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- PDB-9n7b: SSU processome maturation and disassembly, State O -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n7b
タイトルSSU processome maturation and disassembly, State O
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • (Nucleolar complex protein ...) x 2
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 2
  • 18S rRNA
  • Dimethyladenosine transferase
  • Essential nuclear protein 1
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Ribosome biogenesis protein BMS1
  • Small ribosomal subunit protein eS1A
  • Something about silencing protein 10
  • U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
  • U3 snoRNA
  • U3snoRNA segment
  • rRNA-processing protein FCF1
キーワードRIBOSOME / SSU processome / ribosome assembly / RNA folding / RNA-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / nuclear microtubule / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / regulation of rRNA processing / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity ...18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / nuclear microtubule / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / regulation of rRNA processing / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / RNA folding chaperone / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / rRNA base methylation / mTORC1-mediated signalling / rRNA methylation / Protein hydroxylation / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit export from nucleus / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / enzyme activator activity / helicase activity / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / unfolded protein binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / structural constituent of ribosome / RNA helicase / ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleolar complex protein 4 / Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Sas10 C-terminal domain / Fcf1 / Sas10 C-terminal domain ...Nucleolar complex protein 4 / Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Sas10 C-terminal domain / Fcf1 / Sas10 C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / Sas10/Utp3/C1D / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Sas10/Utp3/C1D family / Mpp10 protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / CCAAT-binding factor / CBF/Mak21 family / Bystin / Krr1, KH1 domain / Bystin / Krr1 KH1 domain / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / PIN domain / : / Brix domain / Brix domain / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / Brix domain profile. / Brix / DEAD-box helicase, OB fold / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal S24e conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Essential nuclear protein 1 / Dimethyladenosine transferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA-processing protein FCF1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Nucleolar complex protein 4 / rRNA processing protein RCL1 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / Something about silencing protein 10 / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A / Nucleolar complex protein 14 / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Buzovetsky, O. / Klinge, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM145950-03 米国
Chan Zuckerberg Initiative2023-332391 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of helicase-mediated SSU processome maturation and disassembly
著者: Buzovetsky, O. / Klinge, S.
履歴
登録2025年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L1: 18S rRNA
L2: U3 snoRNA
L3: 40S ribosomal protein S18-A
L4: 40S ribosomal protein S4-A
L5: 40S ribosomal protein S5
L6: 40S ribosomal protein S6-A
L7: 40S ribosomal protein S7-A
L8: 40S ribosomal protein S8-A
L9: 40S ribosomal protein S9-A
LC: 40S ribosomal protein S16-A
LD: 40S ribosomal protein S11-A
LE: 40S ribosomal protein S22-A
LF: 40S ribosomal protein S24-A
LG: 40S ribosomal protein S28-A
N2: U3snoRNA segment
NA: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
NB: Something about silencing protein 10
NF: 40S ribosomal protein S13
NG: 40S ribosomal protein S14-A
NL: Dimethyladenosine transferase
NM: Small ribosomal subunit protein eS1A
NP: 40S ribosomal protein S19-A
NQ: 40S ribosomal protein S27-A
NS: Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
NW: 40S ribosomal protein S25-A
SH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
SI: Ribosome biogenesis protein BMS1
SJ: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SK: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SL: rRNA-processing protein FCF1
SM: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
SR: 40S ribosomal protein S23-A
SS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
ST: Nucleolar complex protein 14
SU: Nucleolar complex protein 4
SW: Pre-rRNA-processing protein PNO1
SZ: Essential nuclear protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,993,70787
ポリマ－1,991,91137
非ポリマー1,79650
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2N2

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 580765.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: GenBank: 1262303
#2: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 106943.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
#15: RNA鎖 U3snoRNA segment


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 L3L4L5L6L7L8L9LCLDLELFLGNFNGNPNQNWSR

#3: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX55
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX35
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P26783
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX37
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P26786
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX39
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: O13516
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX51
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX47
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C0W1
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX31
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q3E7X9
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P05756
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P06367
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P07280
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P35997
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q3E792
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX29

-
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 2種, 2分子 NASS

#16: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P47083
#32: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / U3 snoRNA-associated protein 14 / U three protein 14


分子量: 103269.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04500

-
タンパク質 , 11種, 12分子 NBNLNMNSSHSISJSKSLSMSWSZ

#17: タンパク質 Something about silencing protein 10 / U three protein 3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 3 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12136
#20: タンパク質 Dimethyladenosine transferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase / 18S rRNA dimethylase / S- ...18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase / 18S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 36003.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
参照: UniProt: P41819, 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1A / 40S ribosomal protein S1-A / RP10A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P33442
#24: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / DEAH box RNA helicase DHR1 / Extracellular mutant protein 16


分子量: 145171.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04217, RNA helicase
#26: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08096
#27: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08965
#28: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#29: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05498
#30: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P53941
#35: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q99216
#36: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P38333

-
Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 STSU

#33: タンパク質 Nucleolar complex protein 14 / U three protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 2 / U3 snoRNA-associated protein 2


分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q99207
#34: タンパク質 Nucleolar complex protein 4 / U three protein 19 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 19 / U3 snoRNA-associated protein 19


分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06512

-
非ポリマー , 3種, 50分子

#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#39: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SSU processome maturation and disassembly, State O / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
160 mMTris-HCl1
250 mMNaCl1
35 mMMgCl1
42 %glycerol1
50.01 %NP-401
61 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 61.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131106 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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