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- PDB-9nte: Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nte
タイトルHelix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) apoenzyme
要素Helix pomatia AMP deaminase
キーワードHYDROLASE / Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) / Adenosine 5'-monophosphate deaminase
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Helix pomatia (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the substrate specificity of Helix pomatia AMP deaminase and a chimeric ADGF adenosine deaminase.
著者: Kaur, G. / Horton, J.R. / Tzertzinis, G. / Zhou, J. / Schildkraut, I. / Cheng, X.
履歴
登録2025年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix pomatia AMP deaminase
B: Helix pomatia AMP deaminase
C: Helix pomatia AMP deaminase
D: Helix pomatia AMP deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,699171
ポリマ－245,0064
非ポリマー14,693167
水35,9581996
1
A: Helix pomatia AMP deaminase
D: Helix pomatia AMP deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,42181
ポリマ－122,5032
非ポリマー6,91879
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21650 Å2
ΔGint92 kcal/mol
Surface area38000 Å2
手法PISA
2
B: Helix pomatia AMP deaminase
C: Helix pomatia AMP deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,27890
ポリマ－122,5032
非ポリマー7,77588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23900 Å2
ΔGint96 kcal/mol
Surface area38210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.229, 82.429, 211.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.208, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Helix pomatia AMP deaminase


分子量: 61251.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helix pomatia (無脊椎動物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)

-
糖 , 2種, 16分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 2147分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.95 Å / Num. obs: 263020 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 24.04 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 13005 / CC1/2: 0.561 / Rpim(I) all: 0.681

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→19.95 Å / SU ML: 0.1937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 13124 4.99 %
Rwork0.1628 249833 -
obs0.1644 262957 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16033 0 939 1996 18968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010317385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.090723356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06442590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01072932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.97866766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.770.31984190.29318271X-RAY DIFFRACTION99.95
1.77-1.790.30924010.27378324X-RAY DIFFRACTION99.92
1.79-1.810.28794390.25878315X-RAY DIFFRACTION99.91
1.81-1.840.28464210.24648316X-RAY DIFFRACTION99.94
1.84-1.860.2994310.2388313X-RAY DIFFRACTION99.95
1.86-1.890.27954290.23798225X-RAY DIFFRACTION99.93
1.89-1.910.28454950.23168295X-RAY DIFFRACTION99.94
1.91-1.940.2614220.22418307X-RAY DIFFRACTION99.98
1.94-1.970.2514240.21128325X-RAY DIFFRACTION99.89
1.97-20.24254190.19718331X-RAY DIFFRACTION99.9
2-2.040.24754140.18918303X-RAY DIFFRACTION99.92
2.04-2.070.23534350.18468306X-RAY DIFFRACTION99.97
2.07-2.110.21684410.17618366X-RAY DIFFRACTION99.93
2.11-2.160.22024360.16818258X-RAY DIFFRACTION99.89
2.16-2.20.20294330.16338266X-RAY DIFFRACTION99.92
2.2-2.260.20274670.16528297X-RAY DIFFRACTION99.95
2.26-2.310.20734640.16198312X-RAY DIFFRACTION99.91
2.31-2.370.20744850.15978289X-RAY DIFFRACTION99.9
2.37-2.440.20644810.15598277X-RAY DIFFRACTION99.87
2.44-2.520.20764360.16058278X-RAY DIFFRACTION99.86
2.52-2.610.19444480.15438351X-RAY DIFFRACTION99.9
2.61-2.720.19974270.15458323X-RAY DIFFRACTION99.78
2.72-2.840.18585090.15428292X-RAY DIFFRACTION99.75
2.84-2.990.18163930.15358324X-RAY DIFFRACTION99.81
2.99-3.180.18664520.15648351X-RAY DIFFRACTION99.74
3.18-3.420.16284050.15338394X-RAY DIFFRACTION99.8
3.42-3.760.17674040.14418412X-RAY DIFFRACTION99.8
3.76-4.30.14344100.12468393X-RAY DIFFRACTION99.73
4.3-5.40.14054610.12388420X-RAY DIFFRACTION99.76
5.4-19.950.16334230.15248599X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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