PDB-9nti: Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) apoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nti

タイトル

Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) apoenzyme

要素

Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric adenosine deaminase growth factor

キーワード

HYDROLASE / Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) apoenzyme / Adenosine deaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / adenosine deaminase activity / adenosine catabolic process / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the substrate specificity of Helix pomatia AMP deaminase and a chimeric ADGF adenosine deaminase.
著者: Kaur, G. / Horton, J.R. / Tzertzinis, G. / Zhou, J. / Schildkraut, I. / Cheng, X.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nti.cif.gz	256.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nti.ent.gz	166.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nti_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nti_full_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示
XML形式データ	9nti_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	9nti_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nteC 9ntfC 9nthC 9ntjC 9ntkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric adenosine deaminase growth factor

B: Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric adenosine deaminase growth factor

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.444, 109.268, 173.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric adenosine deaminase growth factor / Atrial gland-specific antigen / AGSA / Mollusk-derived growth factor / MDGF

分子量: 61383.203 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-120,residues 254-525 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-120 of A. californica AGSA, followed by active site region of H. pomatia Adenosine deaminase growth factor, followed by residues 254-525 of A. californica AGSA,residues 1-120 of A. ...
由来: (組換発現)

Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P15287, adenosine deaminase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→46.21 Å / Num. obs: 519122 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.985 / R_pim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.99→3.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2644 / CC_1/2: 0.513 / R_pim(I) all: 0.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→46.21 Å / SU ML: 0.5525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.4145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2735	3737	7.41 %
R_work	0.216	46694	-
obs	0.2202	50431	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→46.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7943	0	92	3	8038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	8231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6765	11182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	1247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0927	3116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.04	0.5546	115	0.4527	1471	X-RAY DIFFRACTION	84.63
3.04-3.08	0.4147	140	0.4257	1709	X-RAY DIFFRACTION	97.62
3.08-3.12	0.4995	133	0.3998	1705	X-RAY DIFFRACTION	98.08
3.12-3.17	0.4118	144	0.3923	1748	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.17-3.21	0.3853	137	0.3425	1731	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.21-3.26	0.3786	140	0.3155	1699	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.26-3.32	0.384	146	0.3058	1807	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.32-3.37	0.3573	132	0.3057	1654	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.37-3.44	0.3738	143	0.3009	1779	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.44-3.5	0.3202	135	0.2929	1754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.57	0.3194	135	0.2672	1713	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.57-3.65	0.3417	143	0.2645	1772	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.65-3.74	0.2367	140	0.2407	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.74-3.83	0.3036	144	0.2192	1750	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.83-3.93	0.2764	144	0.2085	1749	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.93-4.05	0.2618	141	0.1965	1743	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.05-4.18	0.2754	135	0.1904	1728	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.18-4.33	0.2889	145	0.1756	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.5	0.2337	138	0.1705	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.5-4.71	0.2039	135	0.1669	1739	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.71-4.95	0.2171	138	0.1595	1777	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.95-5.26	0.2205	135	0.1742	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-5.67	0.3175	142	0.1886	1742	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.67-6.24	0.2726	133	0.1951	1741	X-RAY DIFFRACTION	99.84
6.24-7.14	0.2485	146	0.1943	1752	X-RAY DIFFRACTION	99.95
7.14-8.98	0.2219	133	0.1743	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
8.98-46.21	0.1817	145	0.1668	1729	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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