PDB-9nth: Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) in complex with Pentostatin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nth

タイトル

Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) in complex with Pentostatin monophosphate (PMP)

要素

AMP Deaminase

キーワード

HYDROLASE / Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) / adenosine deaminase 2 (ADA2) / ADENOSINE 5'-MONOPHOSPHATE DEAMINASE / Deoxycoformycin

機能・相同性

: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Helix pomatia (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of substrate specificity of Helix pomatia AMP deaminase and a chimeric ADGF adenosine deaminase
著者: Kaur, G. / Horton, J.R. / Tzertzinis, G. / Schildkraut, I. / Cheng, X.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nth.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nth.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nth	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AMP Deaminase

B: AMP Deaminase

C: AMP Deaminase

D: AMP Deaminase

ヘテロ分子

258 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AMP Deaminase

D: AMP Deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
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2

B: AMP Deaminase

C: AMP Deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.992, 81.936, 212.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.134, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	AMP Deaminase 分子量: 61251.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helix pomatia (無脊椎動物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)

-
糖 , 2種, 15分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 2425分子

#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-A1CDW / pentostatin 5'-phosphate / (8S)-3-(2-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-threo-pentofuranosyl)-3,6,7,8-tetrahydroimidazo[4,5-d][1,3]diazepin-8-ol / 2'-deoxycoformycin 5'-phosphate 分子量: 348.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₄O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→42.73 Å / Num. obs: 332916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.55 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / Num. unique obs: 16484 / CC_1/2: 0.334 / R_pim(I) all: 0.647

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→42.73 Å / SU ML: 0.2038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	16268	4.9 %
R_work	0.1666	315661	-
obs	0.1681	331929	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→42.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16052	0	849	2305	19206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0152	17331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3212	23368
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0826	2604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0131	2945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0196	6778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.63	0.3361	584	0.3351	10103	X-RAY DIFFRACTION	96.04
1.63-1.65	0.3319	562	0.321	10262	X-RAY DIFFRACTION	96.95
1.65-1.67	0.3344	529	0.3116	10323	X-RAY DIFFRACTION	97.6
1.67-1.69	0.3153	594	0.2951	10353	X-RAY DIFFRACTION	98.12
1.69-1.71	0.3276	592	0.2914	10279	X-RAY DIFFRACTION	98.12
1.71-1.74	0.3002	549	0.2755	10416	X-RAY DIFFRACTION	98.32
1.74-1.76	0.2988	546	0.2668	10381	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.76-1.79	0.2861	511	0.2579	10479	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.79-1.81	0.2803	544	0.2487	10530	X-RAY DIFFRACTION	98.95
1.81-1.84	0.2793	544	0.2305	10469	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.84-1.88	0.2492	527	0.2189	10530	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.88-1.91	0.2424	515	0.2085	10538	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.91-1.95	0.246	542	0.2052	10533	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.95-1.99	0.2389	492	0.1924	10569	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.99-2.03	0.2254	498	0.1773	10594	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.03-2.08	0.2145	529	0.1655	10507	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.08-2.13	0.2072	513	0.1645	10560	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.13-2.19	0.1922	546	0.1567	10585	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.19-2.25	0.1934	553	0.152	10547	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.25-2.32	0.1902	564	0.15	10566	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.32-2.41	0.1846	589	0.1487	10516	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.41-2.5	0.1961	587	0.1499	10552	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.5-2.62	0.1802	543	0.1462	10619	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.62-2.75	0.1881	506	0.1482	10589	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.75-2.93	0.193	542	0.1532	10704	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.93-3.15	0.1816	493	0.1532	10584	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.15-3.47	0.1776	546	0.1503	10626	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.47-3.97	0.1485	519	0.1322	10654	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.97-5	0.1348	499	0.1168	10806	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5-42.73	0.1757	610	0.1516	10887	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.309162361298	-0.0790948444233	-0.141796062581	0.514244612568	0.355569871681	0.971162275288	-0.026806023189	-0.0462108001183	-0.0372719334349	0.0255977680471	-0.0209204774141	0.116315553801	-0.0124387890789	-0.146918467673	0.0458797160934	0.126841630173	-0.00028512618618	0.00966884747845	0.182917002597	0.0194051558212	0.189805256916	-40.9217694806	-8.43715509948	21.53941382
2	1.15819323425	-0.815333005594	0.719982328032	5.21535305424	-0.377827734435	1.6464414054	0.0980610720631	0.0706322406218	-0.362232910022	0.116864521358	0.00288919059494	-0.0611843960438	0.264771962488	0.150964487072	-0.111993480362	0.12630889091	0.00744372462559	-0.0137431663853	0.145219923963	-0.0261658774584	0.228892815039	-15.2086196945	-39.0764691063	4.44029288883
3	0.716438031707	-0.27524451588	-0.13407800895	0.586046102846	0.0460290810043	1.35922654909	0.0311891115259	0.120967701255	-0.139660341714	-0.0104657363086	-0.0207951140596	0.0302725213455	0.0625950217032	-0.00301915466568	-0.0111323575147	0.132585263358	-0.0158919107744	0.00378520978626	0.126683007637	-0.0183793104395	0.192060661405	-20.8235855521	-26.3231283942	-1.19630990108
4	1.09663015076	-0.0882239773879	-0.0642960163539	0.399984146994	0.184922781181	0.781473709096	0.0108127964279	0.140472929711	0.00480063697971	-0.0600456036981	-0.0119712856039	0.0122872728256	-0.0607631986982	-0.0149963755918	-0.00251021158484	0.143308934499	0.00222299826499	-0.00342869202295	0.120140931153	0.0123757023949	0.152398670286	-24.7992632706	-9.60647214901	2.88330951958
5	0.184456717072	0.0898258978963	-0.00299775218672	0.92467717666	-0.603072075437	0.810445495377	0.0128710052882	0.027850273121	-0.0198426521944	-0.0459841863295	-0.0180714067473	-0.0941003774682	0.0593372220049	0.0515587199484	0.0106295778859	0.174811563566	0.00618257297391	0.00198070812326	0.247615800755	-0.00829295180422	0.182494022872	37.4804972522	-21.6531923441	86.1514293576
6	3.27804654442	-1.00069241985	0.541184710821	5.83565155425	0.477374453009	3.92655495496	0.0510929772453	-0.103286150279	-0.3638869647	-0.331471406628	0.185014351022	0.612545296869	0.478215285255	-0.551580411825	-0.193001448215	0.360460379374	-0.150102150637	-0.136730377845	0.297914795135	0.0880558560963	0.270912753896	12.6897060307	-52.7188487646	89.9373086526
7	0.3979562038	-0.037305430601	0.148729761442	0.738873863031	-0.294775633762	0.42458194871	0.0357007528793	-0.151654173407	-0.0487059475558	0.110718519367	0.0124226234458	0.0750232727203	0.0461112173739	-0.145895940194	-0.0474734083276	0.181190359175	-0.0327618652224	-0.00875990265772	0.251587391691	0.013931775407	0.13890210131	20.6078570872	-27.2143379641	101.073989017
8	2.51455075522	-1.87554453177	-1.25376295435	3.27239385554	1.65939554149	7.03570834093	-0.0275479884094	-0.279601757454	0.0455741892931	0.137680456335	-0.0117855162562	-0.244089068423	0.116844815419	0.243790359613	-0.0110296642966	0.13490811166	-0.0583937776539	-0.0499831107583	0.166750724971	0.0223319672162	0.185096041319	44.2606237381	-24.0416262165	100.07613488
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18	7.21455321107	-3.0480309233	-5.14529024765	1.44615212518	2.30097589987	4.43100044419	0.367978819125	-0.416486827275	0.543971116585	-0.239516814462	0.0292672217722	-0.277827358847	-0.371491012474	0.467824302703	-0.39365460905	0.189099356105	-0.0741847053234	0.00543879150342	0.212484809504	0.0248398732279	0.238682033719	6.54847877637	15.3251772815	29.5645910989

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 30 through 119 )	C	C	30 - 119	30 - 119
2	2	chain 'C' and (resid 120 through 194 )	C	C	120 - 194	120 - 194
3	3	chain 'C' and (resid 195 through 287 )	C	C	195 - 287	195 - 287
4	4	chain 'C' and (resid 288 through 525 )	C	C	288 - 525	288 - 525
5	5	chain 'D' and (resid 30 through 142 )	D	D	30 - 142	30
6	6	chain 'D' and (resid 143 through 194 )	D	D	143 - 194	143 - 194
7	7	chain 'D' and (resid 195 through 478 )	D	D	195 - 478	195 - 478
8	8	chain 'D' and (resid 479 through 526 )	D	D	479 - 526	479 - 526
9	9	chain 'A' and (resid 31 through 61 )	A	A	31 - 61	31 - 61
10	10	chain 'A' and (resid 62 through 119 )	A	A	62 - 119	62 - 119
11	11	chain 'A' and (resid 120 through 194 )	A	A	120 - 194	120 - 194
12	12	chain 'A' and (resid 195 through 322 )	A	A	195 - 322	195 - 322
13	13	chain 'A' and (resid 323 through 478 )	A	A	323 - 478	323 - 478
14	14	chain 'A' and (resid 479 through 527 )	A	A	479 - 527	479 - 527
15	15	chain 'B' and (resid 31 through 119 )	B	B	31 - 119	31 - 119
16	16	chain 'B' and (resid 120 through 194 )	B	B	120 - 194	120 - 194
17	17	chain 'B' and (resid 195 through 496 )	B	B	195 - 496	195 - 496
18	18	chain 'B' and (resid 497 through 535 )	B	B	497 - 535	497 - 535

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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