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- PDB-9mwz: Cryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mwz
タイトルCryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952
要素
  • viral protein 1
  • viral protein 2
  • viral protein 3
  • viral protein 4
キーワードVIRUS / Enterovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, L. / Pintilie, G. / Varanese, L. / Carette, J.E. / Chiu, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1656518 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: MFSD6 is an entry receptor for enterovirus D68.
著者: Lauren Varanese / Lily Xu / Christine E Peters / Grigore Pintilie / David S Roberts / Suyash Raj / Mengying Liu / Yaw Shin Ooi / Jonathan Diep / Wenjie Qiao / Christopher M Richards / Jeremy ...著者: Lauren Varanese / Lily Xu / Christine E Peters / Grigore Pintilie / David S Roberts / Suyash Raj / Mengying Liu / Yaw Shin Ooi / Jonathan Diep / Wenjie Qiao / Christopher M Richards / Jeremy Callaway / Carolyn R Bertozzi / Sabrina Jabs / Erik de Vries / Frank J M van Kuppeveld / Claude M Nagamine / Wah Chiu / Jan E Carette /
要旨: With the near eradication of poliovirus due to global vaccination campaigns, attention has shifted to other enteroviruses that can cause polio-like paralysis syndrome (now termed acute flaccid ...With the near eradication of poliovirus due to global vaccination campaigns, attention has shifted to other enteroviruses that can cause polio-like paralysis syndrome (now termed acute flaccid myelitis). In particular, enterovirus D68 (EV-D68) is believed to be the main driver of epidemic outbreaks of acute flaccid myelitis in recent years, yet not much is known about EV-D68 host interactions. EV-D68 is a respiratory virus but, in rare cases, can spread to the central nervous system to cause severe neuropathogenesis. Here we use genome-scale CRISPR screens to identify the poorly characterized multipass membrane transporter MFSD6 as a host entry factor for EV-D68. Knockout of MFSD6 expression abrogated EV-D68 infection in cell lines and primary cells corresponding to respiratory and neural cells. MFSD6 localized to the plasma membrane and was required for viral entry into host cells. MFSD6 bound directly to EV-D68 particles through its extracellular, third loop (L3). We determined the cryo-electron microscopy structure of EV-D68 in a complex with MFSD6 L3, revealing the interaction interface. A decoy receptor, engineered by fusing MFSD6 L3 to Fc, blocked EV-D68 infection of human primary lung epithelial cells and provided near-complete protection in a lethal mouse model of EV-D68 infection. Collectively, our results reveal MFSD6 as an entry receptor for EV-D68, and support the targeting of MFSD6 as a potential mechanism to combat infections by this emerging pathogen with pandemic potential.
履歴
登録2025年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9404
ポリマ－89,9404
非ポリマー00
水82946
1
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,396,395240
ポリマ－5,396,395240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 450 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,70020
ポリマ－449,70020
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 540 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,63924
ポリマ－539,63924
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 viral protein 1


分子量: 32854.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: RD / 株: USA/IL/14-18952
参照: UniProt: A0A1I9KHM1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 viral protein 2


分子量: 26527.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Residues 1-11 deleted / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: RD / 株: USA/IL/14-18952
参照: UniProt: A0A1P7ZRE5, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 viral protein 3


分子量: 27156.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: RD / 株: USA/IL/14-18952
参照: UniProt: A0A097BW17, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質・ペプチド viral protein 4 / P1A / Virion protein 4


分子量: 3401.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Residues 1-27 and 58-68 deleted / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 細胞株: RD / 株: USA/IL/14-18952 / 参照: UniProt: Q68T42
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: enterovirus D68 / タイプ: VIRUS
詳細: Enterovirus D68 propagated and purified from infection of RD cells
Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: 14-18952
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 120 mM NaCl, and 1 mM EDTA (pH 8.0)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HCl, pH 8.0Tris-HCl1
2120 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMEDTA, pH 8.0EDTA1
試料濃度: 0.089 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Freezing carried out with 4 s blot time, 1 s wait time.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.28 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10400

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9ISOLDEモデルフィッティング
11RELION初期オイラー角割当
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13RELION最終オイラー角割当
14cryoSPARC最終オイラー角割当
16RELION３次元再構成
17cryoSPARC３次元再構成
18ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 23976
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12930 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: Initial rigid fitting was done using Chimera and then ISOLDE was used for flexible fitting.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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