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Yorodumi- PDB-9ntf: Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) with unknown density in the ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9ntf | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) with unknown density in the active site | |||||||||
Components | AMP deaminase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) / Inosine 5'-monophosphate | |||||||||
| Function / homology | ACETATE ION / PHOSPHATE ION Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Helix pomatia (Roman snail) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.56 Å | |||||||||
Authors | Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2025Title: Structural basis for the substrate specificity of Helix pomatia AMP deaminase and a chimeric ADGF adenosine deaminase. Authors: Kaur, G. / Horton, J.R. / Tzertzinis, G. / Zhou, J. / Schildkraut, I. / Cheng, X. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9ntf.cif.gz | 1022 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9ntf.ent.gz | 699.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9ntf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9ntf_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9ntf_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9ntf_validation.xml.gz | 105.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 9ntf_validation.cif.gz | 147.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9ntf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9ntf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9nteC ![]() 9nthC ![]() 9ntiC ![]() 9ntjC ![]() 9ntkC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 61251.590 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helix pomatia (Roman snail) / Production host: Komagataella pastoris (fungus) |
|---|
-Sugars , 2 types, 15 molecules 
| #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 1924 molecules 












| #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-ACT / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 28% w/v Polyethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.9201 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 7, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9201 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.56→70.85 Å / Num. obs: 372245 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.04 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.56→1.585 Å / Num. unique obs: 18514 / CC1/2: 0.32 / Rpim(I) all: 1.013 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.56→70.85 Å / SU ML: 0.2029 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.4218 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 26.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.56→70.85 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Helix pomatia (Roman snail)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation




PDBj


Komagataella pastoris (fungus)