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万見
- PDB-9mvs: Activated Leptotrichia buccalis (Lbu) CRISPR-Cas13a bound to AI-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mvs
タイトルActivated Leptotrichia buccalis (Lbu) CRISPR-Cas13a bound to AI-designed anti-CRISPR AIcrVIA1
要素
  • AIcrVIA1
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
  • Guide complementary activator RNA (aRNA)
  • crRNA
キーワードDE NOVO PROTEIN/HYDROLASE/RNA / CRISPR / Acr / Cas13 / de novo / DE NOVO PROTEIN / DE NOVO PROTEIN-HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Leptotrichia buccalis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Taveneau, C. / Knott, G.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Other privateSMRF2021-276 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo design of potent CRISPR-Cas13 inhibitors
著者: Taveneau, C. / Chai, X.H. / D'Silva, J. / Bamert, R.S. / Hayes, B.K. / Calvert, R.W. / Curwen, D.J. / Munder, F. / Martin, L.L. / Barr, J.J. / Grinter, R. / Knott, G.J.
履歴
登録2025年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AIcrVIA1
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
C: crRNA
D: Guide complementary activator RNA (aRNA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,9534
ポリマ－174,9534
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 AIcrVIA1


分子量: 9698.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AIcrVIA1 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pet29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a / CRISPR-associated endoribonuclease C2c2 / EndoRNase / LbuC2c2


分子量: 138980.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Leptotrichia buccalis CRISPR-Cas13a
由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis (バクテリア)
遺伝子: cas13a, c2c2, Lebu_1799 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C7NBY4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: RNA鎖 crRNA


分子量: 17743.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: LbuCas13 CRISPR RNA,LbuCas13 CRISPR RNA,LbuCas13 CRISPR RNA,LbuCas13 CRISPR RNA
由来: (合成) Leptotrichia buccalis (バクテリア) / 参照: GenBank: 257048753
#4: RNA鎖 Guide complementary activator RNA (aRNA)


分子量: 8530.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Activated Leptotrichia buccalis (Lbu) CRISPR-Cas13a bound to AI-designed anti-CRISPR AIcrVIA1COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2AIcrVIA1COMPLEX#11RECOMBINANT
3LbuCas13a-crRNA-aRNACOMPLEX#2-#41MULTIPLE SOURCESTernary complex of LbuCas13a-crRNA bound to aRNA
4LbuCas13aCOMPLEX#23RECOMBINANTLeptotrichia buccalis (Lbu) CRISPR-Cas13a
5crRNA-aRNACOMPLEX#3-#43MULTIPLE SOURCESCRISPR RNA (crRNA) and activator-RNA (aRNA)
6crRNACOMPLEX#35SYNTHETICCRISPR RNA (crRNA)
7aRNACOMPLEX#45SYNTHETICactivator-RNA (aRNA)
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
33
44
55
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32synthetic construct (人工物)32630
54Leptotrichia buccalis (バクテリア)40542
66Leptotrichia buccalis (バクテリア)40542
77synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
54Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
230 mMPotassium ChlorideKCl1
35 mMMagnesium ChlorideMgCl21
42 % (v/v)GlycerolC3H8O31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2544
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 2-50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.5.2CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC4.5.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.5.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.2分類
12Coot0.9.4３次元再構成
13PHENIX1.18.2３次元再構成
14PHENIX1.18.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20357 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDChain-ID詳細Source nameAccession codeInitial refinement model-ID
1BX-ray structureOther
25XWP

5xwp

AAPDB5XWP2
35XWP

5xwp

CCPDB5XWP2
45XWP

5xwp

DDPDB5XWP2
精密化最高解像度: 3.43 Å / 交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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