pentostatin monophosphate
要素Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
キーワードHYDROLASE / Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) apoenzyme / Adenosine deaminase / Pentostatin mono phosphate / Deoxycoformycin 5' phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine deaminase-related growth factor / Adenosine/AMP deaminase N-terminal / Adenosine/AMP deaminase N-terminal / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Adenosine deaminase AGSA
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the substrate specificity of Helix pomatia AMP deaminase and a chimeric ADGF adenosine deaminase.
著者: Kaur, G. / Horton, J.R. / Tzertzinis, G. / Zhou, J. / Schildkraut, I. / Cheng, X.
履歴
登録2025年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
B: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
C: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
D: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,07446
ポリマ－245,5334
非ポリマー8,54142
水2,126118
1
A: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
B: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,09924
ポリマ－122,7662
非ポリマー4,33322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
D: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,97522
ポリマ－122,7662
非ポリマー4,20920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.834, 118.477, 109.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.488, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 28 - 521 / Label seq-ID: 28 - 521

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999994670135, 0.00316939766919, -0.000783976894721), (0.00314250597446, 0.999476315316, 0.0322058966442), (0.000885639631787, 0.0322032613391, -0.999480948093)-35.4921386892, 0.0721610717602, -0.0859734303836
2given(-0.957267258066, -0.012767255718, -0.288922816365), (0.0111395285548, -0.999911470941, 0.00727744355926), (-0.288990151283, 0.00374799447867, 0.957324733306)-42.9118814073, -25.1870139195, 49.0710464228
3given(0.956617454718, -0.0129961973277, 0.291056943199), (-0.00278608654573, -0.999366984579, -0.0354664327912), (0.291333628424, 0.0331168988312, -0.956048109648)-8.74869676925, -25.4164472743, 59.3494275229

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor / Atrial gland-specific antigen / AGSA / Mollusk-derived growth factor / MDGF


分子量: 61383.203 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-120,residues 254-525 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-120 of A. californica AGSA, followed by active site region of H. pomatia Adenosine deaminase growth factor, followed by residues 254-525 of A. californica AGSA,residues 1-120 of A. ...詳細: residues 1-120 of A. californica AGSA, followed by active site region of H. pomatia Adenosine deaminase growth factor, followed by residues 254-525 of A. californica AGSA,residues 1-120 of A. californica AGSA, followed by active site region of H. pomatia Adenosine deaminase growth factor, followed by residues 254-525 of A. californica AGSA,residues 1-120 of A. californica AGSA, followed by active site region of H. pomatia Adenosine deaminase growth factor, followed by residues 254-525 of A. californica AGSA
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P15287, adenosine deaminase

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糖 , 2種, 16分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 144分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-A1CDW / pentostatin 5'-phosphate / (8S)-3-(2-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-threo-pentofuranosyl)-3,6,7,8-tetrahydroimidazo[4,5-d][1,3]diazepin-8-ol / 2'-deoxycoformycin 5'-phosphate


分子量: 348.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H17N4O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→29.63 Å / Num. obs: 76443 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 37.72 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.53→2.59 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique obs: 5236 / CC1/2: 0.372 / Rpim(I) all: 0.985

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→29.63 Å / SU ML: 0.4046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1963
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1998 2.62 %
Rwork0.2116 74358 -
obs0.2127 76356 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15960 0 544 118 16622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005716886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.879522904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05122596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00682896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.04176578
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.5420677995
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.604458811636
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.619541079966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.590.34011310.32254907X-RAY DIFFRACTION89.92
2.59-2.660.33961450.29815361X-RAY DIFFRACTION98.48
2.66-2.740.34711440.28025375X-RAY DIFFRACTION98.26
2.74-2.830.36241440.27825348X-RAY DIFFRACTION98.25
2.83-2.930.31671420.2715296X-RAY DIFFRACTION98.21
2.93-3.040.32231450.26845363X-RAY DIFFRACTION98.2
3.04-3.180.3181450.24485388X-RAY DIFFRACTION98.56
3.18-3.350.25821450.22265380X-RAY DIFFRACTION98.41
3.35-3.560.24771430.20925322X-RAY DIFFRACTION97.92
3.56-3.830.27971430.19265342X-RAY DIFFRACTION97.49
3.83-4.220.19721430.1695346X-RAY DIFFRACTION97.43
4.22-4.830.16851440.14735295X-RAY DIFFRACTION97
4.83-6.070.24561430.16985337X-RAY DIFFRACTION96.7
6.07-29.630.17131410.16585298X-RAY DIFFRACTION94.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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