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- PDB-9n2d: Cryo-EM structure of an extended F. johnsoniae BAM complex, compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n2d
タイトルCryo-EM structure of an extended F. johnsoniae BAM complex, composite map
要素
  • (Hypothetical ...) x 2
  • CarboxypepD_reg-like domain-containing protein
  • DNA uptake lipoprotein-like protein
  • Long-chain fatty acid transport protein
  • Surface antigen (D15)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BAM complex / BamA / BamD / BamF / BamG / BamM / BamP / outer-membrane proteins / OMP
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane assembly / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / TSP type-3 repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain ...Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / TSP type-3 repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIACYL GLYCEROL / Chem-JSG / alpha-D-mannopyranose / PALMITIC ACID / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DNA uptake lipoprotein-like protein / CarboxypepD_reg-like domain-containing protein / Surface antigen (D15) / Long-chain fatty acid transport protein / Hypothetical lipoprotein / Hypothetical lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An extended BAM complex in the Bacteroidota
著者: Liu, X. / Orenday Tapia, L. / Deme, J.C. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2025年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA uptake lipoprotein-like protein
A: Surface antigen (D15)
C: Hypothetical lipoprotein
B: Long-chain fatty acid transport protein
D: Hypothetical lipoprotein
E: CarboxypepD_reg-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,23621
ポリマ－305,5766
非ポリマー6,66015
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 FABE

#1: タンパク質 DNA uptake lipoprotein-like protein


分子量: 30219.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
参照: UniProt: A5FE81
#2: タンパク質 Surface antigen (D15)


分子量: 101490.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
参照: UniProt: A5FJ90
#4: タンパク質 Long-chain fatty acid transport protein


分子量: 44458.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
参照: UniProt: A5FK27
#6: タンパク質 CarboxypepD_reg-like domain-containing protein


分子量: 28413.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
参照: UniProt: A5FJ21

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Hypothetical ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Hypothetical lipoprotein


分子量: 57094.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
参照: UniProt: A5FLQ8
#5: タンパク質 Hypothetical lipoprotein


分子量: 43899.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
参照: UniProt: A5FNX9

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糖 , 3種, 3分子

#7: 多糖 alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 518.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAa1-2[DManpa1-4]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(2+1)][b-D-GlcpA]{}[(4+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAa1-2DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(2+1)][b-D-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 28分子

#9: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#10: 化合物 ChemComp-JSG / (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid


分子量: 2975.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C131H240N2O63P4
#11: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#14: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BAM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3, #5-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_5533 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55796 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318875
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68925532
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.0247144
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0492774
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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